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31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

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MIA Paris

Équipe Statistique & Génome

L'équipe Statistique et génome développe et diffuse des méthodes statistiques de modélisation et d'apprentissage pour l'analyse des données issues du génome. / The Statistics and Genome team develops and disseminates statistical modelling and learning methods for the analysis of genome data.

Responsable : Julien Chiquet

Thématiques / Research topics

  • Modélisation Statistique / Statistical Modelling
  • Apprentissage supervisé (Régression, Classification) / Supervised Learning (Regression, Classification)
  • Apprentissage non-supervisé (Réduction de dimension, Classification) / Unsupervised Learning (Dimension Reduction, Clustering)
  • Réseaux (Analyse et Inférence) / Networks (Analysis, Reconstruction)
  • Segmentation & Trajectoires / Segmentation and Trajectories

Méthodologie

  • Modèles: modèles linéaires et ses extensions, modèles à variables latentes, modèles graphiques, séries temporelles, processus de diffusion
  • Méthodes d'inférence: méthodes régularisées, inférence variationnelles, algorithmes stochastiques, méthodes d'ensembles
  • Outils d'analyse: M-estimation, statistique des graphes aléatoires, statistique pour la grande dimension, statistique robuste

Champs d'application

  • Génomique et Métagénomique / (Meta)Genomic
  • Génétique d'association et Sélection génétique / Association studies and Genomic Selection
  • Réseaux biologiques / Biological network
  • Intégration de données omiques / Omic data integration

Projets en cours

  • ANR G2WAS (2020-2023) : Genetic architecture of the tolerance to water deficit in a perennial fruit species (V. vinifera)
  • INCA Epishift (2019-2023): Switching resistant to sensitive phenotype of PDAC by targeting the epigenome
  • ANR SingleStatOmics (2019-2022) : Statistics and Machine Learning for Single-Cell Genomics
  • ANR EcoNet (2019-2022) : Advanced statistical modelling of ecological networks
  • ANR NGB (2018-2021) : Next Generation Biomonitoring of change in ecosystem structure and function
  • Défi CNRS ARN-RG (2019-2020): Inférence des ARNs non-codants impliqués dans l’initiation de la racine latérale et modélisation de leur rôles dans le Réseau Génétique associé
  • AgroParisTech CRESS (2018-2020): Caractérisation de RESeaux de co-variation traductionnelle en réponse au Stress froid lors de la germination et de la croissance précoce des plantes

Thèses en cours

Accueillies dans l'unité 

  • Wencan Zhu (2019-2022), Identification de biomarqueurs dans le domaine de la médecine de précision (CIFRE, co-encadrement SANOFI)
  • Raphaëlle Momal (2017-2020), Inférence de réseaux écologiques en présence d’acteurs manquants (EDMH, co-encadrement LAMME)
  • Annarosa Quarello (2017-2020), Homogenization of GNSS-derived Integrated Water Vapor time series (EDMH, co-encadrement IGN)
  • Martina Sundqvist (2017-2020), Proteomic classification of Triple Negative Breast Cancers with multi-omics analysis (IDF, co-encadrement Institut Curie)
  • Audrey Hulot, (2017-2020), Multi-omic data : clustering and network inference (INRAE/INSERM, co-encadrement GABI)

Co-encadrées par des membres de l'unité

  • Claire Gayral: Intégration pour les données de cellule unique, co-encadrement avec LBBE
  • Romain Narci : Dynamiques épidémiques récurrentes et multisite, co-encadrement MaIAGE
  • Perrine Lacroix: Régression en grande dimension pour l’inférence de réseau, co-encadrement Laboratoire de Mathématiques d'Orsay
  • Julien Rozières: Detection de motifs cis-regulateurs chez les plantes, co-encadrement IJPB

Groupes de travail

Coordination & Animation

  • NetBio réseau méthodologique NUMM "Inférence de réseaux (biologiques)"
  • State Of The R - réseau méthodologique autour des questions computationnelles
  • StatOmique - Méthodologie statistique pour les données à haut-débit

Participation

  • MiresMéthodes Interdisciplinaires pour les Réseaux d’Échanges de Semences
  • GdR ReSoDiv - Réseaux, sociétés et diversité (programme du CNRS, depuis 2018)
  • GdR BIM - Bioinformatique Moléculaire

Organisation de conférences

  • Rencontres R 2020 - conférence nationale fournissant un lieu d’échange autour de la galaxie R
  • SMPGD Statistical Methods for Post Genomic Data
  • SatRday 2019 - conférence régionale pour soutenir la collaboration, la mise en réseau et l'innovation au sein de la communauté R

Les ANR passées

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Les thèses, post-doc et anciens de l'équipe Stat & Génome

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