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Programme :

 La modélisation systémique de la cellule constitue-t-elle une base utile de la représentation des liens entre les entités de la cellule à travers des « graphes » ?

Résumé. Avant d’aborder à proprement parler la question de l’utilisation des graphes dans cet exposé, j’insisterai sur le fait que cette question s’inscrit plus largement dans un cadre de la modélisation des systèmes vivants et des « moyens/méthodes » qu’il s’agit de déployer pour exploiter de façon efficace les données, les informations et les connaissances qui sont à notre disposition. Cela conduira à insister sur la nécessité actuelle de progresser dans la représentation (formelle) des systèmes vivants afin en autres de faciliter la mise en œuvre des méthodes développées par les statisticiens ou les « apprentistes ».

Dans la partie principale de l’exposé, en revisitant la question de l’inférence des réseaux de régulation (ici en me restreignant au cas de la bactérie), j’illustrerai en quoi la modélisation peut aider à définir « la nature des graphes » qu’il faudrait considérer afin par exemple d’intégrer des données de nature différentes de transcritpomique, protéomique, métabolique, etc. voire les NGS (chip-seq, ribosome profiling, etc.        

Reasoning-based systems for the study of large-scale metabolic networks and microbiomes.

Résumé. Systems modeled in the context of molecular and cellular biology are highly difficult to model in a unique way. In this context, we will describe how several approaches based on reasoning allow the systems to be identified, validated, improved and finally studied despite lacks of data. To that goal, we rely on Answer Set Programming, a paradigm of logical programming. We will illustrate this approach on the reconstruction and study of genome-scale metabolic network with an application to the reduction of microbiomes according to expected metabolic phenotypes.