L'expérimentation système présente de nombreux atouts mais aujourd'hui, son positionnement est aussi fragile en raison de plusieurs points de nature très différente :

• Des moyens humains en diminution qui engendrent des manques de techniciens pour réaliser les mesures nécessaires à une évaluation multicritère mais aussi d’ingénieurs et chercheurs pour piloter et valoriser les expérimentations. Il faudra à l'avenir nécessairement innover aussi dans la conception de l’expérimentation système en tenant compte de la baisse des forces de travail.

• Une fragilité des sources de financement. Les expérimentations sont des dispositifs à coût élevé sur du long terme (taille des dispositifs, implantation de l’essai, notamment en cultures pérennes) qui ont souvent des besoins d’équipements spécifiques. Par exemple, sur l'expérimentation Salamix, trois bâtiments ont été construits pour les trois systèmes expérimentaux mis en place. Le financement de telles expérimentations est plus difficile qu'une expérimentation analytique car leur durée est en inadéquation avec les sources de financement qui fonctionnent, la plupart de temps, sur un pas de temps de trois ans.

• Des  compétences scientifiques à développer et à faire reconnaitre. Les connaissances théoriques des chercheurs dans le champ de la conception de systèmes innovants et sur les démarches d’expérimentation système sont encore peu communes et peu reconnues dans les progressions de carrière scientifique.

• Une valorisation scientifique plus compliquée. Il est actuellement plus difficile pour les chercheurs de valoriser les résultats de ces expérimentations dans des revues scientifiques. Ces dernières sont encore, pour beaucoup, issues de la culture de l'expérimentation analytique adossée à des répétitions. Les interactions multiples, le temps long, les données portant sur des systèmes agricoles différents, l'ajustement des pratiques et donc du protocole dans les expérimentations s'étant engagées dans une démarche d'expérimentation pas à pas, rendent l'analyse beaucoup plus complexe. Actuellement, une expérimentation système ne génère pas autant de publications scientifiques qu'un essai analytique.

• Des limites techniques pour la collecte de données et leur stockage. D'un point de vue pratique, il existe une réelle difficulté à suivre certaines variables sur un grand nombre de parcelles faute d’indicateurs fiables et simples. Par ailleurs, le stockage de ces données sur le long terme via des bases de données ad hoc accessibles en ligne, est un problème qui reste à résoudre.