En savoir plus

Notre utilisation de cookies

« Cookies » désigne un ensemble d’informations déposées dans le terminal de l’utilisateur lorsque celui-ci navigue sur un site web. Il s’agit d’un fichier contenant notamment un identifiant sous forme de numéro, le nom du serveur qui l’a déposé et éventuellement une date d’expiration. Grâce aux cookies, des informations sur votre visite, notamment votre langue de prédilection et d'autres paramètres, sont enregistrées sur le site web. Cela peut faciliter votre visite suivante sur ce site et renforcer l'utilité de ce dernier pour vous.

Afin d’améliorer votre expérience, nous utilisons des cookies pour conserver certaines informations de connexion et fournir une navigation sûre, collecter des statistiques en vue d’optimiser les fonctionnalités du site. Afin de voir précisément tous les cookies que nous utilisons, nous vous invitons à télécharger « Ghostery », une extension gratuite pour navigateurs permettant de les détecter et, dans certains cas, de les bloquer.

Ghostery est disponible gratuitement à cette adresse : https://www.ghostery.com/fr/products/

Vous pouvez également consulter le site de la CNIL afin d’apprendre à paramétrer votre navigateur pour contrôler les dépôts de cookies sur votre terminal.

S’agissant des cookies publicitaires déposés par des tiers, vous pouvez également vous connecter au site http://www.youronlinechoices.com/fr/controler-ses-cookies/, proposé par les professionnels de la publicité digitale regroupés au sein de l’association européenne EDAA (European Digital Advertising Alliance). Vous pourrez ainsi refuser ou accepter les cookies utilisés par les adhérents de l'EDAA.

Il est par ailleurs possible de s’opposer à certains cookies tiers directement auprès des éditeurs :

Catégorie de cookie

Moyens de désactivation

Cookies analytiques et de performance

Realytics
Google Analytics
Spoteffects
Optimizely

Cookies de ciblage ou publicitaires

DoubleClick
Mediarithmics

Les différents types de cookies pouvant être utilisés sur nos sites internet sont les suivants :

Cookies obligatoires

Cookies fonctionnels

Cookies sociaux et publicitaires

Ces cookies sont nécessaires au bon fonctionnement du site, ils ne peuvent pas être désactivés. Ils nous sont utiles pour vous fournir une connexion sécuritaire et assurer la disponibilité a minima de notre site internet.

Ces cookies nous permettent d’analyser l’utilisation du site afin de pouvoir en mesurer et en améliorer la performance. Ils nous permettent par exemple de conserver vos informations de connexion et d’afficher de façon plus cohérente les différents modules de notre site.

Ces cookies sont utilisés par des agences de publicité (par exemple Google) et par des réseaux sociaux (par exemple LinkedIn et Facebook) et autorisent notamment le partage des pages sur les réseaux sociaux, la publication de commentaires, la diffusion (sur notre site ou non) de publicités adaptées à vos centres d’intérêt.

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit des cookies sessions CAS et PHP et du cookie New Relic pour le monitoring (IP, délais de réponse).

Ces cookies sont supprimés à la fin de la session (déconnexion ou fermeture du navigateur)

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit du cookie XiTi pour la mesure d’audience. La société AT Internet est notre sous-traitant et conserve les informations (IP, date et heure de connexion, durée de connexion, pages consultées) 6 mois.

Sur nos CMS EZPublish, il n’y a pas de cookie de ce type.

Pour obtenir plus d’informations concernant les cookies que nous utilisons, vous pouvez vous adresser au Déléguée Informatique et Libertés de l’INRA par email à cil-dpo@inra.fr ou par courrier à :

INRA
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

Menu Logo Principal Unites_SAPS

SAPS - Sciences Animales Paris-Saclay

Les Faits Marquants SAPS en 2019

Les Faits Marquants illustrent les principales recherches des unités de recherche SAPS de l'année. Ils sont issus de publications scientifiques d'excellence ou d'évènements majeurs dans le domaine des Sciences Animales et reflètent les résultats de recherche les plus marquants de nos Projets Phare.

PP1 : Construction des phénotypes

PP2 Sélection dans les élevages de demain

PP3 : Nouvelles stratégies pour la santé animale et la santé publique

PP4 : Prédiction des phénotypes et des réponses adaptatives

Science et Société

# PP1 : Construction des phénotypes

Effets sur le métabolisme et le comportement olfactif de l’obésité et de la perte de poids maternelle en période préconceptionnelle
BREED -Effets sur le métabolisme et le comportement olfactif de l’obésité

L'obésité maternelle prédispose les enfants aux maladies chroniques. Il est donc recommandé aux femmes obèses de perdre du poids avant d’entamer une grossesse, mais les éventuels effets secondaires sur la descendance n’ont pas été étudiés. Des chercheurs de l’équipe MECP2 de l’unité BDR (Biologie du Développement et Reproduction) ont étudié des portées de souris nées de mères contrôles, obèses, ou ayant été obèses avant de perdre du poids juste avant la gestation. Le métabolisme et l’olfaction de ces animaux ont été suivis de la naissance à l’âge adulte, et soumis à un régime obésogène ou pas. L’effet majeur observé est associé au régime post-natal de l’individu, l’effet lié à la mère est moindre. Cependant, les mâles nés de mères obèses présentent une obésité aggravée par rapport aux descendants de mères contrôles. Par ailleurs, nos résultats confirment les avantages de la perte de poids maternelle pour la santé métabolique des descendants, mais mettent en évidence certains effets potentiellement indésirables sur les comportements à base olfactive. Il reste à clarifier si cet effet est dû à la perte de poids en elle-même ou au stress maternel engendré par le changement de régime.

Publication >  DOI: 10.3390/nu11050948.

L’exposition gestationnelle aux gaz d’échappement de moteur Diesel perturbe le statut métabolique de la descendance jusqu’à la seconde génération, chez le lapin.
statut métabolique de la descendance jusqu’à la seconde génération, chez le lapin

La pollution de l'air est devenue une préoccupation majeure au cours des dernières décennies pour la santé dans la plupart des pays industrialisés ou en développement. Les femmes enceintes sont exposées à cet environnement, mais les conséquences sur la santé de leurs enfants et les effets sur plusieurs générations de la descendance sont mal connus. Dans cet objectif, des chercheurs de l’unité BDR (Biologie du Développement et Reproduction) ont développé un modèle d’exposition chez le lapin : les femelles F0 sont exposées aux gaz d'échappement diesel pendant la gestation, puis nous avons étudié les effets de cette exposition sur les descendantes femelles F1 et sur les fœtus de deuxième génération. Le métabolisme des femelles adultes F1 exposées pendant leur vie fœtale est altéré, ainsi que la fonction placentaire de la deuxième génération. Les résultats montrent que l'exposition indirecte aux DE, via une transmission intergénérationnelle devraient être considérées comme un facteur de mal-programmation dans le contexte des origines développementales de la santé et des maladies (DOHaD).

Publication > DOI: 10.1038/s41598-019-46130-x

Exposition des femelles gestantes aux gaz d'échappement de moteur diesel : effets sur le système olfactif des fœtus et le comportement postnatal.
@INRAE

La pollution atmosphérique, notamment celle issue des gaz d'échappement de moteur diesel, a un effet négatif sur le système nerveux central des individus directement exposés. Des chercheurs de l’unité NBO et BDR ont étudié les conséquences d’une exposition indirecte aux particules fines de diesel (PFD) pendant la gestation. Un modèle d’exposition gestationnelle de lapines aux PFD, dans des conditions proches de celles rencontrées chez l’homme lors de pics de pollution, révèle la présence d’amas particulaires dans les tissus olfactifs et une altération de la neurotransmission dans le bulbe olfactif au stade fœtal. Le comportement des descendants en réponse à une odeur phéromonale alimentaire est modifié à la naissance.
Du fait de l'importance de la neurotransmission dans la plasticité des circuits neuronaux, de telles altérations pourraient s’accompagner de dérégulations dans d’autres régions cérébrales et/ou avoir des conséquences neurocomportementales à plus long terme.

Publication > DOI: 10.1186/s12989-018-0288-7

L’inactivation du gène DMXL2 chez la souris perturbe l’olfaction mais aussi l’efficacité de la première vague de spermatogenèse.
Expression de Dmxl2 chez la souris

La différenciation des gonades est une étape cruciale qui conditionne la future fertilité des individus. Des chercheurs de l’unité BDR (Biologie du Développement et Reproduction) ont étudié chez la souris le gène Dmxl2, exprimé dans les gonades, mais dont le rôle était inconnu Les souriceaux dont le gène Dmxl2 a été inactivé meurent dans les 12h, ils présentent une altération de la transmission des informations olfactives, entrainant l’absence de prise alimentaire. Pour évaluer son rôle dans les gonades, une délétion de ce gène spécifiquement dans ces organes a été réalisée. Bien que la fertilité des souris ne soit pas affectée, l’absence de Dmxl2 dans le testicule perturbe la première vague de spermatogenèse, entraînant une très faible production de spermatozoïdes à la puberté. Ces résultats suggèrent que des mutations du gène DMXL2 pourraient être à l’origine de subfertilité chez les mâles et devraient être recherchées chez les hommes ou les animaux présentant des troubles de la fertilité.

Publication > DOI: 10.1371/journal.pgen.1007909

Un nouveau modèle de culture cellulaire pour explorer les échanges trans-placentaires chez le lapin.
PP1.5

Le placenta contrôle les échanges entre la mère et le fœtus. L’environnement maternel (nutrition, exposition à des polluants…) peut conduire à des perturbations des fonctions placentaires, avec des conséquences sur la santé des individus à naître. Afin de réaliser des études fonctionnelles en réduisant le recours aux animaux, un modèle cellulaire a été développé par des chercheurs de l’unité BDR (Biologie du Développement et Reproduction) pour reproduire la barrière impliquée dans les échanges trans-placentaires. Le lapin a été choisi car sa structure placentaire est similaire à celle de l’homme. Des cellules souches trophoblastiques* ont été mises en culture puis différenciées en se rapprochant des conditions physiologiques. Notamment, un flux de milieu mimant le flux sanguin a été appliqué sur les cultures, ce qui a induit la fusion des cellules, ainsi que la formation de gouttelettes lipidiques (importante source d’énergie pour le fœtus), et de microvillosités (augmentant la surface d’échanges). Ce modèle permettra l’étude de la différentiation des cellules trophoblastiques, ainsi que leur fonction dans les transferts trans-placentaires, en conditions normales et pathologiques (obésité, diabète), ou en présence de polluants (nanoplastiques, nanoparticules).
* cellules souches trophoblastiques : cellules dans l’embryon qui donnent naissance au placenta

Publication > DOI: 10.1016/j.bbagen.2019.07.00

Les interactions entre l’embryon et l’utérus : du sur-mesure dès l’initiation de la gestation.
Illustration schématique des interactions entre l’embryon et l’endomètre dans l’espèce bovine

L’une des étapes cruciales de la gestation est l’implantation de l’embryon dans l’utérus au contact d’un tissu appelé endomètre. Cependant, les mécanismes qui permettent cette implantation demeurent encore largement méconnus. Dans le cadre d’une collaboration avec des chercheurs américains, des chercheurs de l’équipe EMDI dans l’unité BDR (Biologie du Développement et Reproduction)  montrent qu’entre l’embryon et l’endomètre s’établit une communication qui leur permet de s’adapter l’un à l’autre. L’expression des gènes dans l’embryon et l’endomètre en début de gestation (juste avant l’implantation) a été analysé chez les bovins. De nombreux processus biologiques à l’œuvre dans les deux tissus sont étroitement corrélés. Cos données mettent en lumière l’extrême complexité du processus d’implantation et sa régulation très fine et précise, qui varie notablement d’une femelle à l’autre et caractérise chaque gestation. Cette étude est la première qui analyse simultanément l’expression des gènes chez un embryon et dans l’utérus qui lui fait face chez une espèce mammifère. Les résultats de ces recherches aident à la compréhension des défauts d’adaptation qui entrainent des échecs de gestation précoces chez les mammifères.

Publication > DOI : 10.1371/journal.pbio.3000046

Dnajc2, nouvel acteur indispensable au développement précoce des embryons de mammifères.
Embryon mammifères

Des expériences en culture cellulaire ont suggéré que la protéine Dnajc2 pouvait exercer un rôle favorable sur le développement musculaire et pourrait donc être un levier de sélection pour la production de viande. L’analyse de son rôle in vivo a été entreprise par invalidation de ce locus par édition du génome en souris. Les embryons mutés présentent une létalité précoce, au moment de l’implantation. Jusqu’à ce stade la présence de la protéine est détectée même dans les mutants, ce qui suggère un rôle des ARNs maternels présents dans les premiers stades embryonnaires. L’injection d’ARNs interférents* dans les zygotes en culture a résulté en une incapacité des œufs à se développer in vitro jusqu’au stade blastocyste. Le rôle essentiel du gène Dnajc2 sur le développement embryonnaire précoce des mammifères en fait un candidat pour expliquer des défauts de reproduction observés dans certains croisements chez les animaux de ferme.
* ARNs interférents : ARN simple ou double brin dont l'interférence avec un ARN messager spécifique conduit à sa dégradation et à la diminution de sa traduction en protéine

Publication > DOI: 10.1016/j.bbrc.2019.06.009

Chatouiller des rats pour mieux comprendre les émotions positives.
@INRAE émotions des rats

Les rats jouent entre eux et ces comportements leur procure du plaisir. Le jeu des rats peut être modélisé en laboratoire en utilisant le ‘tickling’ (chatouilles). La main d’un expérimentateur interagit avec l’animal et celui-ci produit des vocalises ultrasonores en réponse. Elles sont produites lors de l’activation des zones cérébrales de la récompense et représentent un marqueur objectif que l’expérience leur est agréable. En collaboration avec des collègues de l’institut Roslin en Ecosse, des chercheurs de l’unité NBO ont adapté ce modèle de tickling pour explorer la biologie des émotions positives. Dans un premier temps ils ont démontré que, suite à des séances de tickling en présence d’odeur, les rats peuvent associer cette expérience agréable avec cette odeur. Ils cherchent maintenant à explorer les effets d’un tel apprentissage, notamment en terme de potentiel effet apaisant, en réponse à un stress. Les chercheurs ont aussi étudié les relations entre le tickling et le comportement de jeu. Une meilleure compréhension de la biologie des émotions positives participe à l’effort pour une amélioration du bien-être animal.

Publication > DOI: 10.1371/journal.pone.0212829 ; 10.1016/j.applanim.2019.104879

#PP2 Sélection dans les élevages de demain

Déterminisme génétique de l’aptitude fromagère du lait
@MP Sanchez

Les aptitudes fromagères sont des paramètres complexes à étudier car leur mesure directe est difficile. Or, leur maitrise dès la phase de production du lait est un enjeu fort, compte tenu de l’importance de la filière fromagère. La spectrométrie Moyen Infra Rouge (MIR) qui a démontré sa capacité à prédire précisément la composition fine du lait, était une bonne candidate pour prédire l’aptitude à la coagulation, à l’acidification, et le rendement.
Des chercheurs de l’unité GABI ont développés des équations de prédiction des aptitudes fromagères à partir des spectres Moyen Infra Rouge du lait et les ont appliquées à plusieurs millions de spectres en race bovine Montbéliarde. Une analyse génétique montre que les paramètres de coagulation et de rendement sont héritables. Une analyse d’association à l’échelle de la séquence du génome complet a mis en évidence 59 QTL, ainsi qu’un réseau de 736 gènes co-régulés. Ces avancées vont fournir des outils techniques tant pour la sélection que pour le conseil en élevage, pour une maitrise des qualités fromagères dès le stade de la production du lait. Des études analogues sont en cours de discussion avec d’autres régions et races françaises.

Publication > DOI : 10.3168/jds.2018-14878 ; DOI : 10.3168/jds.2019-16320

Commercialisation d’un test de génotypage du caractère poil frisé chez le cheval de race Curly.
Chevaux curly

Les chevaux de race Curly ont la particularité d'avoir un poil très frisé. Cette particularité est due à une mutation de la kératine 25 (KRT25) identifiée par des chercheurs de l’unité GABI. La structure de ce poil frisé confère aux chevaux de race Curly la réputation d’être hypoallergénique. L’identification de la mutation a permis la mise au point kit de test de génotypage rapide, fiable et utilisable en routine par un laboratoire d'analyses vétérinaires. INRA Transfert et le laboratoire LABEO Frank Duncombe (Caen) viennent de signer une licence de savoir-faire sur ce test. Ce test de génotypage de la mutation « poil frisé » va être utile aux éleveurs de cette race pour génotyper les étalons et les juments afin de conduire des accouplements raisonnés et de produire des poulains au poil frisé, mieux valorisés comme chevaux de loisirs.

Publication > DOI: 10.1186/s12711-017-0359-5

Des bars plus efficaces par sélection génétique.
@INRAE Sélection génétique des bars

Pour soutenir le développement nécessaire de la production aquacole, il est indispensable d’aller vers une production plus efficace, consommant moins d’aliments et produisant moins de rejets. La sélection pour l’efficacité alimentaire est une gageure chez les poissons, chez lesquels il est impossible de mesurer la consommation alimentaire des individus dans un élevage normal. Avec une nouvelle méthode combinant élevage en aquariums individuels et sélection génomique, des chercheurs de l’unité GABI ont montré dans le projet européen EMBRIC, en partenariat avec l’IFREMER, qu’une telle sélection peut devenir possible chez le bar, espèce majeure de l’aquaculture en Méditerranée. La validation de la méthode sur d’autres espèces et populations est en cours dans le cadre de deux nouveaux projets européens (PerformFish, AquaIMPACT).

Publications > DOI: 10.3389/fgene.2019.00219

Diversité génétique des lignées françaises de truite arc-en-ciel.
@M. Dupônt-Nivet Truite arc-en-ciel

En comparaison des espèces terrestres, la sélection en aquaculture est une activité récente. Les lignées de truite arc-en-ciel sont sélectionnées en France en lignées fermées depuis les années 1990. La constitution initiale puis la sélection peuvent conduire à une réduction de la variabilité génétique. Or, cette variabilité est garante du progrès génétique à long terme et de la capacité des lignées à s’adapter aux changements d’environnement. Des chercheurs de l’unité GABI ont évalués la diversité génétique de quatre lignées commerciales et deux lignées expérimentales françaises. Pour cela 32 à 49 poissons par lignée ont été genotypés. Les effectifs efficaces et la consanguinité estimés révèlent une variabilité génétique plus faible qu’attendue à partir de calculs sur pedigrees. L’utilisation des marqueurs génétiques donne une vision plus précise et révèle des événements antérieurs à la gestion rationnelle des lignées tels que des effets fondateurs. L’objectif est maintenant d’étudier l’origine et les conséquences de la diminution de variabilité génétique observée et de proposer une stratégie d’amélioration des programmes de sélection basée sur une gestion locale de la variabilité génétique le long du génome.
Publication > DOI: 10.1186/s12711-019-0468-4

Microbiote ruminal et méthane entérique de vaches Holstein.
INRAE microbiote intestinal

La réduction de l’impact des ruminants sur le réchauffement climatique passe par une réduction des émissions de méthane entérique. Des différences individuelles d’émission ont été mises en évidence entre bovins, mais la part de ces différences liée à la composition de leur microbiote ruminal* est encore inconnue. Des chercheurs de l’unité GABI ont étudié l’implication des diverses populations de microorganismes du rumen dans les différences d’émission de méthane entérique de vaches Holstein en production laitière. Un ensemble de biomarqueurs microbiens simultanément liés à l’émission de méthane entérique et à la structure de la communauté bactérienne du rumen a été identifiés. Ces biomarqueurs pourraient être utilisés dans le cadre de programmes de sélection ciblés de réduction du méthane dans les élevages de bovins laitiers, à condition qu'ils soient héritables.
* microbiote ruminal : microorganismes présents dans le rumen

Publication > DOI: 10.1111/jbg.12427

Y-a-t-il des limites à la sélection : le cas des volailles.
Sélection génétique des volailles

Les productions avicoles sont actuellement en croissance, avec des animaux aux performances de plus en plus élevées. Cette évolution s’accompagne de l’occurrence régulière de maladies métaboliques sévères les poulets de chair ou de comportements anormalement violents chez les pondeuses. Des acteurs de la société sont choqués et font pression sur les filières. La responsabilité de la recherche est d’avoir une attitude indépendante et critique sur ce débat sensible qui est au cœur de la durabilité. Il s’agit d’équilibrer le gain économique à court terme avec la préservation de la diversité génétique à moyen/long terme mais aussi avec le respect de l’intégrité de l’animal en tant qu’individu et pas seulement en tant que produit alimentaire.
> En savoir plus

Impact de la sélection génomique sur la diversité génétique chez les bovins laitiers
@INRAE Sélection génomique bovins laitiers

L’arrivée de la sélection génomique dans les grandes races bovines laitières a considérablement modifié les programmes de sélection mais son impact sur la diversité génétique était encore inconnu. Une étude a été menée par des chercheurs de l’unité GABI sur l’évolution de la diversité génétique avant et après la mise en place de la sélection génomique dans les races bovines Montbéliarde, Normande et Holstein. Cette étude a montré que la mise en place de la sélection génomique a conduit à une très forte diminution de l’intervalle de génération, qui, comme attendu, s’accompagne d’un accroissement très significatif du progrès génétique annuel pour les trois races. Cependant le bilan est plus contrasté pour la diversité génétique. En effet, l’augmentation de la consanguinité est restée stable pour les races Normande et Montbéliarde, alors qu’une nette accélération est observée pour la race Holstein. Ce résultat s’explique du fait que le programme de sélection français de la race Holstein est confronté à une forte concurrence internationale. Pour concilier maintien de la diversité génétique et création du progrès génétique, il est nécessaire de proposer et d’évaluer, notamment par simulation, des programmes alternatifs de sélection.
Publication > DOI: 10.1186/s12711-019-0495-1

Stratégies d’analyse des anomalies génétiques chez les bovins
@INRAE Projet BOVANO

Le projet BOVANO financé par l’ANR et Apis-Gene (2014-19) et porté par l’unité GABI a permis de caractériser 35 anomalies génétiques dans les différentes races bovines. Il s’est appuyé sur trois stratégies, (a) la description de cas cliniques dans le cadre de l’observatoire national des anomalies bovines l’ONAB, (b) la détection de mortalité embryonnaire par déficit en homozygotes de certaines régions du génome, (c) l’analyse de porteurs de mutations a priori délétères détectées par séquençage. Des tests de diagnostic sont disponibles sur la puce SNP utilisée en sélection génomique.
> En savoir plus

Etude de l’expression allèle-spécifique chez les bovins
INRAE Expression allèle spécifique chez les bovins

Des variants génétiques peuvent moduler l’expression des gènes et donc potentiellement altérer des phénotypes. La mesure de l’expression différentielle allélique*, un phénomène appelé expression allèle-spécifique (ASE) peut être utilisée pour détecter les variants ayant un effet cis-régulateur sur l’expression des gènes. Des chercheurs de l’unité GABI ont effectué une analyse pan-génomique de l’ASE chez des bovins de race Limousine. Ils ont montré que l’ASE est un phénomène fréquent dans le tissu musculaire. Ces résultats devraient nous aider à identifier les variants cis-régulateurs impactant directement des caractères d’intérêt agronomique (comme ici les qualités des viandes). Ces variants causaux pourront ensuite être utilisés pour améliorer les méthodes de sélection génétique.
*Un allèle est une version variable d'un même gène, c'est-à dire une forme variée qui peut être distinguée par des variations de sa séquence nucléotidique.
Publication > DOI:10.1038/s41598-019-40781-6

#PP3 : Nouvelles stratégies pour la santé animale et la santé publique

L'interleukine 17c comme acteur des défenses antivirales de la muqueuse olfactive chez la souris
Expression de Dmxl2 chez la souris

A l’interface de l’environnement et du système nerveux, la muqueuse olfactive (MO) est un site privilégié d’entrée des pathogènes vers le système nerveux central. En contact étroit avec l’environnement, les neurones olfactifs baignent dans un environnement immunologique particulier. En effet, la MO est un lien de synthèse et de sécrétion de facteurs immuns, antimicrobiens et de cytokines. La position et les propriétés de la MO font donc de ce tissu un excellent modèle pour étudier les interactions entre système nerveux et système immunitaire. Parmi le panel de messagers rattachés au système immunitaire, des chercheurs de l’unité NBO se sont intéressés à l’interleukine 17C (IL-17C) dont les récepteurs sont exprimés au niveau de la MO. Ils montrent par des approches combinées d’immunohistochimie, d’hybridation in situ, d'électrophysiologie et d’imagerie calcique que  l'IL-17C est notamment secrétée dans un contexte viral et limite la mort cellulaire induite par ce contexte. Ces travaux ouvrent la voie vers une meilleure compréhension des mécanismes immunitaires présents au sein de la cavité nasale permettant de limiter
l’entrée de pathogènes vers le système nerveux central

Publication > DOI: 10.1016/j.bbi.2019.02.012

Les agents pathogènes détectés dans les organes de tiques
PP3.1

Les tiques sont des organismes strictement hématophages, capables d’infester toutes les classes de vertébrés terrestres, mammifères dont l’homme, oiseaux, reptiles et même amphibiens. Du fait de leur mode de vie, elles sont responsables de la transmission d’un grand nombre d’agents pathogènes pour l’homme ou l’animal. Des chercheurs de l’unité BIPAR ont étudié les agents pathogènes transmis par les tiques dans deux organes clés de tiques Ixodes ricinus, le tube digestif et les glandes salivaires, qui jouent un rôle déterminant dans l’acquisition et la transmission de ces agents. L’un des résultats principaux concerne les bactéries du groupe Borrelia burgdorferi s.l., responsables de la maladie de Lyme. Plusieurs espèces ont été détectées à la fois dans les glandes salivaires et le tube digestif de femelles à jeun. Or, il est communément reconnu que les membres de ce complexe sont stockés dans le tube digestif et que leur migration dans les glandes salivaires ne s’effectue que lors de la prise d’un nouveau repas sanguin. Ce résultat a permis de remettre en perspectives certains postulats établis sur les mécanismes de transmission de ces agents pathogènes et de soulever de nouvelles hypothèses concernant la dynamique des Borrelia à l’échelle des organes de la tique.
Publication > DOI: 10.1186/s13071-019-3418-7

Création d'un groupe de recherche européen pour la recherche sur les tiques
Europe

Les maladies qui sont associées aux tiques constituent un problème pour la santé humaine et animale. L'Europe doit développer son leadership dans la recherche sur cette thématique. À cette fin, l'intégration et la complémentarité des institutions européennes sont essentielles. La première réunion franco-tchèque sur les tiques (FCTM 1) a rassemblé environ 50 participants à Maisons Alfort. Pendant deux jours, 30 chercheurs (français et tchèques) ont présenté leurs résultats scientifiques relatifs à la recherche sur les tiques. En outre, plusieurs exposés sur les méthodologies relatives à l'étude des parasites ou des agents pathogènes ont été inclus dans le programme. Les chercheurs français provenaient de l’unité BIPAR, de l’unité et de l'unité d’Epidémiologie (LSAn, ANSES Maisons Alfort), et les chercheurs tchèques provenaient de l'Institut de parasitologie du Centre de biologie de l'Académie tchèque des sciences, Ceske Budejovice. Un groupe de coopération franco-tchèque dans la recherche sur les tiques a été créé (FCTM).

> En savoir plus

Obtention de 4 contrats européens sur la thématique « Foodborne Zoonotic Parasites »
Europe

Les parasites zoonotiques transmis par les aliments (« Foodborne ») sont des agents pathogènes zoonotiques dont l’impact est très élevé en termes de santé publique et/ou de coût socio-économique. Une équipe de l’unité BIPAR a obtenu quatre contrats européens dans le cadre de l’appel d’offres du consortium One Health European Joint Project. Ces projets porteront sur quatre parasites priorisés comme majeurs à l’échelle européenne et mondiale : Toxoplasma gondii, Trichinella spp. Cryptosporidium spp. et Giardia duodenalis. Deux thèses de doctorats seront pilotées par l’équipe, l’une sur la détection des infections par Trichinella , l’autre dédiée à une étude sur la survie de Toxoplasma dans des matrices alimentaires et à une quantification de facteurs de risques. Le contrat « ToxoSource » est dédié à
l’identification des sources de contamination de l’homme par Toxoplasma gondii. Enfin, le contrat « Paradise » visera l’amélioration de la détection et de l’identification moléculaire de Cryptosporidium spp et Giardia duodenalis.

Les prions peuvent infecter d’autres organes que le cerveau, comme les organes lymphoïdes
Cellule folliculaire dendritique (flèche jaune) et macrophages (flèche blanche) au sein d’un granulome	Cellule folliculaire dendritique

Les prions ne se répliquent pas uniquement dans le cerveau. Bien que cette information soit connue de longue date, on sait depuis peu que les prions peuvent circuler incognito dans le système lymphoïde* humain, et que la barrière d’espèce est moindre dans ces tissus. Il est donc important d’identifier les facteurs qui permettent la réplication des prions dans ces organes. Dans la rate, les cellules dendritiques folliculaires** semblent nécessaires, mais leur rôle dans d’autres formations lymphoïdes, comme celles qui se développent lors d’inflammation chronique, est controversé. L’équipe MAP2 de l’Unité de Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM) a publié une étude dans Scientific reports qui apporte un nouvel éclairage. Des granulomes*** ont été induits chez des souris qui ont ensuite été inoculées avec 2 souches de prions : l'une, ne se répliquant que dans le système nerveux central (C-ESB), tandis que l’autre colonise également la rate (L-ESB). L’expérience montre que les granulomes et la rate se comportent de manière similaire en répliquant uniquement la souche L-ESB. Les prions s'accumulent principalement dans les structures périphériques du granulome, où des macrophages, mais aussi des cellules dendritiques folliculaires sont présents.
Ces travaux confirment le rôle des cellules dendritiques dans la réplication extra-neurale des prions et suggèrent que tous les tissus lymphoïdes peuvent être infectés par certaines souches de prions.
Publication > https://www.nature.com/articles/s41598-019-51084-1
* le système lymphoïde regroupe les tissus (comme la rate) où maturent et résident les lymphocytes et d'autres cellules du système immunitaire.
** Les cellules dendritiques folliculaires sont des cellules qui participent au fonctionnement du système immunitaire en exerçant des fonctions de cellules présentatrices d'antigènes et en fournissant aux cellules immunitaires (lymphocytes B) les signaux  d’activation nécessaires au développement de la réponse immunitaire spécifique.
*** Les granulomes sont des structures inflammatoires contenant des cellules immunitaires, caractéristiques d’une infection chronique

Vers une nouvelle solution vaccinale contre le virus respiratoire syncytial bovin
@INRAE virus respiratoire syncytial bovin

Le virus syncytial bovin (BRSv pour Bovine Respiratory Syncytial virus) est un agent pathogène majeur causant des maladies respiratoires bovines, affectant particulièrement les jeunes bovins. Les vaccins existants à ce jour n’offrent qu’une protection insatisfaisante. Dans le cadre du consortium européen SAPHIR, dont font partie les unités VIM et GABI, plusieurs candidats vaccins contre le BRSv ont été testés sur de jeunes bovins, dont les particularités immunologiques liées au jeune âge représentent un obstacle à l'efficacité des vaccins conventionnels. Plusieurs approches vaccinales ont été testées lors du projet Saphir. C’est une solution utilisant une protéine recombinante issue de BRSv nommée pre-F (pour pre-fusion protein) qui a particulièrement retenu l’attention des chercheurs car ce vaccin-test a été efficace en une seule administration et présente une très bonne innocuité. Ce candidat semble être la solution optimale pour le développement d’un vaccin commercial contre le BRSv.

> En savoir plus

Une avancée dans la lutte contre les pneumonies humaines et bovines.
Virus respiratoire syncytial (VRS)

Le virus respiratoire syncytial (VRS) est le principal agent responsable de bronchiolites et bronchopneumonies parfois mortelles chez les enfants, les personnes âgées et les animaux d’élevage (bovins). Dans le cadre d’une collaboration internationale entre des chercheurs de l’unité VIM, l’université Aix-Marseille, le CNRS, l’université du Texas et l’entreprise «Janssen Pharmaceutical Companies of Johnson & Johnson », les chercheurs ont réussi pour la première fois à élucider la structure de l’ARN polymérase ARN dépendante, une enzyme indispensable à la survie et la multiplication du virus. Les chercheurs pourront se servir de la structure de l’enzyme virale pour développer des composés qui la ciblent spécifiquement afin de bloquer le cycle du virus.
> En savoir plus

10 ans d’études de la diversité génétique de la bactérie pathogène des poissons Flavobacterium psychrophilum
@INRAE VIM

L’aquaculture connaît la croissance la plus rapide de tous les secteurs de la production alimentaire mais le développement de ces systèmes de production s’accompagne d’importants défis sanitaires. L’élevage de la truite arc-en-ciel, un poisson d’origine nord-américaine, occupe une place importante dans la production française et la
bactérie Flavobacterium psychrophilum est l’un des principaux agents infectieux responsables de pertes dans ces piscicultures. Une meilleure connaissance de cette bactérie permettrait de limiter le recours aux antibiotiques. Les collaborations entre l’unité VIM (équipe Infection et immunité des poissons) et l’unité MaIAGE (équipe Bioinformatique et statistique pour les données omiques) ont permis de caractériser et comprendre la diversité génétique de cet agent pathogène. A travers de nombreuses collaborations internationales, le rôle des échanges intercontinentaux dans sa propagation a été mis en évidence. L’origine géographique et temporelle de la lignée la plus problématique vis-à-vis des piscicultures a également été identifiée.
> En savoir plus

Inflammations utérines post-vêlage chez la vache laitière : vers l’identification de nouveaux biomarqueurs circulants
Inflammations utérines post-vêlage chez la vache laitière

Chez la vache laitière, la prévalence des infections utérines post-vêlage peut atteindre 40 % sous forme de métrite et 30 à 50 % d’inflammation asymptomatique de l’endomètre (endométrite subclinique). Ces maladies utérines post-vêlage réduisent les performances de production, la fertilité, et affectent le bien-être de l’animal. Considérant le rôle important du système immunitaire dans le développement des maladies inflammations, nous avons émis l'hypothèse selon laquelle l’expression des gènes liés à l'inflammation de l'endomètre pourrait se refléter dans les cellules immunitaires circulantes du sang. Dans le cadre d’un projet européen sur les maladies infectieuses en élevage, nous avons analysé l’expression de gènes dans les cellules immunitaires circulantes et des biopsies d’endomètre issues de vaches présentant une endométrite subclinique. Les résultats montrent que plusieurs d’entre eux  représentent des indicateurs périphériques de l’état inflammatoire de l’endomètre. Cette étude ouvre des perspectives sur la mise au point d’un diagnostic non invasif des endométrites asymptomatiques.

Publication > DOI: 1371/journal.pone.0220244. eCollection 2019

1er atelier annuel des Laboratoires Nationaux de Référence Fièvre aphteuse.

Les 7 et 8 octobre 2019, le Laboratoire de santé animale d’Alfort a organisé, à Maisons-Alfort, le premier atelier annuel des LNR sur la fièvre aphteuse (FA) et le 11ème atelier sur la stomatite vésiculeuse (SV). Cet atelier a été organisé conjointement avec le Laboratoire National de Référence belge Sciensano. Une soixantaine de
participants venus de 35 pays et représentants des LNR de l’UE mais aussi de laboratoires de pays voisins (Algérie, Géorgie, Turquie, Monténégro, Serbie, Norvège, Suisse, ...) ont participé à cette réunion. L’enjeu était important puisque c’était le premier atelier organisé par l’Anses dans le cadre du nouveau mandat Laboratoire de Référence Union Européenne FA, détenu depuis le 1er janvier 2019. Le programme scientifique, la qualité des nombreux échanges scientifiques et techniques, l’ambiance conviviale des débats mais aussi l’organisation de l’événement social ont été fortement appréciés par les participants et ont été soulignés par le Dr Fuessel de la Commission européenne.

Des nouveaux cas de veaux infectés par le virus de la fièvre catarrhale ovine (FCO) en France continentale
@INRAE FCO

Depuis mi-décembre 2018, des cas de veaux nés aveugles, chétifs et qui meurent en quelques jours ont été rapportés dans différents départements en France continentale. Depuis janvier 2019, le nombre de cas rapportés aurait considérablement augmenté. Selon les analyses effectuées dans les laboratoires départementaux (PCR* positives sur des échantillons de sang de veaux) et au LNR-Anses du Laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort (PCR positives dans le sang et la rate de veaux), il est très probable que ces signes cliniques soient attribuables au sérotype** 8 spécifique du virus de la fièvre catarrhale ovine (BTV-8). Il semblerait par ailleurs que les veaux soient infectés in utero. 3 souches de BTV-8 ont été isolé de sang de veaux nés en janvier 2019. Il semblerait que dans les fermes touchées, de 2 à 15 % des veaux nouveau-nés ont été infectés. Des investigations sont actuellement en cours pour étudier plus précisément ce phénomène, en partenariat avec les acteurs locaux.
*PCR : polymerase chain reaction : méthode d’amplification d’une séquence d’ADN ou d’ARN permettant ensuite son identification
**serotype : désigne une propriété antigénique permettant d'identifier un virus par des méthodes sérologiques

Identification de molécules cellulaires antivirales impliquées dans l’adaptation et la transmission inter-espèce du virus de l’hépatite E
Virus de l'hépatite E

Le virus de l’hépatite E (HEV) est un pathogène zoonotique* représentant un problème majeur pour la santé publique. Les suidés en sont le réservoir principal et le virus se transmet par contact direct avec les porcs infectés ou par la consommation de viandes infectées. Certains génotypes sont zoonotiques* alors que d’autres infectent seulement les humains. Cette différence soulève des interrogations sur les déterminants du HEV associés au franchissement de la barrière d’espèce. Lors d’une infection virale, l’interféron (IFN) est secrété, qui va alors stimuler l’expression de gènes spécifiques (ISGs). Certains ISGs peuvent limiter la réplication d’un virus et protéger une espèce donnée contre un pathogène. Des chercheurs de l’unité Virologie ont identifiés des ISGs porcins et humains qui pourraient être des inhibiteurs potentiels de la réplication du HEV. Les résultats obtenus permettront de mieux comprendre les facteurs de l’hôte et du virus contribuant au passage de la barrière d’espèce et aideront dans l’avenir à mieux surveiller, contrôler et limiter l’adaptation du virus à de nouveaux hôtes.
> Communication affichée au Meeting Européen sur les Zoonoses Virales, Saint Raphaël (29 Septembre-2 Octobre 2019)
* zoonotique : les zoonoses sont des maladies et infections dont les agents se transmettent naturellement des animaux vertébrés à l'être humain, et vice-versa.

Modélisation pathologique de l’infection par le virus de l’encéphalite à tiques et réponse immunitaire innée spécifique du type cellulaire
Cellules neuronales/gliales infectées par TBEV (rouge). Neurones (vert). Neurones infectés (jaune). Fares M. /Coulpier M

Le virus de l’encéphalite à tiques (TBEV) est, pour la santé humaine, l’arbovirus le plus important en Europe et Asie du nord-est. Il a récemment été identifié dans des zones jusqu’alors indemnes, en France et au Royaume Uni, suggérant une expansion de sa zone endémique. Les chercheurs de l’unité Viologie ont développé un modèle d’infection par TBEV en utilisant des cultures de neurones et d’astrocytes humains, qui reproduit les évènements majeurs de l’infection comme observée dans le cerveau de patients humains. Ils ont montré que les cellules mettent en place une défense antivirale et que cette défense, la réponse immunitaire innée, est spécifique du type cellulaire. Celle-ci est globalement plus forte dans les astrocytes que dans les neurones ce qui est corrélée avec une infection restreinte dans les astrocytes et massive dans les neurones. Ces résultats permettent de mieux comprendre la neuropathogenèse induite par ce virus, de façon à pouvoir proposer des pistes thérapeutiques.
Publication > DOI: 10.1101/819540

Forte prévalence des infections par les virus Dengue et Zika chez les équidés de Nouvelle Calédonie et Polynésie Française
virus Dengue et Zika chez les équidés de Nouvelle Calédonie et Polynésie Française

De nombreux arbovirus* émergents circulent dans le Pacifique sud comme les virus dengue, chikungunya et plus récemment Zika. En 2015-2016, une enquête sérologique dans la population équine a été réalisée en Nouvelle Calédonie et en Polynésie française. L’étude de séroprévalence dans la population équine, réalisée par des chercheurs de l’unité Virologie, montre que le cheval peut être infecté par le virus Zika et celui de la Dengue et que cette infection implique la séroconversion des chevaux. Implicitement, cette étude indique que le vecteur principal de ces viroses en Nouvelle-Calédonie et Polynésie Française, prend des repas sanguins principalement sur des hôtes primates mais également sur d’autres mammifères. Les conséquences de cette infection sur la population équine ainsi que le rôle du cheval dans le cycle épidémiologique du ZIKV et DENV sont deux questions qui nécessiteraient des investigations plus approfondies.
Publication > DOI: 10.1371/journal.pntd.0007162

*Les arbovirus (de l'anglais ARthropod-BOrne VIRUSes) sont un type de virus ayant pour vecteur les arthropodes hématophages

PP4 : Prédiction des phénotypes et des réponses adaptatives

Lancement du projet ADAPT-HERD.
ADAPT-HERD

ADAPT-HERD est un projet européen financé par le programme PRIMA et coordonné par l’UMR MoSAR. Ce projet, démarré fin 2019, vise à concevoir des stratégies de conduite du troupeau qui permettent aux systèmes d’élevage ovins et caprins en zone méditerranéenne d’être efficaces et résilients face aux impacts du changement climatique sur les ressources alimentaires. Ces stratégies chercheront à valoriser au mieux les capacités d’adaptation biologiques des petits ruminants aux challenges alimentaires, limitant ainsi le recours à des intrants externes. Le projet combine des approches expérimentales (compréhension des mécanismes d’adaptation à l’échelle de l’animal), de terrain (phénotypage des races locales et pratiques de conduite des troupeaux) et de modélisation (outils de simulation pour évaluer différents scénarios climatiques). Ces approches seront mises en place dans les différents contextes locaux des partenaires du projet (Egypte, Espagne, France et Tunisie).
> En savoir plus : https://www.adapt-herd.eu

Une application Web pour de nouvelles collaborations multidisciplinaires
Rosetta application

Les données multi-omiques représentent une occasion passionnante d'étudier en profondeur la variabilité moléculaire et l'interaction entre différents niveaux de complexité biologique, mais leur intégration, leur analyse et leur interprétation représentent un défi multidisciplinaire important. Parallèlement, la création d'interfaces web directement à partir du langage de programmation R open-source est désormais possible, ouvrant la voie à un moyen interactif et convivial de communication des données et des résultats d'analyse. En créant une telle application Web interactive, appelée Regeneration Rosetta, des chercheurs de l’unité GABI en collaboration avec l’Université du Wisconsin (USA) ont démontré comment des outils scientifiques interactifs de pointe peuvent améliorer considérablement une collaboration multidisciplinaire. En particulier, cet outil facilite l'exploration de données multi-omiques et l'interprétation fonctionnelle par les collègues des laboratoires de recherche et les utilisateurs finaux qui n'ont pas une grande expertise en bioinformatique.
> En savoir plus

RumimiR : une base de données répertoriant l’ensemble des microARNs bovins, caprins et ovins.
RuminiR

L’utilisation massive des techniques de séquençage haut-débit pour explorer les génomes a généré une grande quantité de données. De nombreuses publications ont décrit plusieurs centaines de séquences de microARNs. des chercheurs de l’unité GABI ont créé une nouvelle base de données, RumimiR, contenant une description détaillée des
microARNs bovins, caprins et ovins. La base de données contient l’ensemble des microARNs connus à ce jour dans trois espèces. Les nouveaux microARNs qui seront décrits dans la littérature seront introduits dans la base de données. Deux mises à jour sont prévues chaque année, avec archivage accessible des versions antérieures. Les génomes de référence utilisés seront aussi pris en compte dans les mises à jour. Cette base de données pourra accueillir les microARNs d’autres espèces en fonction des besoins.
> En savoir plus

Trois nouveaux projets Européens sur l’annotation des génomes
Projets européens

Depuis son lancement, l’initiative FAANG (Functional Annotation of Animal Genomes) s'est élargie grâce aux activités de recherche entreprises par un nombre croissant de partenaires internationaux. L’INRA s’investit fortement dans cette démarche avec l’implication, en coordination ou en participation, dans trois consortiums Européens : GENE-SWitCH, BovReg et AQUA-FAANG.
> En savoir plus

Science et Société

Mohammed Moudjou invité à l’Opéra de Massy pour faire résonner les protéines animales
TEDx Saclay 2019 @L. Faucher

Mohammed Moudjou, chercheur à l’unité VIM, a été invité pour partager ses idées lors de la 5e édition de la conférence annuelle du TEDx Saclay le 28 novembre 2019. Le thème retenu cette année était « Résonance ». Le chercheur a emmené le public découvrir la musicalité associée à l’une des composantes organiques majeure du vivant : les Protéines.
> En savoir plus

Pascale Chavatte-Palmer : Médaille d’or de l’Académie d’Agriculture
Pascale Chavatte-Palmer a reçu en 2019 la médaille d’or de l’Académie d’Agriculture de France

Pascale Chavatte-Palmer a reçu en 2019 la médaille d’or de l’Académie d’Agriculture de France pour ses travaux sur les origines précoces de la santé et des maladies chez les animaux domestiques. Ce prix récompense l’ensemble de sa carrière, de la recherche sur la santé des clones bovins aux recherches plus récentes développées avec son équipe sur les effets d’une alimentation maternelle déséquilibrée ou de l’exposition à la pollution atmosphérique sur le développement du fœtus et du placenta et l’apparition de pathologies métaboliques des descendants, dans un modèle lapin. Il récompense aussi les travaux accomplis en collaboration avec l’Institut Français du Cheval et de l’Equitation (IFCE) sur les effets de l’environnement maternel sur la croissance et la santé du poulain.
> En savoir plus

Parution du livre "Tiques, Lyme & Cie" (Editions SCITEP, Mars 2019) et séance de signatures/conférence au salon du livre
livre "Tiques, Lyme & Cie" (Editions SCITEP, Mars 2019)

Ce livre écrit par deux chercheurs de l’unité BIPAR, Sarah Bonnet et Nathalie Boulanger, fait le point sur les tiques et le danger qu’elles représentent pour la santé humaine et vétérinaire. Toutes les tiques ne sont pas dangereuses et toutes ne transmettent pas de maladies. Mais quand c’est le cas ces affections peuvent être handicapantes et dangereuses. Les connaître et savoir comment elles vivent et se développent est essentiel pour s’en protéger, et aussi savoir réagir en cas de piqûre.