Le virus Y de la Pomme de Terre (Potato virus Y, PVY, member type du genre Potyvirus) est, sur le plan économique, l’un des phytovirus les plus importants. Décrit pour la première fois sur pomme de terre dans les années 1930, le PVY est maintenant présent dans tous les pays producteurs de pomme de terre. Le PVY possède une particule virale filamenteuse flexueuse de 700 nm de long et de 20 nm de diamètre. Ce phytovirus, transmis selon le mode non persistent par plus de 70 espèces de pucerons, infecte de nombreux hôtes de la famille Solanaceae. Le génome viral est constitué par une molécule d’ARN simple brin de polarité positive codant pour une polyprotéine clivée en neuf protéines fonctionnelles. En fonction de l’hôte sur lequel ils sont collectés, les isolats de PVY s’organisent au sein des souches pomme de terre, piment, tabac et tomate. L’importante variabilité biologique, sérologique et moléculaire du PVY supporte la classification complexe des isolats en groupes (sur la base des symptômes induits sur plantes indicatrices ou sur la capacité de contournement de certaines sources de résistance) et en variants (associant les isolats présentant des propriétés originales). A partir de ces critères taxinomiques, trois groupes de PVY souche pomme de terre (PVYN, PVYO et PVYC) et deux variants (PVYNTN et PVYN-W appartenant au groupe PVYN) ont été définis. Les isolats PVYN et PVYO sont responsables de pertes de rendement importants sur pomme de terre et sur tabac. Ainsi, des pertes allant de 40% à 70% dans le cas d’infection de pomme de terre par des isolats de PVYO et de 14% à 59% pour des parcelles de tabac infectées par le PVY ont été décrits. L’impact de l’infection virale sur la production peut atteindre des seuils extrêmes avec 100% de perte lorsque des parcelles de tabac sont infectées par des isolats nécrotiques du PVY. Ce phytovirus est devenu un problème agronomique et économique majeur pour les producteurs de pomme de terre à partir des années 1980 lorsque les variants PVYNTN et PVYN-W ont émergé puis se sont propagés dans les cultures. En effet, les isolats PVYN-W, caractérisés comme membres du groupe PVYO par les outils sérologiques, présentent les propriétés biologiques des isolats du groupe PVYN. Enfin, les isolats PVYNTN possèdent la capacité d’induire la maladie des nécroses annulaires superficielles de la pomme de terre (Potato Tuber Necrotic Ringspot Disease, PTNRD). Par conséquences, l’analyse de la variabilité génétique et biologique des isolats de PVY de souche pomme de terre reste un des challenges scientifiques importants pour la filière pomme de terre à l’échelle internationale.