De nombreux agents pathogènes émergents ont récemment été identifiés. Pour 60% d’entre eux, ils sont zoonotiques, c’est-à-dire qu’ils sont capables de passer de l’Animal à l’Homme. Beaucoup sont des virus, des bactéries ou des champignons mais les parasites suivent la même règle. Le groupe ParaNEm (Parasites Négligés et Emergents) s’intéresse tout particulièrement à ces parasites émergents mais également à des parasites négligés (PN), non prioritaires, à l’origine de nombreuses pathologies différentes chez l’humain ou dans les élevages. Ces PN sont zoonotiques ou enzootiques et peuvent provoquer de nombreuses pertes dans les élevages. De plus en plus de résistances aux antiparasitaires administrés sont observées et il est urgent de proposer de nouvelles alternatives. Les parasites négligés et émergents sont majoritairement issus de la faune sauvage ou de l’environnement et il est essentiel d’aborder ces parasites dans une approche « One Health ».

Les objectifs :

L’étude des parasites négligés et émergents nécessite le développement d’outils prophylactiques à façon.

Le groupe ParaNEm a alors plusieurs objectifs :

I- La découverte de nouvelles cibles diagnostiques pour la surveillance et l’anticipation des parasites zoonotiques émergents en mettant en place des études -omics (génomiques, transcriptomiques et protéomiques) avec différents partenaires ;

II- La découverts de nouvelles cibles thérapeutiques pour proposer l’utilisation de nouvelles molécules efficace contre des parasites enzootiques résistants à de nombreux antiparasitaires. La stratégie serait alors de relâcher la pression de sélection sur les antiparasitaires fréquemment utilisés afin que les parasites redeviennent sensibles ;

III- Le développement d’outils innovants pour la surveillance des parasites circulants chez les animaux domestiques ou sauvages, en France (métropolitaine et outre-mer), dans les pays européens et dans le monde, en s’appuyant sur la biologie moléculaire classique (PCR, qPCR, rt-PCR), la technologie MALDI-TOF et les nouvelles technologies de séquençage (Illumina, nanopore,…) ;

IV- Comprendre la relation entre ces parasites et leurs hôtes ainsi que leur pouvoir pathogène en s’appuyant sur l’écologie parasitaire, des modèles in vivo, de l’imagerie tissulaire et cellulaire (imagerie confocale, cytométrie en flux, …)

Résultats majeurs :

I- Développement d’une base de données MALDI-TOF pour l’identification des espèces de Trichinella spp. à partir d’un extrait protéique des larves. Cette technique est en train d’être transposée à d’autres Nématodes d’intérêt (Projet NEMATOF).

Species identification of Trichinella originated from various host and different geographical location by MALDI-TOF. 2020, Karadjian et al., Exp Parasitol.

II- Mise en place d’une stratégie d’identification de larves de Nématodes autres que Trichinella spp. issues des contrôles officiels réglementaires des viandes...

A two-step morphology-PCR strategy for the identification of nematode larvae recovered from muscles after artificial digestion at meat inspection. 2020, Karadjian et al., Parasitol Res.

... et développement d’une PCR-RFLP pour l’identification des larves du nématode zoonotique Toxocara spp.

Toxocara cati and Toxoplasma gondii in French Birds of Prey. 2022, Karadjian et al., J Wildl Dis.

Projets actuels :

• Projet PARADISE :

PARADISE est un consortium international qui possède une expertise complémentaire optimale sur les parasites zoonotiques Cryptosporidium parvum et Giardia duodenalis. PARADISE vise à fournir des schémas de typage informatifs et des stratégies de détection innovantes applicables aux matrices alimentaires pour les deux parasites. Coordination de la tâche 4.1 (dans WP4) : G. karadjian (UMR BIPAR LSAn, groupe PARANEM), pour la sélection d’aptamères spécifiques de Cryptosporidium parvum et de Giardia duodenalis.

• Projet AptaTrich :

Le projet AptaTrich (Development of an aptamer-based test for trichinella detection) consiste à sélectionner des aptamères spécifiques de Trichinella capables de reconnaître des protéines circulantes de Trichinella puis utiliser ces molécules pour le séro-diagnostique (Aptamer-Based-ELISA, ELONA,…). Coordination : G. Karadjian (UMR BIPAR LSAn, groupe PARANEM)

• Projet PARAVIR :

Le projet PARAVIR (détection des virus des parasites) est co-piloté par Grégory Karadjian (UMR BIPAR LSAn, groupe PARANEM) et Nolwenn Dheilly (UMR VIRO LSAn).

Le projet a pour objectif de caractériser les virus ARN des parasites afin de trouver des nouvelles cibles diagnostiques, vaccinales et/ou thérapeutiques.

Le projet prévoit de :

- Tester et étendre le champ d’application de la méthodologie récemment développée par Nolwenn Dheilly (UMR VIRO) et Yannick Blanchard (Unité GVB, LPPN) afin de permettre la détection et caractérisation génomique de nouveaux virus ;

- Découvrir et caractériser de nouveaux virus dans des parasites d’intérêt sanitaire ;

- Déterminer la position phylogénétique de ces virus relative à la diversité virale connue ;

- Développer des tests diagnostiques de type RT-PCR afin de pouvoir tester la présence des virus dans un plus grand nombre et une plus grande diversité d’échantillons.

•  Projet NEMATOF :

Le projet NEMATOF (Identification de Nématodes par MALDI-TOF) a pour objectif de transposer la méthode d’identification des larves de Trichinella spp. aux larves de nématodes de plantes difficiles à identifier et certains nématodes d’élevages difficiles à identifier (Teladorsagia spp., Heterakis spp.,…) et incrémenter la base de données de Trichinella pour l’élargir à d’autres nématodes. PARANEM est partenaire du projet car leader sur la technique.

• Projet PaPerFish :

Le projet PaPerFish (Parasites dans les produits de la pêche : étude de leur distribution, de leur potentiel zoonotique et de la perception par le consommateur) vise à acquérir des données sur les parasites potentiellement zoonotiques dans les produits de la pêche en se concentrant sur 2 aspects, d’une part la perception du risque lié à ces parasites par les consommateurs et d’autre part l’étude de la distribution et l’évaluation du caractère zoonotique de parasites peu connus. PARANEM coordonne le WP2 afin d’étudier le potentiel zoonotique du trématode Cryptocotyle lingua.

• Projet NeuroTrich :

Le projet NeuroTrich (Etude du système neuronal de Trichinella) est co-coordonné par Ladislav Simo (UMR BIPAR LSAn, groupe NeuroPaTick) et Grégory Karadjian (UMR BIPAR LSAn, groupe PARANEM). NeuroTrich devrait enrichir nos connaissances sur les voies de signalisation neurales de T. spiralis et fournir des outils affectant les composants cruciaux du système neuronal de Trichinella pour le développement de stratégies de contrôle efficaces de T. spiralis. Une fois la preuve de concept atteinte, le travail pourra servir de référence pour l’ensemble des nématodes et permettra d’avoir une alternative de cible chez les souches résistantes aux anthelminthiques actuels.

• Projet AngioSurv :

Le projet AngioSurv (Surveillance de l’émergence d’Angiostrongylus cantonensis en France) s'intéresse à la contamination de rats français par le nématode zoonotique Angiostrongylus cantonensis et réalisera la caractérisation moléculaire de ce dernier. La présence de ce parasite signifierait qu’il a été introduit sur le territoire et que son émergence est en cours, avec un risque non négligeable de contamination humaine.

Collaborations :

• Nationales :

Anses (UMR Virologie (Maisons-Alfort), Unité PhEED (Goustranville), Unité SEEpiAS (Nancy), Unité B3PA (Boulogne sur Mer), Unité de Nématologie (Rennes), Unité VIPAC (Plouzané), Unité PBER (Niort), Plateforme de génomique à Ploufragan / unité GVB (Ploufragan)).

MNHN (UMR MCAM, Paris)

INRAE (UMR ISP, Nouzilly)

Centres de Sauvegarde de la Faune Sauvage (Goupil Connexion, ganges ; Chêne vert, Allouville-Bellefosse ; CEDAF, Maisons-Alfort)

• Internationales :

Istituto Superiore di Sanità (ISS), Rome, Italie

Robert Koch Institute (RKI), Berlin, Allemagne

Bundesinstitut für Risikobewertung (BfR), Berlin, Allemagne

School of Veterinary Medicine, University of Surrey, UK

Yerevan state university, Arménie

McGill University Health Centre, Montréal, Canada