A partir des années 1970, de grands travaux sont réalisés par les communes du bassin versant du lac du Bourget afin de maîtriser l’eutrophisation : construction et modernisation de stations d’épuration, rejet des eaux traitées dans le Rhône au moyen d’une galerie percée dans la montagne du Chat, déphosphatation des effluents.
La Cellule Technique du Lac du Bourget est chargée entre 1980 et 2006 d’un suivi de base des principaux paramètres physico-chimiques et limnologiques (température, transparence, oxygène, azote, phosphore, chlorophylle a), avec un pas d'échantillonnage bi-mensuel, en période estivale. A l’instigation du CEREVE (Centre d'Enseignement et de Recherche Eau Ville Environnement), pendant les années 1988-89, 1995-96 et 2004-05 le suivi a été renforcé par la mesure des paramètres chimiques et biologiques et a donné lieu à un rapport complet sur l’état de « santé » du lac.
Depuis 1999, l’UMR CARRTEL participe à cette évaluation. Ila porté une attention particulière à la prolifération (visible jusqu’en 2008) d’une cyanobactérie filamenteuse toxique (Planktothrix rubescens) et à la structure des réseaux trophiques pélagiques (dont la boucle microbienne). A partir de 2007 le suivi du lac du Bourget fait l’objet d’un rapport annuel , publié par le CISALB (Comité Intercommunal pour le suivi et l'assainissement du lac du Bourget).  Le lac est aujourd’hui dans un état de ré-oligotrophisation affirmé, faisant de ce système un cas exemplaire en termes de restauration du système face à l’eutrophisation.