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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Plate-forme PHENOTIC

EQUIPEMENTS & OFFRES

PHENOTIC rassemble des outils de croissance en conditions contrôlées et de phénotypage basés essentiellement sur l’acquisition et le traitement d’images conventionnelle et non conventionnelle. La plate-forme propose un accès à des équipements permettant d'effectuer le phénotypage de la semence à la plante entière. Les équipements et les offres accessibles sur la plate-forme en 2020 sont recensés ci-dessous.

PHENOTIC-Plant : phénotypage plante entière

ListeEquipements.002

• Phénotypage des interactions hôte-pathogène

POUR QUI ?

Laboratoires de recherche, académiques ou privés, semenciers,... 

POUR QUOI ?

Sélection de plantes résistantes aux bio-agresseurs

Comparaison de l’agressivité de souches de pathogènes

COMMENT ?

  • Quantification précise et objective des symptômes de maladies sur feuille
  • Etude de l’agression d’espèces potagères par des bactéries, champignons, plantes parasites
  • L’analyse automatisée d’images de plantes cibles de bioagresseurs et la mise en forme de résultats de phénotypage (phenoplant.org) :
    • L’identification de paramètres de fluorescence de chlorophylle intéressants pour la quantification d’un stress
    • La classification des images (identification d’échantillons anormaux, …)
    • La segmentation automatisée des symptômes
    • La quantification de la sévérité des symptômes et comparaison de la sensibilité des variétés

Les équipements sont adaptés pour l’imagerie des interactions plantes/pathogènes (jusqu’à 500 plantes / jour) avec des systèmes d’imagerie de fluorescence de chlorophylle, d’imagerie de thermographie dans la bande II et d’imagerie hyperspectrale (400 à 1000 nm) ainsi qu’un ensemble de caméras RGB (visible).

Ressources imagerie

• Architecture et développement 3D

POUR QUI ?

Laboratoires de recherche, académiques ou privés, horticulteurs, paysagistes,... 

POUR QUOI ?

Identification de descripteurs morphométriques en relation avec l’esthétique des plantes

Evaluation de l’impact de facteurs de l’environnement (biotiques et abiotiques) sur l’architecture de buissons

COMMENT ?

  • Mesures dans l’espace des paramètres caractérisant l’architecture d’un buisson d’ornement :
    • Longueur
    • Redressement
    • Allongement
    • Fléchissement
  • Développement 3D des plantes :
    • Mesures dans l’espace
    • Reconstitution 3D
    • Simulation de développement 3D

Deux laboratoires (10 m² chacun dont l'un en serre S2) et un espace confiné de 5 m² en zone S3 sont équipés des outils d'imagerie dédiés aux phénotypage des interactions plantes/pathogènes et architecture des plantes entières. Ces laboratoires sont hébergés dans des installations expérimentales mutualisées de serres et salles de culture (69 modules) couvrant une surface d'environ 7000 m² incluant des espaces de confinements S2 et S3 et permettant la culture de plantes herbacées et ligneuses en conditions contrôlées. Ces installations hébergent également deux laboratoires (en zone confinée S2 et en zone non confinée) équipés d’appareils d’acquisition d’images et de mesures. Ces installations offrent le potentiel pour faire pousser les plantes et les expérimenter ou inoculer (maîtrise du climat et du confinement), mais aussi pour des tests OGM (Organismes Génétiquement modifiés) et ONQ (Organismes Nuisibles de Quarantaine). L'ensemble est localisé sur le site de l'IRHS.

Ressources serres

PHENOSEM : phénotypage semence

ListeEquipements.001

Centrée sur les semences et plantules, elle vise à obtenir des paramètres phénotypiques caractérisant la qualité des semences.

POUR QUI ?

Semenciers, laboratoires de recherche

POUR QUOI ?

  • Sélection variétale : caractérisation des espèces et de la diversité génétique
  • Evaluation de la vigueur de lots de semences
  • Etude du déterminisme génétique (QTL)
  • Paramétrage de modèle prévision levée

COMMENT ?

  • Mesure de différents paramètres de germination
    • Vitesse
    • Taux de germination
    • Détermination de l’homogénéité des lots
  • Analyse de la qualité des graines
    • Morphologie et structure interne des semences
    • Croissance des organes lors de la levée
  • Etude de la maturité des semences
    • Analyse du contenu chlorophyllien

• Espèces phénotypées

Espèces d’intérêt agronomique et espèces modèles

  • Laitue
  • Haricot
  • Chou
  • Concombre
  • Tomate
  • Pois
  • Oignon
  • Carotte
  • Betterave
  • Arabidopsis thaliana
  • Colza
  • Tournesol
  • Medicago truncatula
  • Luzerne
  • Maïs
  • Blé

Un ensemble d'une dizaine de laboratoires (environ 20 m² chacun) d'une surface totale d'environ 200 m² sont équipés des outils d'imagerie dédiés au phénotypage des semences et plantules. Ces laboratoires sont hébergés dans les locaux de la SNES-GEVES.

Les équipements dont dispose la plate-forme sont adaptés pour :
- l’imagerie de la germination avec 5 multicams (1600 semences par multicam) et 1 arabanc (jusqu’à 500 semences d’Arabidopsis)
- l’imagerie de l’allongement de plantules avec 1 eloncam (jusqu’à 800 plantules)
- l’imagerie RX (3D et 2D) pour l’analyse structurale de semences sèches

Pour plus d'infos >>>   https://www.geves.fr/