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Sonia Vautrin (sonia.vautrin@inrae.fr)
Stéphane Cauet (stephane.cauet@inrae.fr)
William Marande (william.marande@inrae.fr)
Carine Satgé (carine.satge@inrae.fr)

https://cnrgv.toulouse.inrae.fr/Team

Les progrès des technologies de caractérisation des génomes permettent aujourd’hui de produire rapidement et pour des coûts réduits des séquences assemblées d’excellente qualité. Cependant, les génomes de plantes demeurent plus difficiles à appréhender que ceux des animaux ou des microorganismes. En effet ils sont très complexes, combinant des pourcentages élevés d'éléments répétés, des variations de niveaux de ploïdie et, chez certaines espèces, de très grandes tailles. De plus, les plantes présentent une forte variabilité intra-spécifique qui implique qu’un génome de référence par espèce est insuffisant pour étudier la diversité et comprendre des processus biologiques complexes tels que la résistance aux stress biotiques ou abiotiques. Or, relier ces caractères aux régions génomiques qui les gouvernent est essentiel pour comprendre les déterminismes génétiques des phénotypes d’intérêt.

C’est dans ce but que le Centre National de Ressources Génomiques Végétales (CNRGV), parallèlement à son activité de centre de ressources biologiques, propose des outils et des stratégies innovantes pour la recherche en génomique végétale. Le CNRGV utilise son savoir-faire en extraction et manipulation d’ADN de haut poids moléculaire pour développer des méthodes visant à caractériser et isoler des régions génomiques d’intérêt. Nous vous présenterons le CNRGV et ses services, illustrés par des exemples de projets de recherche collaboratifs. Puis, nous exposerons les tendances actuelles pour construire un génome de référence d'une espèce végétale et nous ferons un focus sur le principe et l’intérêt du système de production de cartes optiques Saphyr® (BioNano genomics) pour améliorer l’assemblage des séquences (Scaffolding). Enfin, nous détaillerons deux approches originales chez les plantes pour capturer et séquencer de grands fragments d'ADN en utilisant les propriétés du système CRISPR/Cas9 : les méthodes CATCH et pull-CATCH.