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On appelle transcriptome l'ensemble des ARN issus de la transcription du génome (informations génétiques de l'ADN) dans une cellule, un tissu, … un organisme particulier. L’analyse du transcriptome permet de déterminer quels gènes sont exprimés dans différentes conditions expérimentales et/ou dans un tissu ou type cellulaire spécifique. La plateforme POPS de l’Institut de Sciences des Plantes de Paris-Saclay  est spécialisée dans l’analyse transcriptomique chez les plantes aussi bien modèles que cultivées. Elle permet à ses collaborateurs institutionnels et privés d’utiliser cette approche pour répondre à leurs questions de recherche fondamentales et appliquées.

Après détermination de la qualité et de la quantité des ARN reçus, l’analyse du transcriptome se fait soit par des puces ADN (hybridation), soit par RNAseq (réalisation de banques, séquençage). La plateforme est équipée de matériel de pointe pour ces deux méthodes d’analyse. Par exemple, un robot permet d’automatiser la réalisation des banques RNAseq et donc d’analyser un grand nombre d’échantillons. De plus, jusqu’à présent, le séquençage des échantillons était principalement externalisé mais l’acquisition récente d’un nouveau séquenceur (NextSeq 500, Illumina) a permis à la plateforme de gagner en autonomie.

L’une des forces de cette plateforme est l’accompagnement des utilisateurs tout au long du processus expérimental. En effet, POPS travaille en amont avec ses collaborateurs pour définir la méthode expérimentale la plus adéquate pour répondre à leurs questions biologiques (conditions, nombre d’échantillons…), réalise les analyses transcriptomiques en tant que telles, mais accomplit également le traitement statistique et bioinformatique des données obtenues.

En effet, la quantité et la complexité de ces données nécessitent l’utilisation de l’outil bioinformatique pour en tirer des réponses exploitables. La plateforme apporte son expertise à ses utilisateurs en proposant des algorithmes de traitement des données qui permettent de répondre au mieux aux questions biologiques qu’ils se posent.

La collaboration va souvent plus loin qu’une simple prestation et les collaborateurs s’appuient sur les compétences de la plateforme à long terme. Une bonne connaissance des données biologiques et une expertise reconnue, voilà ce qui fait de la plateforme POPS un partenaire incontournable pour vos analyses transcriptomiques.

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