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Pour permettre une compréhension plus fine des facteurs impliqués dans la pathogenèse, l’analyse des gènes exprimés ou réprimés par un pathogène permettant son développement chez l’hôte nécessite d’être la plus précise possible. Par conséquent, étudier le profil d’expression des gènes lorsque le pathogène est en contact direct avec des cellules de l’hôte lors de l’infection représente un grand intérêt. Cependant, le suivi d’expression génique des pathogènes et de l’hôte est généralement fait sur des homogénats de tissus infectés, et la notion spatio-temporelle est ainsi perdue.

Pour pallier à cela, deux équipes de l’INRAE de Jouy-en-Josas, l’unité MICALIS et la plateforme @BRIDGe de l’unité GABI, ont évalué l’utilisation de la capture par microdissection laser (LCM) dans le but de collecter des bactéries in situ directement au contact du tissu intestinal de l’hôte, et dans une zone définie. L’approche expérimentale utilise comme modèle d’infection une lignée de chenilles Gallleria mellonella axéniques et le pathogène opportuniste Bacillus cereus. Les chenilles sont infectées par gavage et la collecte des bactéries par LCM est faite sur des cryo-coupes de chenilles congelées. L’extraction de l’ARN est effectuée à deux temps : les bactéries étaient soit dans la lumière de l’intestin soit en contact avec les cellules de l’épithélium. L’analyse par qPCR a ciblé en particulier le suivi de l’expression des gènes en relation avec l’homéostasie du fer chez B. cereus.

L’étude, publié dans Virulence, montre pour la première fois que la LCM permet une analyse fine in situ de l’interaction entre des bactéries extracellulaires et l’hôte, validant également l’intérêt du modèle insecte G. mellonella, qui est un hôte alternatif, de plus en plus utilisé, pour des études d’interaction hôte -pathogènes.

Contacts: 

• Claudia Bevilacqua 
• Christina Nielsen-leroux