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Dernière mise à jour : Mai 2021

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R-SYST

R-Syst::Fungi

R-Syst::Fungi
R-Syst::Fungi a curated barcoding database for fungi

A curated barcoding database for fungal metabarcoding

Fungi differ from other eukaryotes by insufficient discriminating morphological characters for species differentiation. This situation is illustrated by the existence of cryptic fungal species which were highlighted only by means of molecular tools. This database aims at allowing identification of fungal species by proposing barcode sequences of fungal strains characterised by specialist.

Access the database: 

champi

 R-Syst::Fungi

Database content:

The database is currently under implementation :

  • Taxonomy:
    • Species name of the strains are given with the highest precision by specialist.
    • The fungal taxonomic tree was retrieved from 'Indexing for Life (i4Life)' initiative. (http://www.i4life.eu)
  • Genetic:
    • Main barcodes: ITS, EF1 alpha, rpb2
    • In the future, the database aimed at being implemented by any proven useful barcode.
  • Phenotype:
    • To be coming
  • Data have severals origins:
    • barcoded strains from the INRA BIOGER collection, FSOV2010 Mycotek project, ANSES collection

      anseslogo
    • barcoded strains from NCBI (Nucleotide database) might be included after careful check. In this case NCBI id number is kept and sequence is saved in an NCBI project