Les différences existantes entre les séquences nucléotidiques des génomes viraux peuvent être utilisées comme cible pour détecter mais également identifier les isolats du PVY. La majorité des approches utilisées en biologie moléculaire pour mettre en évidence la présence d’une séquence nucléotidique s’appuie sur l’hybridation spécifique de sondes et/ou d’amorces sur la région ciblée. Cette étape d’hybridation permet soit la visualisation directe de la cible (utilisation d’amorces/sondes marquées ; Southern blot, northern blot, puce à ADN, etc.), soit l’amplification (par PCR ou RT-PCR simplexe ou multiplexe) d’une partie de l’acide nucléique à détecter. Dans ce dernier cas, le produit de l’amplification est généralement analysé à l’aide d’une des nombreuses techniques classiquement utilisée en biologie moléculaire (gel d’agarose ou d’acrylamide et visualisation par irradiation aux UV en présence de bromure d’éthidium ou par coloration au nitrate d’argent).
Depuis quelques années des techniques à base de composés fluorescents ont été développées pour la détection du PVY. Elles ont permis d’augmenter la sensibilité et/ou la spécificité des tests moléculaires appliqués à ce phytovirus. L’identification récente de déterminants moléculaires liés à la capacité nécrotique du PVY a permis, en association avec des marqueurs neutres présents sur le génome viral, le développement d'un ensemble d’outils moléculaires permettant la détection (FRIT’N SNP test), la quantification (FRIT’N Real-time RT-PCR essais) et la caractérisation (FRIT’N SNaPshot test) des isolats des groupes et variants du PVY. Compte tenu de leurs caractéristiques, les FRIT'N tests seront utilisés dans le cadre du projet développé par le consortium PVYwide Organization.