Les teneurs en azote minéral ont été mesrurés 3 fois par an depuis le début de l'essai :
- lors de la sortie d'hiver,
- lors du semis de maïs ou de la récolte de blé,
-  en entrée d'hiver.

La Figure 1 montre les stocks d'azote dans les sols par rapport au témoin (les valeurs indiquées correspondent à la différence par rapport au témoin).

Figure 1. Dynamique de l'azote minéral des sols recevant des PRO : différence par rapport au témoin sans apport de PRO. Les symboles vides correspondent aux modalités sans fertilisation azotée minérale complémentaire et les pleins aux modalités avec fertilisation azotée minérale complémentaire. Les flèches indiquent les épandages.

A l'automne et à l'entrée de l'hiver, lorsque le sol est nu, les quantités d'azote présentes dans le sol sont plus importantes. Elles correspondent à l'azote minéral, non utilisé par la culture, auquel s'ajoutent l'azote minéral apporté par les PRO épandus (s'il ya épandage) et l'azote minéralisé entre la récolte et la date de mesure qui provient des épandages précédents. L'azote minéral de cette période de l'année est alors susceptible d'être perdu par lixiviation pendant la période de drainage ou d'être immobilisé sous forme organique en cas d'enfouissement de résidus de culture ou de PRO présentant un rapport C/N élevé.
En présence d'un couvert végétal les teneurs en azote minéral sont plus basses en raison du prélèvement par la culture.
Les quantités d'azote minéral les plus importantes dans les sols, sont mesurées pour le DVB notamment lors des automnes des derniers apports. Les autres PRO : fumier, OMR et BIO montrent des stocks en azote minéral relativement comparables. Le BIO a tendance à montrer des valeurs inférieures et l'OMR des valeurs légèrement supérieures sauf les deux dernières années ou l'OMR entraine moins d'azote minéral dans le sol que les autres PRO.
Les modalités avec fertilisation azotée minérale complémentaire sont le plus souvent caractérisées par des stocks en N minéral dans le sol plus importants, à partir de l'année 2004, traduisant l'effet cumulatif de l'apport régulier des PRO. Cela confirme la nécessité de prendre en compte le cumul des effets des produits pour évaluer la valeur fertilisatne azotée des PRO dans le calcul d'une fertilisation azotée minérale complémentaire.
 
La diminution de l'azote à la sortie de l'hiver peut correspondre à la fois à une organisation de l'azote ou des pertes par drainage, auquelles peut s'ajouter la minéralisation de l'azote organique des PRO apporté précédemment qui serait masquée par les pertes par lixiviations. La mesure de l'azote minéral du sol ne permet pas de distinguer ces phénomènes. Seules les mesures de l'azote minéral dans les eaux de drainage le permet.