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Les relations entre alimentation et santé humaine constituent des enjeux importants des dynamiques à favoriser au sein des systèmes alimentaires. Ces enjeux concernent les comportements et les régimes alimentaires des consommateurs, tout autant que les caractéristiques des aliments et des manières de les produire. Les qualités sanitaires (chimiques et microbiologiques), organoleptiques et nutritionnelles des aliments se construisent de la production agricole jusqu’à la transformation et la consommation finale. Des interactions fortes entre les travaux sur les systèmes d'élevage et de culture, sur les modes de transformation et la nutrition, l'infectiologie, la toxicologie et l'épidémiologie sont attendues.