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Dernière mise à jour : Mai 2021

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DIGIT-BIO : Biologie numérique pour explorer et prédire le vivant

Visualiser les ovocytes des poissons grâce à l’IA et à l’imagerie 3D

Projet exploratoire IMMO (2021 - 2023)

Imagerie et modélisation multi-échelle - IMMO
© Manon Thomas, Manon Lesage et Violette Thermes
En milieu naturel comme en élevage piscicole, le processus de formation et de maturation des gamètes femelles (ovogenèse) est essentiel pour le succès reproducteur et demeure peu connu. Le projet IMMO s'intéresse à l'étude et à la modélisation de ces mécanismes.

Contexte et enjeux

Exploiter les nouvelles méthodes d’imagerie 3D et d’IA pour visualiser et dénombrer les ovocytes de poissons à différents âges 

Chez les poissons à pontes multiples, l’ovogenèse met en jeu des structures anatomiques en permanent renouvellement, les follicules ovariens, qui accompagnent le développement des gamètes jusqu’à la ponte. Malgré l’identification de nombreux mécanismes de régulation de l’ovogenèse chez les poissons modèles (e.g. medaka, zebrafish), nous avons encore une vision incomplète et principalement qualitative de ce processus dynamique. En particulier, des questions majeures demeurent sans réponses : Y a-t-il un vieillissement détectable de la fonction ovarienne ? Quels sont les contrôles clés qui s’exercent sur les follicules ovariens à différents stades de maturité et dans quelle mesure la population de follicules s’auto-contrôle-t-elle ?

Objectifs

Densité ovarienne en fonction de la taille et de l'âge

Densité ovarienne en fonction de la taille et de l'âge

Le projet IMMO propose d’exploiter les nouvelles méthodes d’imagerie 3D et d’Intelligence Artificielle (IA) pour visualiser et dénombrer l’intégralité des ovocytes dans des ovaires de poissons à différents âges, afin de décrire de façon exhaustive et quantitative l’ensemble de la population d’ovocytes et de follicules ovariens. Ces données seront utilisées pour valider un modèle mathématique décrivant les dynamiques folliculaires et leurs contrôles sur l’échelle de vie du poisson, qui permettra de révéler des informations inaccessibles à partir des données seules. Les simulations du modèle reproduiront les différents types de perturbations affectant le bon déroulement de l’ovogenèse.

Contacts :

Acteurs du projet

Structures INRAE

Département PHASE

Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LBGP)

Biologie de la reproduction, Imagerie et traitement d’images

UMR Physiologie de la Reproduction et des Comportements  (UMR PRC)

Analyse mathématique, Signalisation intracellulaire, pharmacologie

Partenariats hors INRAE

INRIA

Équipe-projet MUSCA (INRIA-CNRS-INRAE) - : MUltiSCAle population dynamics for physiological systems

Modélisation mathématique/ Physiologie de la reproduction

Analyse mathématique

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