Prélèvement de sols

Les prélèvments de sols sont réalisés sur les parcelles des traitements DVB et OMR, ainsi que sur les traitements témoins recevant ou non une fertilisation azotée complémentaire. Ces prélèvements sont effectués à 7 dates, de septembre 2004 à octobre 2006, soit juste avant le 4ème épandage (2004) et un mois après le 5ème épandage (2006). Ces dates sont présentées dans le Tableau 1.

* Le prélèvement P1 est réalisé juste avant l'épandage de l'année 2004. Le prélèvement P6 est réalisé juste avant l'épandage de l'année 2005

Tableau 1. Dates des prélèvements de sols pour l'analyse des communautés microbiennes.

L'analyse des communautés microbiennes est réalisée de manière comparative entre les traitements, pour une même date. En effet, d'une date à l'autre des différences sont observées en raison des cycles saisonniers. Par traitement, le suivi peut être réalisé au cours du temps afin de constater les évolutions dans le temps des populations microbiennes.

Analyse des communautés microbiennes

Deux méthodes moléculaires ont été utlisées pour analyser  l'ADN des sols (PCR-TTGE et PCR-T-RFLP). Ces deux méthodes permettent d'obtenir des données qualitatives sur la diversité microbienne du sol. Les compartiments bactériens et fongiques ont été étudiés. Le principe est une extraction et purification de l'ADN contenu dans le sol.
Cet ADN est amplifié par PCR. Puis dans le cas PCR-TTGE, l'ADN est fragmenté à l'aide d'enzyme de restriction (Figure 1). L'analyse de ces fragments permet ensuite d'identifier les populations microbiennes. Dans le cas de la PCR-T-RFLP, l'ADN est amplifié avec des amorces qui permettent l'amplification de séquences d'ADN caractéristiques qui permettra l'identification des populations microbiennes (Figure 2).

Figure 1. Représentation schématique de la procédure d'analyse par T-RFLP (terminal Restriction Fragment Lenght Polymorphism) du polymorphisme de longueur des fragments de restriction terminaux de séquences d'ADN amplifiées par PCR à l'aide d'une amorce marquée par fluorochrome et digérées par une enzyme de restriction.

Figure 2. Représentation schématique de la procédure d'analyse par TTGE (Temporal Temperature Gradient gel Electrophoresis) de fragments d'ADN amplifiés par PCR à l'aide d'une amorce "clampée" et séparés par électrophorèse à l'aide d'un gradient de température).