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24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

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DECODAGE – Communauté d’Annotation des Génomes

Acknowledgments

Acknowledgement_Image02

The French INRA TriAnnot pipeline has been created on March 2005 by Philippe LEROY & Fabrice LEGEAI. The latest release, which is a major release, as been a made in February 2014  (version 4.2), thanks to Nicolas GUILHOT and Aurélien BERNARD.

 This project is supported by:

  • The "Département de Biologie et Amélioration des Plantes - BAP" of INRA (National Institute of Agronomic Research),
  • The French "Programme Fédérateur en Génomique Végétale" - Genoplante ,
  • The "Pôle de Compétitivité" - Céréales Vallée ,
  • The "Programme Régional d'Actions Innovatrices" (PRAI) e-nnovergne LifeGrid through a European project "Actions innovatrices du FEDER" (2006 - 2008) coordinated by the  "Région Auvergne",
  • A new LifeGrid project (2014 - 2015) coordinated by the "Région Auvergne" ,
  • TriticeaeGenome , a european EC 7th Framework Program (Food, Agriculture and Fisheries) project (2008 – 2011) lead by C. Feuillet,
  • 3BSeq, a flagship project funded by the ANR and France Agrimer for a duration of 3 years (2010 - 2013) and lead by C. Feuillet,
  • The International Wheat Genome Sequencing Project - IWGSC
  • An  NSF Proposal 1238231 - Ae. tauschii Sequencing (US) project
  • GrainGenes

Coordinators:

We would like to thank the following persons for their contribution in this project:

Nicolas GUILHOT from INRA at Clermont-Ferrand is today the main developer of the TriAnnot code. He should be contacted in priority for any problem concerning the use of the pipeline through our support mail: triannot-support@clermont.inra.fr

The names (in bold) are currently working on the pipeline improvement items below:

Contributions                                    Persons

TriAnnot pipeline architecture

Nicolas GUILHOT(1), Philippe LEROY(1), Sébastien THEIL, Frédéric CHOULET(1), Aurélien BERNARD (1), Franck GIACOMONI, Matthieu REICHSTADT, Olivier INIZAN, Fabrice LEGEAI, Emmanuelle GICQUELOT, Lorenzo CERUTTI, Bastien LAUBIN

TriAnnot Logo

Nicolas GUILHOT(1)

Databanks update

Philippe LEROY(1), Nicolas LAPALU(2), Sébastien REBOUX, Christophe CARON(3), Matthieu REICHSTADT

NIASsearch "Gene modeling" - Collaboration with NIAS at Tsukuba, Japan

Hiroaki SAKAI, Philippe LEROY(1), Tsuyoshi TANAKA, Naoki AMANO, Hisataka NUMA, Franck GIACOMONI

TEannot (from REPET Package) for Transposable Element Annotation

Timothée FLUTRE, Hadi QUESNEVILLE(2)

Post-processing of RepeatMasker TEs annotation

Josquin DARON

tRNAscan-SE implementation

Aurélien BERNARD

Gene predictor training for wheat

- geneid

- GeneMarkHMM

- augustus

- EuGene

Sébastien THEIL, Frédéric CHOULET(1)

Merge Gene Model

Sébastien THEIL, Frédéric CHOULET(1)

Cluster parallelization

Nicolas GUILHOT(1), Sébastien REBOUX, Philippe LEROY(1)

INRA URGI System administration

Claire VISEUX(2), Mikael LOAEC(2), Sébastien REBOUX

TriAnnot pipeline validation

Philippe LEROY(1), Sébastien THEIL, Frédéric CHOULET(1)

Database (CHADO)

Michael ALAUX(2), Nicolas GUILHOT(1), Philippe Leroy(1), Aurélien BERNARD, Isabelle LUYTEN(2)

WEB pages

Philippe LEROY(1), Michael ALAUX(2), Véronique JAMILLOUX(2), Bruno HOUIS, Catherine FEUILLET

Genome Browser

Nicolas GUILHOT(1), Philippe LEROY(1), Aurélien BERNARD, Isabelle BLANC-LENFLE, Frederic SAPET, Fabrice LEGEAI

LifeGrid for using the computing grid AUVERGRID

Matthieu REICHSTADT, Franck GIACOMONI, Alexandre CLAUDE, Antoine MAHUL, Marianne LIAUZU, Pierre-Louis REICHSTADT, Philippe LEROY(1)

MIGALE Cluster at Jouy en Josas

Eric MONTAUDON, Ludovic LEGRAND, Christophe CARON

ABIMS Cluster at Roscoff

Christophe CARON(3)

TriAnnot Virtual Machine

Christophe CARON(3), Alexandre CORMIER, Nicolas GUILHOT(1), Philippe LEROY(1)

TriAnnot Oak

Patricia FAIVRE, Isabelle LESUR, Sébastien AUBOURG, Stéphane ROMBAUTS, Christophe PLOMION

TriAnnot Barley

Manuel SPANNAGL, Matthias PFEIFER, Thomas SCHMUTZER, Klaus MAYER(5)

TriAnnot Rice

Takeshi ITOH(4)

Wheat annotation resources

Matthias PFEIFER: Wheat gene annotation on the IWGSCsurvey sequence from MIPS , Germany on December 2012

Sébastien THEIL: gene manually validated at GDEC for 3BSEQ project (assembly 4.1, annotation 4.2, automatic annotation made with TriAnnot 3.5)

(1) Permanent people at INRA GDEC, Clermont-Ferrand, France

(2) Permanent people at INRA URGI, Versailles, France

(3) Permanent people at CNRS Roscoff, France

(4) Permanent people at NIAS, Tsukuba, Japan

(5) Permanent people at MIPS, Germany

Acknoxledgement_Image01