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Dernière mise à jour : Mai 2018

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DECODAGE – Communauté d’Annotation des Génomes

TriAnnot : Structural and Functional Plant Genome Automatic Annotation Pipeline

The web pages of the TriAnnot pipeline has not been updated since 2014, we apologize ...

Unfortunately, the TriAnnot pipeline is not anymore available at INRAE URGI

Thank you for your understanding.

 

Structural and functional automatic annotation pipeline

Structural and functional automatic annotation pipeline

Genetics & Genomics on wheat

Genetics & Genomics on wheat

Genome sequences hold the key for understanding the molecular basis of phenotypic traits and variation and provide a framework for rapid varietal development through the utilization of marker-assisted selection, marker-assisted recurrent selection, genome wide selection, and molecular breeding. Despite the recognition that genome sequencing is critical for crop improvement, the size and complexity of the wheat genome (17 Gb, hexaploid AABBDD, >80% of TEs) has been perceived as an obstacle for the efficient development of genome sequencing projects. However, the convergence of technological advances in recent years (e.g., BAC library construction from different wheat genomes and from individual wheat chromosomes; and the revolution in genome sequencing technologies) offer the prospects of tractable large-scale programs that can deliver much-needed sequence based resources for wheat.

The International Wheat Genome Sequencing Consortium (IWGSC) was launched in 2005 with the aim of advancing agricultural research for wheat production and utilization by developing DNA-based tools and resources that result from sequencing the wheat genome.

Impact of Aneupoide lines on wheat genomics

Impact of Aneupoide lines on wheat genomics

References

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Choulet F, Wicker T, Rustenholz C, Paux E, Salse J, Leroy P, Schlub S, Le Paslier M-C, Magdelenat G, Gonthier C, Couloux A, Budak H, Breen J, Pumphrey M, Liu S, Kong X, Jia J, Gut M, Brunel D, Anaderson JA, Gill BS, Appels R, Keller B, Feuillet C (2010) Megabase level sequencing reveals contrasted organization and evolution patterns of the wheat gene and transposable element spaces. Plant Cell 22:1686-1701 – PMID: 20581307

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The TriAnnot pipeline has been presented at several international congresses as poster, talk or invited talk.
Link to presentation in congress list.

Intellectual Property

Version 1 of TriAnnot was deposited on January 31, 2006, in the French APP ("Agence pour la Protection des Programmes") repository for intellectual property (APP # IDDN.FR.001.05008.000.R.C.2006.000.31235).