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Le Programme Prioritaire de Recherche Cultiver et Protéger Autrement intègre deux dispositifs pour la gouvernance du programme et pour l’animation de la recherche : 

• une Prospective : Agriculture européenne sans pesticides, pour l’horizon 2050 
• une Évaluation des impacts en temps réel : ASIRPA in itinere

L’intégration de ces dispositifs au Programme constitue à la fois une originalité et une innovation. En intégrant ces deux dispositifs complémentaires, la volonté est d’introduire une réflexivité dans la conception et dans la mise en œuvre des recherches. Il est en effet nécessaire de se doter des moyens permettant de : (i) anticiper les changements souhaités et comprendre comment les recherches peuvent y contribuer; (ii) intégrer les résultats des deux études pendant l'avancée des projets. Ces deux études servent finalement à mettre la Recherche au service de notre société pour répondre aux mieux aux attentes et aux besoins de notre environnement. 

Pour ce faire, la Prospective 2050 construit des scénarios prenant en compte d’une part, l’évolution de composantes (par exemple : le changement climatique, la biodiversité, les changement des structures agricoles, les styles de consommations, ...). Et d'autre part, les effets attendus des leviers scientifiques explorés dans le PPR. 

La démarche d’Évaluation d’impact en temps réel (ASIRPA in itinere) quant-à-elle, met en place des chemins d’impact propres aux différents leviers scientifiques des projets et du Programme pour identifier, les facteurs facilitant et les facteurs bloquant et ainsi adapter le chemin en temps réel.