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La qualité biologique des sols fait référence à l’abondance, la diversité et l’activité des organismes vivants qui participent au fonctionnement du sol. Dans le projet Metha-BioSol, la qualité biologique des sols est formée de deux composantes principales : les organismes du sol (microorganismes, nématodes et lombriciens) et l’état sanitaire. En parallèle, certains indicateurs de type agronomique ont aussi été intégrés (structure et physico-chimie du sol, dégradation de la matière organique, forme et quantité de carbone).

Dans le projet Metha-BioSol, les critères d’évaluation de la qualité biologique des sols sont formalisés sous la forme d’un tableau de bord. Sur la base de ce qui avait pu être proposé dans le projet AgrInnov (CASDAR 2012-2015), le tableau de bord inclue : 1) des indicateurs d’états biologiques ciblant les microorganismes (biomasse, ratio champignons/bactéries, diversité taxonomique), les nématodes (abondance, diversité, phytoparasites, indice d’enrichissement et de structure), les lombriciens (abondance, densité, diversité taxonomique et fonctionnelle); 2) des indicateurs d’états sanitaires : présence et diversité des pathogènes microbiens humains, 3) des indicateurs de fonctionnement biologique du sol : formes et quantité de carbone, activité de dégradation de la matière organique (litterbag) et 4) des indicateurs de l’état physique et chimique du sol (pH, texture, Corg, C/N, teneur en N, P, K… en éléments polluants etc…). L’étude de ces indicateurs est répartie entre les différents acteurs impliqués dans le projet Metha-BioSol.