Le suivi dans les sols est fait depuis 2005 chaque année au moment de la récolte afin d'évaluer le lien possible de la présence de micro-organismes dans les sols et dans les plantes. En plus de ce suivi régulier, en 2004 et 2006, un suivi a été réalisé avant et après épandage pour évaluer la survie des pathogènes dans les sols. Le suivi est réalisé sur les parcelles de la partie du dispositif recevant la fertilisation minérale. En 2005 et 2006, trois parcelles parmi les quatre de chaque traitement ont été suivies. En 2007, les quatre parcelles de chaque traitement ont été étudiées.

Les micro-organismes pathogènes L. monocytogenes et Salmonelles, ne sont pas détectés dans les sols, excepté pour un échantillon de sol d'une des trois parcelles BIO. Les quantités d'E. coli sont inférieures au seuil de détection de 10 ou 100 UFC/g MB dans tous les échantillons de sols.

Les oeufs d'helminthes sont rarement détectés (Tableau 1). Ils ne sont pas détectés avant épandage (To), ni 12 ou 22 mois après l'épandage. Certains échantillons prélevés 1, 2, ou 6 mois après épandage se sont révélés positifs sans logique apparente. En effet, les oeufs d'helminthes n'étaient pas détectés dans les PRO épandus et la parcelle témoin, est positive à 1 mois, alors qu'aucun PRO n'est épandu. En 2006 et 2007, ils ne sont plus détectés, excepté dans une parcelle DVB.

Tableau 1. Détection des oeufs d'helminthes dans les sols.

Les niveaux de population des entérocoques sont assez stationnaires dans le sol, entre 100 et 1000 NPP/g sol frais (Figure 1). Cependant, 2, 3 et 6 mois après l'épandage au cours de la campagne 2004/2005, les parcelles amendées de fumier ont des teneurs légèrement supérieures à celles des autres parcelles, sans que cette différence ne soit significative (différence inférieure à un facteur 10).
C. perfringens est également détecté dans  le sol, mais sans effet significatif de l'apport de PRO (Figure 1). Avant épandage, ainsi que 1 et 2 mois après épandage, les concentrations dans le sol sont dispersées entre 10 et 100 UFC/ g sol frais. 6 mois après l'épandage, la concentration passe sous le seuil de détection (10 UFC/ g MB). Cette diminution pourrait être expliquée par les conditions climatiques. En effet, ce prélèvement est réalisé après une période hivernale froide, durant laquelle C. perfringens pourrait se trouver sous forme sporulée, non détectée par la méthode analytique employée. La remontée des températures expliquerait l'augmentation de C. perfringens (germination des spores), jusqu'à une teneur de 100 UFC / g sol frais 13 mois après l'épandage qui est un niveau comparable au niveau initial mesuré en septembre 2004. Cette valeur est retrouvée par la suite en juillet 2006 et juillet 2007.

Figure 1. Evolution des niveaux de population des entérocoques et de C. perfingens au cours du temps dans le sol de septembre 2004 à septembre 2007.