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Dernière mise à jour : Mai 2018

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SPS - Saclay Plant Sciences

17/12/2019 Ingénieur(e) d'étude - IPS2 (Orsay)

Biocontrôle et biostimulation sur blé tendre - CDD 18 mois

Laboratoire d’accueil : Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2), équipe SYMUNITY (direction Pascal RATET)

Lieu : IPS2, Bâtiment 630, rue Noetzlin, 91405 Orsay cedex
Statut: CDD
Poste : IE
Niveau d'étude: Bac+5 minimum
Durée: 18 mois

Début: début mars 2020
Salaire: 2000 à 2350 euros brut, selon expérience

Personne à contacter :
Marie Dufresne (marie.dufresne [at] ips2.universite-paris-saclay.fr)

Modalités de candidature :
Le dossier de candidature doit comporter un CV et une lettre de motivation, ainsi que deux lettres de recommandation ou les coordonnées de deux personnes pouvant servir de références.

Date limite d’envoi des candidatures : 20/01/2020
Si votre candidature est retenue, les entretiens auront lieu dans la semaine du 27 janvier 2020.

Présentation du laboratoire de recherche : IPS2
La recherche effectuée à l’IPS2 se concentre sur l’analyse de la croissance et du développement de plantes modèles et sur le transfert de cette recherche vers les espèces cultivées, l’agriculture et les innovations. Nous voulons mieux comprendre les mécanismes génétiques et moléculaires qui contrôlent la croissance de la plante et leurs régulations par les signaux endogènes et exogènes d’origine biotique (bactéries et champignons) et abiotique (stress hydrique, nutriments ou autres). L’analyse de ces mécanismes est effectuée de manière intégrée dès la cellule, l’organe jusqu’à la plante entière. L’unité possède deux p plateformes dédiées aux plantes : a) EPITRANS : Biologie translationnelle (clonage positionnel, cribles génétiques, gestion de collections TILLING de pois, tomate, melon, …) et épigénomique (ChIPSeq, Hi-C,…) b) SPOmics : Transcriptomique (RNAseq et méthodologies connexes) et Métabolomique (GC-MS, LC-MS/MS, RMN, …). Par ailleurs, l’unité est équipée d’un plateau d’imagerie permettant un accès facilité à des équipement nécessaires à des approches de biologie cellulaires (microscopie confocale, microscopie à épifluorescence, macroscopie, …).

Expertise de l’équipe d’accueil : Symbiose et Immunité (SYMUNITY)
L’équipe SYMUNITY s’intéresse aux mécanismes gouvernant l’interaction des plantes avec des microorganismes bénéfiques ou pathogènes. L’équipe travaille sur deux modèles principaux : les légumineuses (Medicago truncatula et pois) et les céréales (Brachypodium distachyon et blé tendre). Elle possède en particulier une expertise dans le domaine des interactions céréales-champignons phytopathogènes, avec un axe fort de recherche sur la fusariose des épis des céréales. Nos approches sont variées, alliant pathologie végétale, génomique fonctionnelle, transcriptomique et métabolomique.

Récemment, l’axe « céréales » a développé un sujet de recherche utilisant une souche de Trichoderma sp. appliquée sur épis comme agent de biocontrôle à l’encontre de la fusariose de l’épi. La souche de Trichoderma sp. a également montré une action de biostimulation de la croissance du blé tendre lorsqu’appliquée au sol. Ces aspects seront au coeur de vos missions dans le cadre du projet TRICHOKISSCOOL financé par l’Institut Carnot Plant2Pro. Ce projet a pour objectif d’étudier, via une approche transcriptomique, les mécanismes moléculaires à la base des réponses de la plante et de l’agent pathogène, Fusarium graminearum, en fonction du mode d’application de l’agent de biocontrôle. La conception expérimentale permettra d’étudier l’impact des différents facteurs, mode d’application du champignon bénéfique, présence ou non de l’agent pathogène, et leurs potentielles interactions. L’impact du microorganisme de biocontrôle sur le développement de la plante et sa nutrition sera également déterminé, en partenariat avec une équipe de l’Institut Jean-Pierre Bourgin (INRA Versailles).

Les missions
Dans le cadre du projet TRICHOKISSCOOL (Etude du double impact d’une souche de Trichoderma sp. sur la promotion de la croissance du blé tendre et la protection à l’encontre de la fusariose des épis) financé par l’Institut Carnot Plant2Pro, vous serez amené(e) à mettre au point les conditions optimales de culture pour une application de la souche de Trichoderma sp. au sol, à générer l’ensemble du matériel biologique pour (i) une analyse phénotypique approfondie des différents modes d’application, la réalisation de prélèvements pour (ii) les analyses transcriptomiques et (iii) l’analyse du statut nutritionnel de la plante. Vous aurez en charge la production du matériel pour la réalisation des analyses transcriptomiques par RNA-seq sur la plateforme SPOmics (http://ips2.u-psud.fr/fr/plateformes/spomics-interatome-metabolome-transcriptome.html) et interagirez en tant que biologiste avec l’équipe chargée de l’analyse biostatistique de ces données.

Partie expérimentale
- Mise en place d’interactions tripartites blé tendre / Fusarium / agent de biocontrôle en conditions contrôlées (chambres climatiques)
- Notation de symptômes (fusariose) ; suivi des partenaires fongiques par PCR quantitative
- Contribution à l’analyse biologique de données transcriptomiques en partenariat avec la plateforme SPOmics
- Validation des données transcriptomiques par le suivi de l’expression de gènes marqueurs par RT-PCRq

Analyse et synthèse des résultats

Le profil recherché

Compétences requises
1- Obligatoires
- de solides compétences théoriques et pratiques en pathologie végétale et en biologie moléculaire
- des connaissances et compétences en mycologie/microbiologie
- de bonnes bases en biostatistiques
2- Souhaitées
- Une expérience dans l’analyse de grands jeux de données (transcriptomiques en particulier)

Qualités attendues
- Dynamisme et grande autonomie
- Méthode et rigueur
- De bonnes qualités relationnelles pour une interaction optimale avec les différents partenaires du projet