En savoir plus

Les systèmes agri-alimentaires jouent un rôle prépondérant dans de nombreux secteurs de l’économie, de la santé et de l’environnement. Face à une demande mondiale en perpétuelle augmentation, ces systèmes doivent répondre à de multiples enjeux de santé, de bien-être et de développement durable. L’évolution des comportements alimentaires, l’émergence de nouveaux modes de production et de nouveaux produits, ainsi que la forte augmentation des maladies chroniques (maladies métaboliques, allergies et intolérances, etc.) posent la question de l’aliment comme vecteur de santé et de bien-être. Ainsi, la formule “nous sommes ce que nous mangeons” trouve un écho grandissant dans la société comme en témoignent le boom des produits bio, la méfiance grandissante des consommateurs vis-à-vis des produits transformés, et l’adoption d’aliments jugés plus sains et de meilleure qualité nutritionnelle.

De la fourche à la fourchette, les systèmes agri-alimentaires forment un réseau complexe qui inclue une grande diversité d’holobiontes (plantes potagères, grandes cultures, arbres fruitiers, animaux d’élevage, producteur, agriculteur, consommateur,…) et d’écosystèmes (élevages, fromageries, champs,…). Cet ensemble de communautés microbiennes est perméable et dynamique, sous l’action des flux microbiens les traversant. Pour répondre aux attentes sociétales mentionnées ci-dessus, le MP prendra en compte à la fois l’étude des holobiontes et celle des flux microbiens au sein des systèmes agri-alimentaires, jusqu’au pilotage des microorganismes au sein de ces systèmes. Il s’intéressera tout particulièrement aux enjeux d’alimentation durable (performance et efficacité du système alimentaire, circuits courts, réduction des gaz à effet de serre, maintien de la biodiversité, etc.) et de préservation de la santé des plantes, animale et humaine (réduction des intrants, antibiotiques, pesticides, utilisation des microbiotes pour lutter contre les pathogènes, etc.).

Les axes de recherche

Axe 1 : Mécanismes d’assemblage et d’interaction au sein des holobiontes

Cet axe est focalisé sur l’étude des holobiontes qu’ils soient végétaux (plantes, arbres), animaux (insectes, ravageurs, animaux de rente) ou humains. Les questions adressées sont communes aux différents holobiontes qui présentent, en termes d’étude scientifique, des avantages et des limites différents et de ce fait sont complémentaires.

Axe 2 : Flux microbiens et dynamiques au sein d’un système agri-alimentaire

Au sein des systèmes agri-alimentaires, les holobiontes sont soumis à l'influence de nombreuses perturbations biotiques et abiotiques.  Cet axe concerne l'étude de l'effet des flux microbiens sur les holobiontes, de l'impact de différents systèmes de production (conventionnels ou alternatifs) sur un système agri-alimentaire, ainsi que l'identification d'étapes critiques pour la durabilité, tout au long de ce système.

Axe 3 : Maitrise et pilotage des flux microbiens, impact sur les performances, la durabilité et la santé

Les interactions hôtes-microbiotes, font intervenir et sont influencés par trois acteurs : le microbiote, l’hôte et l’environnement. Chacun de ces 3 niveaux offre des opportunités de contrôler et de piloter  les autres acteurs.