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Dernière mise à jour : Mai 2021

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TROCADERO: TROpical CAttle linkage DEsequilibrium, Resequencing and Optimization

TROCADERO
Ce projet porte sur la race bovine Créole de Guadeloupe, d'origine métisse, qui constitue un modèle original pour aborder la variabilité du génome et les questions d'adaptation et de production en milieu tropical.

Ce projet est une étude pilote menée dans le cadre du métaprogramme SELGEN. Elle porte sur la race bovine Créole de Guadeloupe, d'origine métisse, qui constitue un modèle original pour aborder la variabilité du génome et les questions d'adaptation et de production en milieu tropical. L’objectif du projet est d'évaluer les possibilités d’application des outils génomiques dans les races bovines allaitantes tropicales, pour lesquelles les informations sont encore fragmentaires. Les données générées dans ce projet seront comparées à celles collectées dans différentes races représentatives des différents rameaux bovins. Il s’attachera à décrire la variabilité présente dans les races tropicales de manière la plus précise et détaillée possible, à l'aide de données de resequençage complet et de génotypage HD de taureaux « de référence ». Ce projet s'adosse à d'autres projets du métaprogramme SELGEN, et à des collaborations existantes. L'étude des séquences visera à décrire les similitudes ou particularités entre races en termes de variants de séquence à l’échelle du génome complet, dans des régions codantes, ou pouvant induire des modifications fonctionnelles. Par ailleurs des génotypages HD réalisés sur un panel plus large permettront d'étudier les variations du DL suivant la race et la région du génome. Enfin, la comparaison des données de séquences et de génotypage de densité différentes (HD, 54K, LD) permettront d'apprécier l'efficacité d'imputation des différents types de données, dans les races tropicales, et de préciser si les marqueurs disponibles permettent d'apporter des informations pertinentes en vue de la sélection génomique chez les bovins tropicaux.

Unités impliquées

  • Unité de Recherches Zootechniques et Plateforme Tropicale d'Expérimentation sur l'Animal :  http://www.antilles.inra.fr/Le-centre-Les-recherches/urz
  • Plateformes "Genome et Transcriptome" et "Bioinformatique" de Genotoul : http://www.genotoul.fr/
  • UMR GABI : http://www6.jouy.inra.fr/gabi
Ce projet est financé par le métaprogramme Inra SELGEN

Footprints of selection in the ancestral admixture of a New World Creole cattle breed.

Gautier, M., and M. Naves. 2011. Molecular Ecology 20: 3128-3143.
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