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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Logiciels d'analyse

Logiciel
Caractéristiques principales
BreedR

Package R pour l'évaluation génétique des arbres, développé au sein de l'UMR BIOFORA. Il fournit des outils statistiques fréquentistes et bayésiens pour construire des modèles prédictifs utiles aux éleveurs, aux généticiens quantitatifs et aux communautés d'analystes des ressources génétiques forestières. Il vise à évaluer la valeur génétique des individus dans un certain nombre de situations, y compris l’auto-corrélation spatiale, l'interaction génétique / environnement et la compétition.

Cavisoft

Ce logiciel (développé par l'UMR BIOGECO) permet d'une part d'acquérir les données de conductance hydraulique de branche mesurée au CAVITRON, et d'autre part de calculer la perte de conductivité hydraulique lors d'une déshydratation, permettant ainsi d'observer graphiquement la courbe de vulnérabilité en temps réel lors de la mesure. Il permet également d'estimer les traits hydrauliques les plus courants, comme la pression induisant 50% de perte de conductance hydraulique (P50), la conductivité spécifique du xylème (Ks).

Computree

Computree est une plateforme de traitement de nuages de points 3D, issus de capteurs LIDAR ou de traitements photogrammétriques. Elle vise à regrouper des algorithmes pour l’analyse de scènes forestières, afin d’extraire des données sur la structure des arbres et des peuplements. Elle est gérée par le groupe Computree, composé du GIP ECOFOR, de l'ONF, de l'IGN, de l'INRA et de l'Université de Sherbrooke.

XylWin+

Interface du système de mesure Xyl'EM commercialisé par Bronkhorst Int dans le cadre d'un license de savoir faire avec l'INRA. Le logiciel, développé par l'UMR PIAF, permet l'acquisition des grandeurs physiques de base (flux d'eau, pression, température) qui permettent le calcul de la conductance hydraulique de segments de tiges ainsi que la perte de conductance causée par embolie. 

Archi

Méthode de diagnostic du dépérissement et des capacités de résilience des arbres basée sur l’analyse architecturale des parties aériennes. La méthode ARCHI est aujourd’hui disponible pour 10 espèces : le chêne pédonculé, le chêne sessile, le chêne pubescent, le châtaignier, le hêtre, le Douglas, le sapin pectiné, le pin à crochets, le pin sylvestre et le pin noir de Salzmann. Une appli (CNPF-DSF-CIRAD-INRA) spécifique est disponible sur téléphones et tablettes Android.


Flyer ARCHI disponible ici

Metapop

Metapop simule l'évolution de méta-populations de plantes monoïques à travers des paysages hétérogènes. Basé sur la théorie de la génétique quantitative, Metapop décrit des individus avec une représentation explicite de leur génétique et de leur position spatiale. Sa structure comprend plusieurs modules en interaction. Metapop, développé dans l’UMR BIOGECO est un logiciel gratuit sous licence GNU General Public License version 3. Une description complète de l’utilisation de Metapop et son téléchargement sont possibles ici.

For-Eval

For-Eval est une application qui permet d’évaluer la sensibilité des sols forestiers français à l’aide d’indicateurs écologiques. FOR-EVAL a pour objectif de promouvoir une gestion durable des forêts à l’aide de diagnostics simples réalisables sur le terrain. L’application est entièrement gratuite et est disponible sur Google Play uniquement sur Androïd. Les concepteurs INRAE et ONF peuvent être contactés grâce à ce courriel : for-eval (at) inrae.fr

WIDEa

WIDEa est un logiciel basé sur R visant à fournir aux utilisateurs une série de fonctionnalités pour explorer, gérer, nettoyer et analyser les "grosses" données environnementales et expérimentales (in/ex situ). Philippe Santenoise, 2021, "WIDEa: a Web Interface for big Data exploration, management and analysis", https://doi.org/10.15454/AGU4QE, Portail Data INRAE, V1