Les procaryotes, sont des acteurs de premier plan de la transformation de la matière biogène. Fortement impliqués dans le fonctionnement des écosystèmes par leur participation à tous les grands cycles biogéochimiques, ils contribuent aux services écologiques rendus par les écosystèmes.
Dans les écosystèmes lacustres, la zone benthique occupe une place importante, les sédiments étant le réceptacle d’apports d’origine autochtone (zone pélagique) et allochtone (bassin-versant, affluents). A travers des couplages et des transferts, la zone benthique est également à l’origine de la redistribution des éléments vers la zone pélagique. La zone benthique pourrait au moins autant contribuer à la dégradation de la matière organique que la totalité de la zone pélagique, soulignant l’importance fonctionnelle des communautés microbiennes. Le compartiment benthique étant par ailleurs caractérisé par une forte hétérogénéité spatiale et l’existence de gradients environnementaux, il est susceptible de permettre la mise en place d’activités microbiennes diversifiées.
Les trois lacs profonds périalpins (Léman, Annecy et Bourget) sont des modèles qui présentent des morphométries similaires, des situations et des histoires trophiques contrastées. Ces trois écosystèmes lacustres permettront d’appréhender in situ le rôle fonctionnel de la diversité microbienne benthique.
Les objectifs de ce doctorat sont les suivants :
(1) caractériser les communautés fonctionnelles procaryotes des sédiments lacustres, en termes de densité, diversité spécifique et fonctionnelle, sous l’influence de facteurs biotiques et abiotiques,
(2) estimer les processus associés au métabolisme microbien entre les zones benthiques et pélagiques.

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