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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Soutenances de thèse

Ronan Griot soutiendra sa thèse, mardi 30 mars, à 14h00 en visio-conférence

Le sujet de ses travaux est : "Développement d'outils et de méthodes de sélection génomique pour le bar et la daurade." Sous la direction de Marc Vandeputte, François Allal et de Sophie Brard-fudulea.

La sélection génomique révolutionne la gestion des populations d'élevage depuis 10 ans. En aquaculture, elle commence à être utilisée chez le saumon. En s'appuyant sur le développement de puces de génotypage à 57.000 SNP chez le bar et la daurade, espèces majeures de l'aquaculture méditerranéenne, et sur des phénotypes de résistance à des pathogènes majeurs (nodavirose et vibriose chez le bar, pasteurellose chez la daurade), le doctorant : - Caractérisera l'architecture génétique des résistances à ces pathologies, dans des populations commerciales et expérimentales - Proposera des modèles d'évaluation génomique adaptés et évaluera leur efficacité - Evaluera la pertinence de l'utilisation de SNP pour l'obtention de pedigrees a posteriori, en remplacement des marqueurs microsatellites actuellement utilisés sélection aquacole.

Manon Chadourne soutiendra sa thèse, lundi 29 mars, à 14h00 en visio-conférence

Le sujet de ses travaux est : "La suppression de Topaz1 perturbe la méiose et l'expression des ARN non-codant longs testiculaires au cours de la spermatogenèse murine." Sous la direction de Béatrice Madon-Pepin et Eric Pailhoux

Résumé : Topaz1 (pour Testis and Ovary specific PAZ domain gene 1) est un gène très conservé chez les vertébrés qui présente une expression spécifique dans les cellules germinales. La caractérisation du modèle murin dépourvu du gène Topaz1 a mis en évidence son rôle indispensable pour la fertilité mâle. Les souris mutantes présentent un arrêt de la spermatogenèse lors de la première division méiotique. Les spermatocytes Topaz1-/- bloqués en fin de prophase I de méiose présentent un défaut d’alignement des chromosomes le long de la plaque métaphasique. D'un point de vue histologique, les différences observées entre les testicules de souris Topaz1-/- et Topaz1+/+ apparaissent entre 15 (P15) et 20 (P20) jours après la naissance. Une première analyse transcriptomique par puce à ADN a montré que 10% des gènes dérégulés (DEGs) à P20 sont des ARN non codants longs (lncRNAs). Au cours de cette thèse, des analyses transcriptomiques à haut débit (RNAseq) ont été réalisées à P16 et P18 afin de mieux caractériser le phénotype testiculaire des souris dépourvues du gène Topaz1. Dès P16, le transcriptome testiculaire est perturbé et le nombre de DEGs est multiplié par 10 à P18. Des gènes associés au centrosome, centriole, à la dynamique des microtubules et à la spermatogenèse appartiennent aux voies moléculaires les plus perturbées. De plus, un quart des DEGs sont des lncRNAs. Trois d'entre eux, dérégulés à P16 et à P18, ont été étudiés par hybridation in situ et biologie moléculaire et sont spécifiques des cellules germinales. Puis une lignée de souris exempt d'un de ces lncRNA a été générée grâce à la technologie CripsR/Cas9. Ces animaux mutants se développent normalement et sont fertiles pour les deux sexes. Néanmoins, les souris mâles mutantes présentent une diminution de plus de 50% de la concentration de spermatozoïdes épipidymaires ainsi qu’une modification de paramètres de motilité par rapport à des souris sauvages. Des nouvelles analyses RNAseq ont été réalisées afin d'étudier le transcriptome testiculaire de ces souris. Elles mettent en évidence que ce lncRNA régule un nombre important de gènes codants pour les protéines (environ 80% des DEGs à P18). Là encore, certains d'entre eux régulent la dynamique des microtubules, la spermatogenèse et la génération des gamètes haploïdes. En conclusion, le gène Topaz1 murin est donc essentiel pour la mise en place d’un fuseau bipolaire en fin de prophase I de méiose et son absence empêche la première division méiotique. La dérégulation d’un nombre important de gènes codants pour des protéines du centrosome, des microtubules et de la spermatogenèse ainsi que la forte répression de l'expression de lncRNAs au sein du testicule murin laisse à penser que des complexes ARNs-protéines se forment au cours de la méiose. Dans cette étude, la suppression d'un de ces lncRNA ne perturbe pas la fertilité des souris bien que la concentration spermatique soit réduire de moitié. Chez l'homme, une telle baisse pourrait conduire à des infertilités masculines. Une mutation du gène Topaz1 chez l'homme pourrait aussi induire une azoospermie non obstructive. L'étude des complexes ARN-protéines pourrait représenter un nouveau champ d’investigation dans l’étude des infertilités et notamment de la régulation de la méiose.

Céline Bourdon a soutenu sa thèse intitulée "Recherche d'associations entre microARNs, variants génétiques et QTL laitiers chez les bovins, caprins et ovins".

Lundi 15 mars à 9h30 par visioconférence

Résumé : La sélection génomique, qui repose sur la prédiction de la valeur génétique des animaux candidats à la sélection à partir de l'information fournie par de très nombreux marqueurs génétiques en utilisant des marqueurs neutres, est un levier pertinent et pérenne. La recherche des mutations causales et leur intégration dans les évaluations génomiques permettraient un gain de précision important. Il est donc essentiel de mieux caractériser les mutations causales responsables de la variabilité des caractères quantitatifs liés à l’efficacité de production et à la qualité des produits tels que le lait. L’objectif de ce projet a été de rechercher des variants génétiques de microARNs exprimés dans la glande mammaire ou présents dans le lait et situés dans des régions génomiques ayant un effet sur des caractères quantitatifs (QTL) laitiers et mammites, dans trois espèces de ruminants. La détection de 59124 variants de microARNs exprimés dans la glande mammaire ou présents dans le lait en bovin, 13427 variants en caprin et 4761 en ovin a été permise grâce au développement d'un script bio-informatique. En bovin, 4679 variants génétiques d'intérêt sont situés dans des QTL laitiers et mammites et 127 en caprin, aucun en ovin. Trois variants bovins détectés ont été validés grâce à des études de GWAS. Les effets biologiques des variants validés ont été étudiés, avec des stratégies différentes selon la localisation et donc l'effet de la mutation. Dans le cas de la mutation située dans la région "seed" du bta-let-7e, le niveau d'expression d'ARNm cibles a été testé. Des résultats non concordants ont été obtenus entre les techniques de qRT-PCR et de RNAseq utilisées. Dans le cas de mutations situées dans les régions flanquantes de bta-miR-92b et bta-miR-486, la présence de ces microARNs a été mesurée dans le lait. Ces analyses n'ont pas révélé de différence d'expression significative des microARNs selon les génotypes. Ce projet a donc permis d'effectuer une analyse globale de variants de microARNs, de leur détection à leurs effets potentiels.

Eliaou Sellem a soutenu ses travaux de thèse :" Les petits ARN non codants du spermatozoïde bovin : de potentiels biomarqueurs de la fertilité mâle ?"

Dirigés par Madame Hélène JAMMES et Monsieur Laurent SCHIBLER
Lundi 15 mars 2021

Résumé :L’utilisation de taureaux subfertiles entraîne des pertes de production, une augmentation du taux de réforme des vaches pour infertilité et un gaspillage des ressources. C’est pourquoi le contrôle qualité de la semence utilisée en Insémination Animale est une préoccupation majeure des entreprises de sélection.
Divers protocoles de contrôle qualité ont été développés au cours des dernières décennies, exploitant des biomarqueurs et des paramètres fonctionnels clés mesurés par cytométrie en flux. Toutefois, la capacité
prédictive de ces tests reste limitée et ne permet pas d’identifier les taureaux subfertiles. C’est pourquoi des travaux ont été entrepris dans le cadre du LabCom SeQuaMol, afin d’explorer l’intérêt de l’épigénome
spermatique comme biomarqueur de fertilité chez les taureaux. Ainsi, les travaux menés au cours de cette thèse ont portés sur les petits ARNs non codants (sncRNA), dont le rôle au cours de la spermatogénèse et de la fécondation a été suggéré et démontré. L’amélioration des connaissances sur le contenu en sncRNA du spermatozoïde bovin éjaculé avait comme objectif pratique de développer un outil permettant de fiabiliser la prédiction en routine de la fertilité des taureaux. Les travaux ont été organisés selon trois axes : l’établissement du contenu exhaustif en sncRNA du sperme bovin éjaculé, l’étude de la dynamique d’expression de ces sncRNAs au cours de la maturation épididymaire et l'identification in fine de biomarqueurs associés à la fertilité des taureaux.

Soutenance de thèse de Manon Lemasson au Laboratoire de santé animale

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Vendredi 22 janvier 2021, Manon Lemasson, de l’UMR Virologie du Laboratoire de santé animale, a obtenu le titre de Docteur de l’Université Paris Est. Manon a brillamment exposé et défendu ses travaux de thèse portant sur le « Dialogue moléculaire des virus de l’encéphalite à tique et louping ill avec leur arthropode vecteur, la tique Ixodes ricinus » devant un jury présidé par Dr.Nolwenn Jouvenet (Institut Pasteur, Paris) et composé de deux rapporteurs : Pr. Alain Kohl (Medical Research Council-University of Glasgow Centre for Virus Research, Glasgow, Ecosse), et Dr. Pierre-Yves Lozach (UMR Infections Virales et Pathologie Comparée, INRAe-Université Lyon1-EPHE, Lyon) ; de deux examinateurs : Dr. Claude Rispe (UMR Biologie Epidémiologie et Analyse de Risque en Santé Animale, INRAe-Oniris, Nantes) et Dr. Nolwenn Jouvenet; et de la directrice et de l’encadrante de thèse : Dr. Jennifer Richardson et Dr. Sandrine Lacour (UMR Virologie du Laboratoire de Santé Animale).