Les moyens d’action des métaprogrammes sont le lancement d’appels à projets, l’animation scientifique, le co-financement de thèses... Il existe actuellement huit métaprogrammes, dont six ont été lancés en 2011 et deux en 2014 (EcoServ et GloFoodS) :

EcoServ // GISA // GloFoodS // SMaCH  
MEM (Méta-omiques des écosystèmes microbiens) // ACCAF (Adaptation au changement climatique de l’agriculture et de la forêt) // DID’IT (Déterminants et impact de la diète, interactions et transitions) // SelGen (Sélection génomique) 

Leur niveau d’implication en AB est assez variable.
- L’AB est déjà présente dans les MP dédiés à la protection intégrée des cultures et à la santé animale avec, par exemple, le co-financement d’une expertise scientifique sur les alternatives à l’usage du cuivre par SMaCH, ou la création du réseau « Santé animale en élevage biologique » (SAEB) par GISA. Une coordination plus poussée entre le CIAB et ces MP permettra de davantage prendre en compte l’AB dans leurs actions de recherche et d’animation scientifique.
- La prise en compte de l’AB est plus récente et variable pour EcoServ, ACCAF, DID'IT et GloFoodS, avec soit des démarches d’intégration dans des projets, soit l’initiation des premières réflexions. L’objectif actuel est donc de construire des ambitions communes et des questions de recherche.
- Enfin, l’AB pourra valoriser, à terme, certains résultats des programmes MEM et SelGen, MP qui visent à accompagner et coordonner le développement et la mise en oeuvre des méthodes à haut débit de la biologie moléculaire. C’est le cas par exemple des travaux sur l’estimation de la valeur génétique des animaux et végétaux sur la base de leur génome complet (SelGen), ou le rôle des microbiotes dans le fonctionnement et la performance des individus et des agrosystèmes (MEM).

Métaprogramme Gisa (Gestion intégrée de la santé animale)

Métaprogramme Ecoserv (Services écosystémiques, agriculture et forêt)

Métaprogramme Glofoods (Transition to Global Food Security / Etude des transitions pour la sécurité alimentaire mondiale - MP commun INRA-CIRAD) 

Métaprogramme SMaCH (Sustainable Management of Crop Health / Gestion durable de la santé des cultures)