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Dernière mise à jour : Mai 2018

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SPS - Saclay Plant Sciences

InterATOME : la plateforme d’étude des interactions protéine-protéine de l’IPS2

Les interactions entre protéines sont des éléments essentiels des systèmes biologiques et leur analyse peut fournir des indications précieuses sur les fonctions des protéines. À ce jour, le système double-hybride chez la levure (Y2H) est la seule méthode permettant la détection des interactions protéine-protéine à haut débit in vivo. L’équipe « Expression des Génomes des Organites – OGE » de l’IPS2 a été impliquée dans le projet international « Arabidopsis Interactome Mapping » coordonné par le Pr Joseph Ecker (Salk Institute, San Diego) et le Pr Marc Vidal (DFCI, Boston). Cette première carte du réseau des interactions protéiques chez Arabidopsis a été générée grâce à l’utilisation de la technique de Y2H développée au DFCI pour C. elegans, l’homme et la levure. Les premières données de ce projet ont été publiées en 2011 (AIM, Science 2011) et correspondent à environ 6200 interactions entre 2700 protéines.

En 2014, l’équipe a obtenu des financements du LabEx SPS et de l’INRA (département BAP) afin de mettre au point une plateforme d’Interactomique. Ainsi, ils ont adaptés les protocoles précédemment utilisés au cours du projet AIM et développé un pipeline de screening entièrement en milieu liquide. En 2016, la plateforme InterATOME était fonctionnelle et ouvrait officiellement !

Grâce à l’utilisation de plaques 384 puits, à un protocole entièrement en milieu liquide et à l’utilisation de robots, la plate-forme InterATOME est capable de cribler un pool de 50 protéines hybrides contre la banque de protéines d’Arabidopsis (environ 12000 protéines). L’ensemble du protocole est réalisé grâce à plusieurs équipements partiellement financés par le LabEx SPS : robot piqueur de colonies Genetix Qpix2XT, remplisseur de plaques ThermoFisher-Scientific MULTIDROP 384 et bras robotisé Orbitor RS Microplate Mover (en cours d’installation).

Les résultats obtenus sont fournis aux collaborateurs sous forme de tableaux d’interactions mais également intégrés dans le réseau AIM afin de continuer à le faire grandir. Ces résultats permettront dans le futur des approches de biologie des systèmes pour mieux comprendre la biologie des plantes et améliorer les espèces cultivées.

InterATOME