En savoir plus

Notre utilisation de cookies

« Cookies » désigne un ensemble d’informations déposées dans le terminal de l’utilisateur lorsque celui-ci navigue sur un site web. Il s’agit d’un fichier contenant notamment un identifiant sous forme de numéro, le nom du serveur qui l’a déposé et éventuellement une date d’expiration. Grâce aux cookies, des informations sur votre visite, notamment votre langue de prédilection et d'autres paramètres, sont enregistrées sur le site web. Cela peut faciliter votre visite suivante sur ce site et renforcer l'utilité de ce dernier pour vous.

Afin d’améliorer votre expérience, nous utilisons des cookies pour conserver certaines informations de connexion et fournir une navigation sûre, collecter des statistiques en vue d’optimiser les fonctionnalités du site. Afin de voir précisément tous les cookies que nous utilisons, nous vous invitons à télécharger « Ghostery », une extension gratuite pour navigateurs permettant de les détecter et, dans certains cas, de les bloquer.

Ghostery est disponible gratuitement à cette adresse : https://www.ghostery.com/fr/products/

Vous pouvez également consulter le site de la CNIL afin d’apprendre à paramétrer votre navigateur pour contrôler les dépôts de cookies sur votre terminal.

S’agissant des cookies publicitaires déposés par des tiers, vous pouvez également vous connecter au site http://www.youronlinechoices.com/fr/controler-ses-cookies/, proposé par les professionnels de la publicité digitale regroupés au sein de l’association européenne EDAA (European Digital Advertising Alliance). Vous pourrez ainsi refuser ou accepter les cookies utilisés par les adhérents de l'EDAA.

Il est par ailleurs possible de s’opposer à certains cookies tiers directement auprès des éditeurs :

Catégorie de cookie

Moyens de désactivation

Cookies analytiques et de performance

Realytics
Google Analytics
Spoteffects
Optimizely

Cookies de ciblage ou publicitaires

DoubleClick
Mediarithmics

Les différents types de cookies pouvant être utilisés sur nos sites internet sont les suivants :

Cookies obligatoires

Cookies fonctionnels

Cookies sociaux et publicitaires

Ces cookies sont nécessaires au bon fonctionnement du site, ils ne peuvent pas être désactivés. Ils nous sont utiles pour vous fournir une connexion sécuritaire et assurer la disponibilité a minima de notre site internet.

Ces cookies nous permettent d’analyser l’utilisation du site afin de pouvoir en mesurer et en améliorer la performance. Ils nous permettent par exemple de conserver vos informations de connexion et d’afficher de façon plus cohérente les différents modules de notre site.

Ces cookies sont utilisés par des agences de publicité (par exemple Google) et par des réseaux sociaux (par exemple LinkedIn et Facebook) et autorisent notamment le partage des pages sur les réseaux sociaux, la publication de commentaires, la diffusion (sur notre site ou non) de publicités adaptées à vos centres d’intérêt.

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit des cookies sessions CAS et PHP et du cookie New Relic pour le monitoring (IP, délais de réponse).

Ces cookies sont supprimés à la fin de la session (déconnexion ou fermeture du navigateur)

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit du cookie XiTi pour la mesure d’audience. La société AT Internet est notre sous-traitant et conserve les informations (IP, date et heure de connexion, durée de connexion, pages consultées) 6 mois.

Sur nos CMS EZPublish, il n’y a pas de cookie de ce type.

Pour obtenir plus d’informations concernant les cookies que nous utilisons, vous pouvez vous adresser au Déléguée Informatique et Libertés de l’INRA par email à cil-dpo@inra.fr ou par courrier à :

INRA
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

Menu Logo Principal

R-SYST

R-Syst::diatom

Caloneis amphisbaena, Rovoree-18-04-12
© F. Rimet INRA
R-Syst::diatom a curated database for diatoms

Access the database: R-Syst::Diatom

Significant diversity exists within the main freshwater algal classes: Diatoms (10 000 to 100 000 taxa), Chrysophyceae (over 1000 taxa), Chlorophyceae (over 4000 taxa), Zygophyceae (over 3000 taxa), Dinophyceae (over 500 taxa), Euglenophyceae (over 1000 taxa), Cryptophyceae (over 120 taxa).

Their huge diversity and their ubiquity make them excellent ecological indicators for rivers, lakes and marine (eg water framework directive) waters. Metabarcoding enables the automation of identifications which have until now been done under the microscope. 

R-Syst::diatom database is a library of barcodes which is curated and which guarantees good taxonomical homogeneity and good quality of sequences. Data have different sources:

  • The culture collection of Thonon, INRA, TCC
  • The barcoding project of diatoms in UK
  • Public data (NCBI)

Several European labs participate in this curation:

Citations:

Rimet F., Chaumeil P., Keck F., Kermarrec L., Vasselon V., Kahlert M., Franc A., Bouchez A., 2015. R-Syst::diatom: a barcode database for diatoms and freshwater biomonitoring - data sources and curation procedure. INRA Report, 14 pages http://dx.doi.org/10.5281/zenodo.31137

Frederic Rimet; Philippe Chaumeil; Francois Keck; Lenaïg Kermarrec; Valentin Vasselon; Maria Kahlert; Alain Franc; Agnes Bouchez. 2016. R-Syst::diatom: an open-access and curated barcode database for diatoms and freshwater monitoring. Database, 2016, 1-21.http://database.oxfordjournals.org/content/2016/baw016.full?keytype=ref&ijkey=H324uA95JzzEomz

Database versions:

  • 23-02-2018: R-Syst::diatom v7
  • 20-03-2017: R-Syst::diatom v6
  • 18-02-2016: R-Syst::diatom v5
  • 16-09-2015: R-Syst::diatom v4
  • 13-02-2015: R-Syst::diatom v3
  • 16-09-2014: R-Syst::diatom v2
  • 28-11-2012: R-Syst::diatom v1

The database is also available on GITHUB: https://github.com/r-syst/databases/blob/master/r-syst::diatoms/R-syst-v7-extraction.xlsx

A ready-to-use database for metabarcoding: Rsyst::diatom_rbcl_align_312bp database

Valentin Vasselon has provided you a trimmed and aligned database ready-to-use for metabarcoding using rbcL: