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31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2021

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PVY Organization

Zone de texte éditable et éditée

Slovénie

Slovénie
Department of Biotechnology and Systems Biology, National Institute of Biology

Avec environ 120 employés, l'Institut National de Biologie (NIB) est la plus grande institution indépendante de Recherche Publique pour les Sciences de la Vie en Slovénie. L'Institut a été créé par le Gouvernement de la République de Slovénie en 1960.

L'activité de base de l'Institut a été, et continue d'être, une recherche fondamentale, de développement et applicative dans les domaines de la biotechnologie, de la biophysique, de la biomédecine et de la biologie des systèmes. Les programmes de recherche au NIB se déroulent au sein du Département des organismes et de la recherche sur les écosystèmes, du Département de toxicologie génétique et de la Biologie du cancer, du Département de biotechnologie et de biologie des systèmes et de la Station biologique marine, et se concentrent sur des sujets allant des virus, des plantes et des animaux aux humains et à leur environnement.

Depuis 2000, le NIB détient la norme de gestion de la qualité ISO 9001: 2000 et a acquis le certificat de bonne pratique de laboratoire selon la norme ISO / CEI 17025 en 2003.
Vision: Nous souhaitons créer des connaissances et des technologies d'élite dans le domaine des sciences de la vie et de leurs environnements en tant qu'institution autonome de renommée internationale. Nous nous occuperons de la satisfaction et de l'éducation du personnel de haut niveau grâce à une bonne organisation et à l'équipement de pointe. Nous assurerons notre développement à long terme en étroite association avec la société et le secteur des entreprises

Contact

Prof. Dr. Maja Ravnikar (Responsable de l'équipe)

Maya Ravnikar

Email: maja.ravnikar@nib.si

Tel.: 386 (0)59 232 801

L'équipe

Equipe

Missions

Nous sommes dédiés à la recherche et au diagnostic de la plupart des plantes, mais aussi des virus humains. Nous étudions leur épidémiologie, leur interaction avec l'hôte et leurs voies de transmission, en mettant particulièrement l'accent sur l'eau comme voie.

Nous fournissons également des services à l'industrie, sur la détection, la caractérisation et la quantification des virus.

En ce qui concerne PVY, nous sommes activement impliqués dans des recherches sur différentes orientations. Nous étudions l'interaction de PVY avec ses hôtes en utilisant des outils de biologie système. Nous avons également amélioré son diagnostic en utilisant de nouveaux outils tels que LAMP, qPCR, ddPCR et NGS. Nous avons visualisé le mouvement du PVY dans la plante en utilisant un clone infectieux de PVY marqué à la GFP, et nous recherchons récemment l'évolution des populations de PVY (quasi-espèces) à l'aide de NGS et d'outils de bioinformatique.

Les projets récents financés dans le domaine incluent plusieurs projets nationaux et internationaux, par exemple :

  • ARIMNet Emeramb (UE): Virus et vecteurs de virus émergents dans les cultures du bassin méditerranéen-ARRS PVY Interactions (agence de recherche slovène): informations sur les interactions protéiques impliquées dans le virus de la patate Y La relation de la pomme de terre
  • ARRS PVY Interactions (Slovenian research agency) : Insights into the protein interactions involved in the Potato virus Y/ Potato relation
  • COST DIVAS: DIVAS (enquête approfondie sur les séquences associées aux virus)

Compétences

  • Diagnostic de virus
  • PCR quantitative
  • Digitale PCR
  • LAMP
  • NGS
  • Iinteractions hôte /virus
  • OMICS

Publications sélectionnées

  • KUTNJAK, Denis, ELENA Santiago, RAVNIKAR Maja, Time-sampled population sequencing reveals the interplay of selection and genetic drift in experimental evolution of Potato virus Y. Journal of Virology. 2017 Jun 7. pii: JVI.00690-17. doi: 10.1128/JVI.00690-17
  • KUTNJAK, Denis, RUPAR, Matevž, GUTIÉRREZ-AGUIRRE, Ion, CURK, Tomaž, KREUZE, Jan F., RAVNIKAR, Maja. Deep sequencing of virus derived small interfering RNAs and RNA from viral particles shows highly similar mutational landscape of a plant virus population. Journal of virology, ISSN 0022-538X, 2015, vol. 89, no. 9, str. 4760-4769
  • RUPAR, Matevž, FAUREZ, Florence, TRIBODET, Michel, GUTIÉRREZ-AGUIRRE, Ion, DELAUNAY, Agnes, GLAIS, Laurent, KRIŽNIK, Maja, DOBNIK, David, GRUDEN, Kristina, JACQUOT, Emmanuel, RAVNIKAR, Maja. Fluorescently tagged Potato virus Y : a versatile tool for functional analysis of plant-virus interactions. Molecular plant-microbe interactions, ISSN 0894-0282, 2015, vol. 28, no. 7, str. 739-750
  • GUTIÉRREZ-AGUIRRE, Ion, HODNIK, Vesna, GLAIS, Laurent, RUPAR, Matevž, JACQUOT, Emmanuel, ANDERLUH, Gregor, RAVNIKAR, Maja. Surface plasmon resonance for monitoring the interaction of Potato virus Y with monoclonal antibodies. Analytical biochemistry, ISSN 0003-2697, 2014, vol. 447, str. 74-81
  • MEHLE, Nataša, GUTIÉRREZ-AGUIRRE, Ion, PREZELJ, Nina, DELIĆ, Duška, VIDIC, Urška, RAVNIKAR, Maja. Survival and transmission of Potato virus Y, Pepino mosaic virus, and Potato spindle tuber viroid in water. Applied and environmental microbiology, ISSN 0099-2240, 2014, vol. 80, no. 4, str. 1455-1462