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Caractérisation des ARN circulaires dans le testicule de porc

29 mars 2018

@ INRA A. Robic
Annie Robic, UMR1388 Génétique, Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE), Equipe Génétique et Epigénétique moléculaires des espèces animales utilisées en croisement, INRA, Castanet Tolosan, France.

Jeudi 5 avril 2018 à 11h00

Centre INRA IdF Jouy-en-Josas

Amphithéâtre du bâtiment 440

Résumé

Les ARN circulaires ont été découverts depuis très longtemps mais il a fallu attendre 2012 pour que l'on ne les considère plus comme des artefacts. En effet ils sont produits en même temps que les transcrits linéaires et peuvent jouer un rôle important, en particulier dans le cerveau (développement et sénescence).
Les plus nombreux ne comportent que des exons et sont issus d'un back-splicing. Il existe aussi des ARN circulaires issus d'une non-dégradation du lariat intronique et n'incluant qu'un seul intron, de petite taille. Les ARN circulaires exoniques sont retrouvés principalement dans le cytoplasme où ils pourraient avoir un effet d’éponge vis-à-vis des miRNAs. Les introniques sont quant à eux retrouvés principalement au niveau du noyau et pourraient avoir une action sur le promoteur de leur gène parent.
Les ARN circulaires sont particulièrement résistants du fait de leur structure en boucle et ne sont pas polyadénylés. On ne les retrouve que dans les séquençages RNAseq obtenus après soustraction des séquences ribosomales (ribo-depletion). Nous avons entrepris la caractérisation des ARN circulaires présents dans le testicule de verrat en fin de croissance, à partir de 8 échantillons. Plus de 10000 transcrits circulaires de type exoniques ont été identifiés et ils sont issus de plus de 3800 gènes. Plus de 80% de ces gènes avaient déjà été identifiés chez l'homme comme gènes susceptibles d'être concerné par ce phénomène.

La caractérisation des ARN circulaires introniques est plus difficile car ils sont plus rares et moins bien formatés.

D'un point de vue quantitatif, il est difficile de les étudier car seuls 1/3 des ARN circulaires ont une expression significative. Néanmoins nous avons essayé d’étudier la relation entre les ARN circulaires du testicule et la production d’androstenone (évaluée par son stockage dans le gras). Un de nos 8 animaux présentait une accumulation d’ARN circulaires. Cet animal (animal-31) a été abattu à un âge très avancé, avec un très faible niveau d'estradiol et un taux élevé d'androsténone. Nous avons quelques éléments pour penser que cette accumulation d’ARN circulaires précède la production d’Estradiol et qu’elle ne serait pas spécifique d’une puberté déclenchée tardivement. Cet animal a été un atout pour la phase de caractérisation mais un handicap pour la deuxième phase de ce travail.

Invitée par Hervé Acloque et Elisabetta Giuffra, UMR1313 Génétique Animale et Biologie intégrative