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INRAE
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2021

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INRAE Genomics

Colloque INRAE Genomics

Les participants
© Elodie Belmonte, INRAE
Le 1er colloque INRAE Genomics a réuni 106 participants sur 4 demi journées du 16 au 18 Mai à Orléans

Ce colloque, le premier organisé conjointement par les 4 plateformes d'INRAE Genomics a permis de faire le point sur les développements réalisés sur les plateformes de l'infrastructure, et de présenter des résultats scientifiques dans les domaine de l'assemblage de génomes, de l'étude du polymorphismes SNP, des autres types de polymorphismes, sur l'épigénétique et la métagénomique. Une dernière session intitulée "Out of the box" a permis de présenter quelques topos complémentaires, notamment sur des études de diversité.     

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Nous avons été très heureux de pouvoir échanger dans un cadre très agréable entre membres des plateformes et des équipes de recherche.

Merci aux départements BAP, EcoDiv et GA, ainsi qu'à DISC pour leur aide financière, et à l'équipe de l'EPGV en première ligne pour l'organisation, et la préparation d'une "surprise malicieuse". 

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PROGRAMME DU COLLOQUE

16 Mai

13h30

Accueil des participants

13h45

Accueil / présentation du Centre INRAE Val-de-Loire

14h00

Présentation INRAE Genomics et expertise des plateformes

15h40

Pause - Hotel Mercure

Session 1

Séquençage et assemblage des génomes en 2022

16H20

 

- Yann Guiguen "Les génomes polyploïdes d'esturgeons : séquencage, assemblage, sexe et recherche de polymorphisme"

- Jean-Marc Aury "Sequencing, assembly and analysis of eukaryotic genomes using long-reads"

- Christophe Klopp "Résultats d'assemblage du projet SeqOccin"

17h50

Table ronde / Discussion

18h15

Infos logistique + pause

20h 

diner festif - Hotel Mercure

17 Mai 

Session 2

Génotypage en 2022 : le point sur les SNPs

8h20

 

 

 

 

- Véronique Jorge "Développement d'un outil de génotypage SNP chez les espèces forestières : les bénéfices d'une mutualisation"

- Romain Morvezen "Application du génotypage SNPs en sélection génomique aquacole"

- Jonathan Kreplak "Allegro targeted genotyping, an efficient system for population genomics in Lentil"

- Mekki Boussaha "Recherche de mutations nouvelles chez les bovins par reséquençage systématique."

- Sabrina Delaunay "Optimisation des protocoles GBS pour un génotypage efficace des espèces"

10h00

Table ronde / Discussion

10h30

Pause- Hotel Mercure

Session 3

Génotypage en 2022 : au delà du SNP

11h00

-  Clovis Pawula ¨Génotypage de microsatellites par séquençage chez les polyploïdes : Évaluation d’un jeu de marqueurs conçu pour le genre Rosa"

- Thomas Faraut "Les variations de structure à la lumière des longues lectures"

- Arnaud Bellec "Capture ciblée des régions génomiques contrôlant les caractères d'intérêts dans la diversité végétale : stratégies et challenges."

12h00

Table ronde / Discussion

12H30 

repas à l'hotel Mercure

Session 4

Epigénétique

14h

 

- Stephane Maury "De l'épigénétique à l'épigénomique : retour d'expérience et perspectives chez les plantes"

- Frédérique Pitel "Avancées et perspectives ouvertes en épigénétique animale grâce à SeqOccIn"

- Jean-Marc Celton "Epigenetic and physiological adaptative responses of apple seedlings to drought stress"

15h15

Table ronde / Discussion

15h45

Pause et déplacement sur site Orléans

16h30

Visite site Orléans : pépinière + LICA + Infosol

18h

Apéritif festif sur site Orléans

20h30 

Repas à l'hotel Mercure

18 Mai

Session 5

Metagénomique

9h00

 

- Alain Franc "Apprentissage des OTUs en metabarcoding sur un tableau de distances : opportunités grâce au calcul intensif"

- Amaury Bignaud "Contact Genomic, an alternative use of Hi-C data for (Meta)genomes annotations and scaffolding"

- Denis Milan "Avancées réalisées en métabarcoding et en métagénomique dans le cadre du projet SeqOccIn grâce au séquençage longs fragments"

10h00

Table ronde / Discussion

10h30

Pause

Session 6

Applications génomiques "out-of-the-box"

11h00

- Didac Barroso-Bergada "Biomonitoring and the inference of microbial interactions"

- Carlos Lopez Vaamonde "Biosurveillance et suivis des insectes avec les codes-barres ADN"

- Guillaume Martin "Bioinformatic approaches based on SNP to characterize ancestral mosaic genome structures of cultivated banana"

- Harold Duruflé "A systems biology approach to better understand the genetic determinism of complex poplar phenotypes for breeding purposes"

12h20

Table ronde / Discussion

12h45

Clôture :

- Catherine Bastien, cheffe de département EcoDiv

- Jérôme Salse & Denis Milan, INRAE Genomics