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INRA
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

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Anatomie pathologique Sante Animale

Zone de texte éditable et éditée

Activités 2017

Coordonnées de la plate-forme

Adresse
Oniris - La Chantrerie -  CS 40706 - 44307 Nantes cedex 03
Telephone : 02 40 68 78 73 / 02 40 68 78 74
Fax : 02 40 18 00 02
Mail : thibaut.larcher@nantes.inra.fr  /  laurence.dubreil@oniris-nantes.fr  /  marie-anne.colle@oniris-nantes.fr
Unité (nom et numéro) :
UMR 703 Physiopathologie Animale et bioThérapie du muscle et du système nerveux (PAnTher)
Organisme(s) de rattachement :
Inra, Oniris

Responsable
Nom : COLLE
Prénom : Marie-Anne
Adresse mail du responsable : marie-anne.colle@oniris-nantes.fr
Type de responsabilité : Resp. scientifique et Resp. Adminsitratif

Responsable
Nom : DUBREIL
Prénom : Laurence
Adresse mail du responsable : laurence.dubreil@oniris-nantes.fr
Animateur Composante Bio-imagerie

Responsable
Nom : LARCHER
Prénom : Thibaut
Adresse mail du responsable : thibaut.larcher@inra.fr
Animateur Composante Histopathologie

Site web : www6.inra.fr/anatomie_pathologique_sante_animale

Rapport d'activité 2017

A. Faits marquants

Certification ISO 9001:2015 de l'UMR 703 et de la plate-forme APEX en décembre 2017 pour l'ensemble des activités de recherche et d'expertise avec pour nouveauté la certification d'un processus "formation et promotion de la microscopie".

 
Organisation du 30ème Congrès National de l'Association Française d'Histotechnologie (AFH) avec le soutien de Biogenouest les 22 et 23 juin 2017, 120 participants.

Reconduction de la labellisation IBiSA de la plate-forme APEX en septembre 2017.

 

B. Equipement, technologies, projets

 

Nouveaux équipements acquis en 2017 :

Un microscope Super-résolution PALM/STORM Nikon financé par le CPER 2015-2020 a été installé sur la plate-forme en 2017 pour réaliser des analyses microscopiques à l'échelle nanométrique. Ces techniques de microscopie de super résolution basées sur un principe semblable au pointillisme permettent d'atteindre une résolution proche de 20nm en s'affranchissant de la limite de diffraction.  Cette technologie permet d'obtenir des informations précises sur les modifications de l'agencement de molécules structurales ou fonctionnelles à l'échelle nanométrique et vient renforcer l'expertise de la plate-forme APEX dans ses activités de phénotypage tissulaire et cellulaire.

 

Nouveaux projets démarrés en 2017 (achevés ou non)

Projets académiques :
- Gritt I, UMR PhAN, Nantes : imagerie biphotonique de cerveaux de rats transparisés par la méthode Clarity et immunomarqués avec des anticorps anti-GFAP.
- Guillou Y, UMR 1232 CRCINA, Nantes : visualisation in vivo de l'impact de la RIT-α sur l'accessibilité des lymphocytes T injectés à la tumeur ainsi qu'à leur distribution. Imagerie bipotonique, microscopie intravitale.
- Plantard O, BioEpar Inra Oniris, Nantes : Tests d'imagerie en microscopie biphotonique pour explorer le cerveau de la tique sans marquage préalable.
- Kilin V, Group of Applied Physics Biophotonics, Université de Genève : imagerie de nanoparticules harmoniques, analyse des signaux de seconde et troisième harmonique.
- Bosch S, IECM Oniris, Nantes : suivi de l'apparition de cellules apoptotiques au cours du temps par vidéomicroscopie suite à l'induction de l'apoptose dans les cellules bêta pancréatiques murines
- Buchner J, École Supérieure du Bois, Nantes : tests exploratoires sur des échantillons de bois stériles et des échantillons de bois contaminés par des champignons en utilisant la microscopie biphotonique et la microscopie confocale spectrale
- Cachot J, UMR 5805 EPOC, Bordeaux : imagerie biphotonique de microparticules de plastiques ingérées par des larves de poissons medaka.
- Beck S, UMR_S 1229 RMeS, Nantes : imagerie des signaux SHG à partir de coupes de Fémur de souris.
- Boutin L, Equipe 1, UMR 1232 CRCINA, Nantes : imagerie de BTN3NA1 couplée à la sonde mEos3.2, microscopie PALM
- Astruc T, UR 0370 QuaPA : exploration des signaux SHG sur des coupes de viande bovine
- Ishow E, UMR CNRS 6230 CEISAM, Nantes : nanotechnologies pour le tracking cellulaire in vivo et l'imagerie tissulaire de processus régénératifs
- Conchon S, UMR 1232 CRCINA, Nantes : imagerie dans le foie d'une population de lymphocytes Treg CD8 impliquée dans la tolérance de greffes allogéniques. Microscopie biphotonique.
- R&D interne : mise au point de protocoles de transparisation à base de solution aqueuse de Thiodiéthanol et RapiClear
- Martineau C, Idele, Le Rheu : impact de différents aliments sur la muqueuse du rumen de veau.
- André A, Service d'alimentation, Oniris, Nantes : impact de l'alimentation et de l'entrainement sur le muscle.
- Cadiou C, Therassay, Inserm, Nantes : évaluation d'un traitement pharmacologique de la dystrophie musculaire de Duchenne chez le Rat.
- Anegon I, UMR 1064 CRTI, Nantes : évaluation lésionnelle de rats déficients en IL34.

Projets avec des entreprises :
- Rideau P, Nikon France, partenariat industriel, Centre d'excellence Nikon Nantes (CENN) : prêt d'un objectif longue distance adapté à l'imagerie des tissus transparisés. Optimisation de l'utilisation de cet objectif par des mesures d'indice de réfraction des milieux de montage et l'adaptation de la bague de l'objectif en fonction des indices mesurés.
- Nakamura R, Nikon Japon partenariat industriel, Centre d'excellence Nikon Nantes (CENN) : accueil d'une délégation de scientifiques japonais de la société SunJinlab et de la société Nikon en septembre 2017. Optimisation de la transparisation d'organes couplée à l'utilisation d'un scanner résonnant pour imager des échantillons de plus de 5 mm d'épaisseur. Développement d'un partenariat entre Nikon et Sunjinlab suite aux essais réalisés sur la plate-forme. Organisation d'une table ronde sur la transparisation avec les plates-formes Nantaises, Rennaises et l'Institut Jacques Monod.
- Tanais J, Acal Bfi : organisation d'un workshop sur la microscopie de biréfringence, 30 participants
- Mingozzi F, Généthon : évaluation de la toxicité d'un protocole de thérapie génique sur le macaque
- Mikhail SA, Asklepios Biopharmaceutical : liver tropism and systemic biodistribution in NHP of several serotypes of AAV
- Revah F. Généthon : injection systémique d'un vecteur recombinant exprimant la micro-dystrophine dans le traitement de la dystrophie musculaire de Duchenne, évaluation chez un modèle Rat.

Nouvelles technologies (celles développées ou en cours de développement sur la plate-forme ET celles acquises par la plate-forme) : Oui

Techniques en cours de développement :
- PALM : imagerie d'échantillons avec des protéines photo-convertibles, collaboration avec Lola Boutin et Emmanuel Scotet, CRCINA, Nantes.
- STORM : imagerie d'échantillons immunomarqués avec des anticorps primaires et anticorps secondaires couplés à l'Alexa 647.
- CLARIFICATION : mise au point de nouveaux protocoles de transparisation des tissus et organes. Utilisation de solutions de base aqueuse compatibles avec la préservation de la fluorescence de la GFP. Accueil d'un scientifique de SunjinLab (Japon) et d'un scientifique de la société Nikon Japon pour l'optimisation de protocoles de transparisation et l'optimisation de l'imagerie d'échantillons transparisés en microscopie biphotoniqe. Optimisation des acquisitions par l'utilisation d'un scanner résonnant et d'un objectif à longue distance équipé d'une bague modulable en fonctions des indices de réfraction. Participation au groupe de travail « échantillons » du réseau RTMFM.
Non renseigné
Techniques acquises par plate-forme :
- Microscopie multiphotonique
Acquisition sur plusieurs jours des signaux de seconde et troisième harmonique (SHG et THG) sur cellules vivantes dans une chambre thermostatée et contrôlée en CO2 installée sur le microscope biphotonique.
Suivi de cellules marquées avec des nanoparticules harmoniques dans les tissus post-administration. Avancée scientifique de 1er ordre en recherche préclinique pour l'évaluation du comportement de cellules greffées dans un organisme par des techniques innovantes de marquage. Ce travail publié dans ACS Nano (FI : 13,942) est le fruit d'une collaboration interdisciplinaire avec l'Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne et l'Université de Genève. Il s'adosse au Centre d'excellence Nikon Nantes (CENN) et à l'infrastructure nationale NeurATRIS. Dubreil et al., ACS Nano, 2017 : 11(7).
Microscopie Intravitale Biphotonique : imagerie du muscle gastrocnémien murin sur souris anesthésiée. Suivi de l'expression de la GFP dans les fibres musculaires.
Non renseigné
- Vidéomicroscopie
Vidéomicroscopie en fluorescence : mesure de l'expression de marqueurs apoptotiques fluorescents dans des cellules maintenues sous le microscope à fluorescence pendant plusieurs jours, température et CO2 contrôlés.
Vidémicroscopie en lumière blanche : mesures de vitesse de déplacement de cellules déposées sur des lamelles cytoo maintenues dans une chambre d'incubation thermostatée contrôlée en CO2.
Non renseigné
- Microscopie TIRF : analyse de protéines immunomarquées co-localisées à la membrane de macrophages activés versus non activés.

-C Prestations offertes par la plate-forme

Spécificité(s) scientifique(s) (systèmes biologiques analysés, méthodes) :
APEX propose une offre intégrée dans le phénotypage de tissus d'origine animale grâce à une double expertise en anatomie pathologique vétérinaire et en bio-imagerie à fluorescence.
Elle associe les compétences et le savoir-faire de pathologistes vétérinaires, certifiés par le diplôme européen des Pathologistes Vétérinaires habilités notamment à délivrer des études toxicopathologiques réglementaires, à ceux d'une ingénieure R&D experte en Bio-imagerie à fluorescence auxquels s'adossent 2 ingénieurs spécialistes de l'exploration tissulaire en microscopie et hybridation in situ
L'expertise d'APEX s'applique à tous tissus sains ou lésionnels d'une large gamme d'espèces animales modèles (macaque, chien, porc, chèvre, rongeurs, lapin, volaille, poisson, insectes).
Sur ces systèmes biologiques, l'expertise proposée par APEX s'appuie sur des méthodes d'histotechnologie/histomorphométrie, de microscopie en lumière blanche/fluorescence, et de microscopie confocale spectrale, super-résolution et microscopie biphotonique.
Non renseigné
Spécificité scientifique :
1- Expertise en pathologie vétérinaire
- Valider et caractériser des modèles animaux afin de démontrer leur pertinence par rapport aux maladies animales et humaines
- Caractériser et quantifier le pouvoir pathogène d'un agent afin de mieux comprendre la physiopathogénie d'une affection chez des espèces animales cibles ou modèles
- Réaliser les études toxicopathologiques réglementaires préalables à toute demande d'autorisation d'essai clinique afin de confirmer l'innocuité de molécules thérapeutiques innovantes
- Evaluer l'impact des contaminants environnementaux sur la physiologie des espèces animales sentinelles ou modèles
- Soutenir les partenaires de recherche (par exemple : diagnostic de cas de mortalité/morbidité spontanées dans les animaleries expérimentales, aide à l'interprétation lésionnelle, ...)
Non renseigné
2- Expertise en bio-imagerie à fluorescence
- Phénotypage tissulaire et cellulaire : identification de tissus et cellules cibles par multimarquage en fluorescence (par exemple : phénotypage de cellules inflammatoires, de cellules en cours de différenciation, colocalisation). La technologie de déconvolution spectrale en microscopie confocale est un outil performant que nous utilisons pour discriminer la fluorescence parasite endogène ou artéfactuelle et/ou réaliser l'observation de multiples marquages (10 sondes différentes). Les détecteurs (34 détecteurs GaAsps) présents sur notre système permettent une détection hautement sensible. La microscopie biphotonique est un outil puissant pour le phénotypage de tissus et les cellules vivantes. L'imagerie fonctionnelle permet à la fois de localiser et de mesurer les dynamiques de molécules d'intérêt dans les cellules, tissus ou organismes vivants.
- Suivi cellulaire et tissulaire d'agents exogènes: étude de la biodistribution, de la diffusion, du tropisme tissulaire et cellulaire de micro-organismes par exemple et de son réservoir présumé grâce à la combinaison de notre expertise en multimarquage et l'utilisation d'équipement hautement sensible en bio-imagerie à fluorescence. La spécificité des marquages est un challenge en biologie. La microscopie confocale spectrale est une technologie disponible sur APEX qui permet de discriminer la fluorescence naturelle de certains composés endogènes (pigments, myéline) ou artéfactuelle liée aux protocoles de fixation. La déconvolution spectrale permet d'augmenter le rapport signal sur bruit et de pour garantir la spécificité du signal.
- Etudes des interactions hôtes/pathogènes : Elles représentent une part importante de nos activités de recherche au sein d'APEX, elles englobent l'évaluation des comportements infectieux des virus (CAEV, Chikungunya, Grippe), des bactéries (Coxiella burnetii) et d'autres micro-organismes.
- Tracking cellulaire : Utilisation de nanoparticules pour le tracking cellulaire. La microscopie biphotonique est un outil adapté au tracking cellulaire in vivo. Nous avons développé une collaboration avec un physicien de l'Université de Genève qui développe des nanoparticules spécialement conçues pour le tracking in vivo en microscopie biphotonique et nous souhaitons développer une expertise dans l'imagerie de ces particules pour la microscopie intravitale.
- Exploration de la fibrose en microscopie biphotonique via la génération de signaux de seconde harmonique sur lame à congélation, paraffine et coupe vibratome.
- Exploration de la dynamique membranaire en microscopie TIRF : possibilité de suivre le mouvement de deux composés membranaires distinct via un double marquage dans le vert et le rouge
- Histopathologie quantitative par déconvolution spectrale à développer avec la station multispectrale  Mantra

Descriptif détaillé des prestations pour les utilisateurs :
La nature des prestations est détaillée sur la fiche de tarification en annexe 5 et consultable sur le site web de la plate-forme dans la rubrique « gamme de service ».

Logiciels, autres outils existants mis à disposition :
NIS Element, Image j, Fiji, AMIRA (logiciel représentation 3D), Huygens (logiciel de déconvolution)

Existence d'un calcul des coûts pour les prestations : Oui

Le calcul des coûts est-il en coûts complets (salaires, consommables, environnement, amortissement du matériel) : Oui

Existence d'une tarification pour les prestations : Oui

Préciser les différents niveaux de tarification :
6 niveaux de tarification, selon le donneur d'ordre : Tutelles et biogenouest, académiques autres, privés, selon la contractualisation (collaboration ou prestation)

-D R&D effectuée par la plate-forme

Développement de technologie(s) en 2017 :
-Développement  pour le tracking cellulaire avec des nanoparticules harmoniques en collaboration avec Luigi Bonacina (Université de Genève), des polymères fluorescents avec Marie-Thérèse Charreyre (Université de Lyon), des nanoparticules fluorescentes avec Elena Ishow (Université de Nantes), marquage des cellules et imagerie biphotonique
-Développement de la microscopie FLIM
-Développement des applications d'histopathologie quantitative par l'utilisation de la caméra multispectrale de chez Perkin Elmer
-Développement de protocoles de transparisation sur le muscle et le système nerveux (intégration à un groupe de travail du RTMFM) et imagerie biphotonique.
-Développement de la microscopie PALM/STORM (intégration à un groupe de travail du RTMFM)

Elaboration de protocole(s) en 2017 :
-Elaboration de protocoles pour le suivi  de cellules marquées avec des nanoparticules Fluorescentes, polymères fluorescents.
-Elaboration de protocoles de transparisation, conservation de la fluorescence endogène et des signaux harmoniques, imagerie en microscopie biphotonique
-Elaboration de protocoles pour l'imagerie en super-résolution
-Ecriture de macro pour l'automatisation d'analyse d'images.

Amélioration de la capacité de production de la plate-forme en 2017 :
Automatisation de l'acquisition en microscopie biphotonique avec le logiciel JOB
Automatisation de l'acquisition en microscopie confocale avec le nouveau microscope C2
Ecriture de macro pour automatiser le traitement d'images

-E Production

Taux d'utilisation de la plate-forme en % : 80

Quel est le délai d'attente entre la demande de l'utilisateur et la prise en charge du projet ? (en jours) : 21

Projets réalisés sur la plate-forme en 2017

 

Nombre de projets totaux démarrés en 2017 : 23

Nombre de projets internes à la plate-forme (R&D PF seulement) démarrés en 2017 : 1

Nombre de projets externes à la plate-forme démarrés en 2017 : 22

Dont nombre de projets académiques : 16

Dont nombre de projets privés : 6

Nombre de projets de la structure d'accueil de la PF : 0

Nombre de projets régionaux : 13

Nombre de projets nationaux : 6

Nombre de projets européens : 0

Nombre de projets internationaux : 3

 

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : UMR PhAN INRA
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Isabelle Gritt
Titre détaillé : imagerie biphotonique de cerveaux de rats transparisés par la méthode Clarity et immunomarqués avec des anticorps anti-GFAP
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : UMR 1232 CRCINA
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Yannick Guillou
Titre détaillé : Visualisation in vivo de l'impact de la RIT-α sur l'accessibilité des lymphocytes T injectés à la tumeur ainsi qu'à leur distribution. Imagerie biphotonique, microscopie intravitale.
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : BioEpar Inra Oniris
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Olivier Plantard
Titre détaillé : Tests d'imagerie en microscopie biphotonique pour explorer le cerveau de la tique sans marquage préalable.
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Group of Applied Physics Biophotonics
Ville : Genève
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Vasyl Kilin
Titre détaillé : Imagerie de nanoparticules harmoniques, analyse des signaux de seconde et troisième harmonique.
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : IECM Oniris
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Steffy Bosch
Titre détaillé : Suivi de l'apparition de cellules apoptotiques au cours du temps par vidéomicroscopie suite à l'induction de l'apoptose dans les cellules bêta pancréatiques murines
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités :  Groupe ESB École supérieure du bois
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Julia Buchner
Titre détaillé : Tests exploratoires sur des échantillons de bois stériles et des échantillons de bois contaminés par des champignons en utilisant la microscopie biphotonique et la microscopie confocale spectrale
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : UMR 5805 EPOC
Ville : Bordeaux
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : J Cachot
Titre détaillé : Imagerie biphotonique de microparticules de plastiques ingérées par des larves de poissons medaka.
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : UMR_S 1229 RMeS
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Sarah Beck
Titre détaillé : Imagerie des signaux SHG à partir de coupes de Fémur de souris.
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Equipe 1, UMR 1232 CRCINA
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Lola Boutin
Titre détaillé : Imagerie de BTN3NA1 couplée à la sonde mEos3.2, microscopie PALM
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : UR 0370 QuaPA :
Ville : Clermont-Ferrand
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Thierry Astruc
Titre détaillé : Exploration des signaux SHG sur des coupes de viande bovine
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : UMR CNRS 6230 CEISAM
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : E Ishow
Titre détaillé : Nanotechnologies pour le tracking cellulaire in vivo et l'imagerie tissulaire de processus régénératifs
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : UMR 1232 CRCINA
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Sophie Conchon
Titre détaillé : Imagerie dans le foie d'une population de lymphocytes Treg CD8 impliquée dans la tolérance de greffes allogéniques. Microscopie biphotonique.
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : APEX UMR 703
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Laurence Dubreil
Titre détaillé : Projet R&D interne Mise au point de protocoles de transparisation à base de solution aqueuse de Thiodiéthanol et RapiClear
projet interne

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Nom de l'équipe / Unités : Idele Station expérimentale veau de boucherie
Ville : Le Rheu
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : C Martineau
Titre détaillé : Impact de différents aliments sur la muqueuse du rumen de veau.
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Service d'alimentation, Oniris
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : A André
Titre détaillé : Impact de l'alimentation et de l'entrainement sur le muscle.
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Therassay, Inserm,
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : C Cadiou
Titre détaillé : Evaluation d'un traitement pharmacologique de la dystrophie musculaire de Duchenne chez un modèle Rat
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : UMR 1064 CRTI
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : I Anegon
Titre détaillé : Evaluation lésionnelle de rats déficients en IL34.
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Nikon France, partenariat industriel, Centre d'excellence Nikon Nantes (CENN)
Ville : Paris
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : P Rideau
Titre détaillé : Microscopie biphotonique avec un objectif longue distance adapté à l'imagerie des tissus transparisés. Optimisation de l'utilisation de cet objectif par des mesures d'indice de réfraction des milieux de montage et l'adaptation de la bague de l'objectif en fonction des indices mesurés.
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Nakamura R, Nikon Japon partenariat industriel, Centre d'excellence Nikon Nantes
Ville : Tokyo, Japon
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : R Nakamura
Titre détaillé : Microscopie biphotonique avec un scanner résonnant 1Kx1K, imagerie des signaux de THG sur organes transparisés
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Acal Bfi 
Ville : Paris
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : J Tanais
Titre détaillé : Organisation d'un workshop sur la microscopie de biréfringence
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Généthon :
Ville : Paris
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : F Mingozzi
Titre détaillé :  Evaluation de la toxicité d'un protocole de thérapie génique sur le macaque
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Asklepios Biopharmaceutical
Ville : Non renseigné
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : SA Mikhail
Titre détaillé :  liver tropism and systemic biodistribution in NHP of several serotypes of AAV
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Généthon :
Ville : Paris
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : F Revah
Titre détaillé : Injection systémique d'un vecteur recombinant exprimant la micro-dystrophine dans le traitement de la dystrophie musculaire de Duchenne, évaluation chez un modèle Rat.
projet externe

Publications parues en 2017 :

- par la plate-forme :
Titre : Both systemic and intra-articular immunization with citrullinated peptides are needed to induce arthritis in the macaque
Auteurs : Bitoun S, Roques P, Larcher T, Nocturne G, Serguera C, Chretien P, Serre G, Le Grand R, Mariette X
Références : Front Immunol, 2017, 8:1816.

- par la plate-forme :
Titre : Rapid discovery of de novo deleterious mutations in cattle enhances the value of livestock as model species.
Auteurs : Bourneuf E, Otz P, Pausch H, Jagannathan V, Michot P, Grohs C, Piton G, Ammermüller S, Deloche MC, Fritz S, Leclerc H, Péchoux C, Boukadiri A, Hozé C, Saintilan R, Créchet F, Mosca M, Segelke D, Guillaume F, Bouet S, Baur A, Vasilescu A, Genestout L, Thomas A, Allais Bonnet A, Rocha D, Colle MA, Klopp C, Esquerre D, Wurmser C, Flisikowski K, Schwarzenbacher H, Burgstaller J, Brügmann M, Dietschi E, Rudolph N, Freick M, Barbey S, Fayolle G, Danchin-Burge C, Schibler L, Bed'Hom B, Hayes BJ, Daetwyler HD, Fries R, Boichard D, Pin D, Drögemüller C, Capitan A.
Références : Scientific Reports, 7 (1), 11466

- par la plate-forme :
Titre : Characterisation of early-life fecal microbiota in susceptible and healthy pigs to post-weaning diarrhoea
Auteurs : -        Dou S, Gadonna-Widehem P, Rome V, Hamoudi D, Rhazi L, Lakhal L, Larcher T, Bahi-Jaber N, Pinon-Quintana A, Guyonvarch A, Huerou-Luron ILE, Abdennebi-Najar L
Références : PlosOne, 2017, 12 : e0169851.

- par la plate-forme :
Titre : Multi-Harmonic Imaging in the Second Near-Infrared Window of Nanoparticle-Labeled Stem Cells as Monitoring Tool in Tissue Depth
Auteurs : Dubreil L, Leroux I, Ledevin M, Schleder C, Lagalice L, Lovo C, Fleurisson R, Passemard S, Kilin V, Gerber-Lemaire S, Colle MA, Bonacina L, Rouger K.
Références : ACS Nano , 2017, 11 (7), pp 6672-6681.

- par la plate-forme :
Titre : Epicutaneous Tolerance Induction to a Bystander Antigen Abrogates Colitis and Ileitis in Mice
Auteurs : Dunkin D, Berin MC, Mondoulet L, Tobar S, Yeretssian G, Tordesillas L, Iuga A, Larcher T, Guillespie V, Benhamou PH, Colombel JF, Sampson HA
Références : Inflamm Bowel Dis, 2017, 23 : 1972-82

- par la plate-forme :
Titre : A short double-stapled peptide inhibits Respiratory Syncytial Virus entry and spreading
Auteurs : Gaillard V, Galloux M, Garcin D, Eléouët JF, Le Goffic R, Larcher T, Rameix-Welti MA, Boukadiri A, Heritier J, Segura JM, Baechler E, Arrell M, Mottet-Osman G, Nyanguile O
Références : Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2017, 61

- par la plate-forme :
Titre : Long-term microdystrophin gene therapy in a canine model of Duchenne muscular dystrophy
Auteurs : LeGuiner C, Servais L, Montus M, Larcher T, Fraysse B, Moullec S, Allais M, Francois V, Dutilleul M, Malerba A, Koo T, Thibaut JL, Matot B, Devaux M, Le Duff J, Deschamps JY, Barthelemy I, Blot S, Testault I, Wahbi K, Ederhy S, Martin S, Veron P, Georger C, Athanasopoulos T, Masurier C, Mingozzi F, Carlier P, Gjata B, Hogrel JY, Adjali O, Mavilio F, Voit T, Moullier P, Dickson G.
Références : Nature communications, 2017, 8 : 16105.

- par la plate-forme :
Titre : Treatment of gastric eosinophilia by epicutaneous immunotherapy in piglets sensitized to peanuts.
Auteurs : Mondoulet L, Kalach N, Dhelft V, Larcher T, Delayre-Orthez C, Benhamou PH, Spergel J, Sampson H, Dupont C.
Références : Clinical & Experimental Allergy, 2017, 47 :1640-1647.

- par la plate-forme :
Titre : Autopsie des bovins
Auteurs : Cherel Y, Couillandeau P, Larcher T, Lecomte O, Spindler C. Autopsie des bovins
Références : (2ème édition). 2017. Ed. Point vétérinaire. 218 pages

- par la plate-forme :
Titre : Multiphotonic and Harmonic generation microscopy: an attractive label free imaging and non-destructive observation of collagenic and adipose tissues in pathological muscle context.
Auteurs : Dubreil L, Ledevin M, Lovo C, Larcher T, Fleurisson R, Guigand L, Rouger K
Références :  In: Microscopy Book Series. Microscopy and imaging science: practical approaches to applied research and education, 7 pages

- par la plate-forme :
Titre : SMIS beamline, a powerful tool to detect chemical changes occurring in spinal cord and to assess gene therapy efficacy in an animal model of Pompe disease.
Auteurs : Dubreil L, Hordeaux J, Deniaud J, Sandt C, Jamme F, Colle MA.
Références : INRA Soleil 10 years, 2 pages

- citant la plate-forme (y compris dans les remerciements) : Non renseigné

-F Rayonnement

Implication de la plate-forme dans des grands projets nationaux, européens, internationaux en 2017 :

Nom du projet

Type

National

Européen

International

COST Action BM1304."Applications of MR imaging and spectroscopy techniques in neuromuscular disease collaboration on outcom measures and pattern recognition for diagnostics and therapy development".

Investissements d'avenir

 

 

Oui

Infrastructure de recherche NeurATRIS

Investissements d'avenir

Oui

 

 

 

Implication de la plate-forme dans des groupes de travail/réseaux en 2017 :

Lister les groupes de travail et les actions engagées, ainsi que les réseaux auxquels la plate-forme appartient

Nature de ce groupe de travail ou de ce réseau

Régional

National

International

Secteur privé

Biogenouest, axe bio-imagerie

Oui

 

 

Non

RTMFM, réseau des microscopistes du CNRS

 

Oui

 

Non

Appartenance au groupe de travail "transparisation" du réseau RTMFM

 

Oui

 

Non

Appartenance au groupe de travail"STORM" du réseau RTMFM

 

Oui

 

Non

RµI, réseau des microscopistes de l'INRA

 

Oui

 

Non

Membre du copil du RµI

 

Oui

 

Non

Groupe de travail INRA informatique CLSI

Oui

 

 

Non

Société Française d'anatomie pathologique vétérinaire

 

Oui

 

Non

Société Française des microscopie, membre du CA

 

Oui

 

Non

GDR Imabio, organisation d'atelier pour MiFoBio 2018

 

Oui

 

Non

Centre d'Excellence Nikon

 

 

Oui

Oui

 

Communications de la plate-forme en 2017 :

Lister les communications et les congrès/symposiums

Type de communication

Nature des réunions/congrès/symposiums

Orale

Poster

Régional

National

International

Secteur privé

Laurence Dubreil, Transparisation d'organe et microscopie biphotonique, des solutions technologiques complémentaires innovantes pour explorer le système nerveux central en profondeur à l'échelle cellulaire, Folle Journée de l'Imagerie Nantaise, février 2017, Nantes

Oui

 

Oui

 

 

Non

Laurence Dubreil et Romain Fleurisson, animation d'une table ronde sur la transparisation d'échantillons,14ème Assises des Plateformes du RTMFM, Microscopie Photonique de Fluorescence, mars 2017, Marseille

Oui

 

 

Oui

 

Non

Laurence Dubreil et Romain Fleurisson, Microscopie biphotonique et nanoparticules harmoniques pour le tracking cellulaire, congrès biotech « Gen2Bio , mars 2017, Nantes

Oui

 

Oui

 

 

Non

Laurence Dubreil, Organ clearing and biphotonic microscopy - an innovative complementary technological approach to investigate the central nervous systemFocus on Microscopy, FOM, avril 2017, Bordeaux

 

Oui

 

 

Oui

Non

Laurence Dubreil, NIR-II Multi-Harmonic Imaging of Nanoparticle-labeled Stem Cells in depth tissue: an effective monitoring tool to assess pre-clinically innovative therapeutic strategies, France BioImaging 4th Annual Meeting, avril, 2017

 

Oui

 

Oui

 

Non

Romain Fleurisson,  Organ clearing and biphotonic microscopy - an innovative complementary technological approach to investigate the central nervous system ,15ème  Colloque  de la société française des microscopies, Bordeaux, juillet 2017

Oui

 

 

Oui

 

Non

Laurence Dubreil, Harmonic signal by multiphotonic microscopy for tissue phenotyping,Basic Research in Bone and Cartilage Biology, BBC, Nantes, octobre 2017

Oui

 

 

 

Oui

Non

Laurence Dubreil, NIR-II Multi-Harmonic Imaging of Nanoparticle-labeled Stem Cells in depth tissue: an effective monitoring tool to assess pre-clinically innovative therapeutic strategiesRéunion annuelle NeurATRIS, Paris, novembre 2017

Oui

 

 

 

Oui

Non

Thibaut Larcher, Exploration Tissulaire d'un  modèle animal, 30eme congres de l'AFH, Nantes,juin 2017

Oui

 

 

Oui

 

Non

Mireille Ledevin, Histologie de l'abeille, une  espèce cible en  écotoxicologie, 30ème congrès de l'AFH, Nantes, juin 2017

Oui

 

 

Oui

 

Non

 Laurence Dubreil, Microscopie  biphotonique et  fibrose, 30ème congrès de l'AFH, Nantes, juin 2017

Oui

 

 

Oui

 

Non

Candice  Babarit,  miRNA  hybrida8on in situ/ transcriptomic /histologie, 30ème congrès de l'AFH, Nantes, juin 2017

Oui

 

 

Oui

 

Non

Laurence Dubreil, Journée thématique RTMFM, transparisation des échantillons, novembre 2017

Oui

 

 

Oui

 

Non

 

-G Ouverture aux entreprises et valorisation

La plate-forme est-elle ouverte aux entreprises : Oui

Préciser le nombre de prestations réalisées en 2017 : 3

Préciser le nombre de projets collaboratifs en 2017 : 3

Préciser le nom des entreprises (si non confidentiel) : Nikon France, Nikon Japon,  Genethon, Asklepios Biopharmaceutical,

La plate-forme a-t-elle des partenariats avec des équipementiers : Oui

Préciser leurs noms :
Société Nikon
Société Zeiss

La plate-forme a-t-elle des brevets : Non

Brevet : Non renseigné

-H Formations

Organisation de formation par la plate-forme en 2017 :

Intitulé

Date

Lieu

Nombre de participants

Initiation à la microscopie et histopathologie, Licence pro L3

02/02/2017

Oniris

20

Formation à la microscopie, Ecole Doctorale

09/03/2017

Oniris

10

Formation personnalisée à l'immunohistochimie

18/12/2017

Oniris

1

 

Organisation de séminaires, colloques, etc. en 2017 :

Intitulé

Date

Lieu

Nombre de participants

La Folle Journée de l'Imagerie

02/02/2017

Ecole Centrale, Nantes

145

30ème Congrès de l'AFH

22/06/2017

Oniris

120

Séminaire sur la transparisation

14/09/2017

Oniris

15

 

Nombre de personnes formées aux technologies de la plate-forme en 2017 : 51

-I Démarche qualité

La plate-forme est-elle certifiée ISO 9001 : Oui

La plate-forme est-elle certifiée NFX 50-900 : Non

Réalisation d'audit interne et de certification

Nature de l'audit : interne
Date de début de l'audit : 29/09/2017
Date de fin de l'audit : 30/09/2017
Nom de l'organisme ou de l'auditeur ayant réalisé l'audit : Karine Maréchal

Nature de l'audit : de certification
Date de début de l'audit : 09/11/2017
Date de fin de l'audit : 10/11/2017
Nom de l'organisme ou de l'auditeur ayant réalisé l'audit : AFNOR, Pascale Bellamy

Personnes formées à la qualité en 2017

Principales actions menées en 2017 pour l'avancée de la démarche qualité de la plate-forme :
Nouveau processus certifié : processus formation et promotion en anatomo-pathologie et bio-imagerie de fluorescence

Principaux changements intervenus en 2017, pouvant avoir un impact sur la démarche qualité (exemples : changement du responsable Management de la qualité, suspension de la certification, évolution du périmètre d'application, etc.) :
Certification ISO 9001 version 2015 pour l'expertisee et la formation en anatomopathologie et en bio-imagerie de fluorescence.

-J Projets de développement de la plate-forme

R&D technologique prévue :
Exploration 3D d'organes transparisés et imagerie en microscopie biphotonique Haute définition équipée d'un nouveau scanner résonnant 1Kx1K installé en Mai 2018 sur la PF APEX. Utilisation des nouveaux objectifs Nikon X10 et X20 adaptés à l'imagerie des tissus transparisés avec des distances de travail respectives de 5mm et 8 mm.
Imagerie des signaux de seconde et troisième harmonique en mode réflexion et transmission pour l'exploration du collagène et de la myéline.Installation d'un équipement inédit sur la plateforme APEX en septembre 2018.
Développement de la microscopie Haute-résolution PALM/STORM pour le phénotypage cellulaire

Programmes scientifiques prévus :
Tracking cellulaire in vivo et nanoparticules

Partenariats industriels prévus :
Partenariat Nikon, Centre d'Excellence Nikon Nantes, microscopie biphotonique et super-résolution
Partenariat Zeiss, Microscopie corrélative scanner de lames/microscopie confocale

Formations prévues :
Formations en histopathologie et microscopie niveau L3 Université de Nantes, IUT Quimper, Ecole Doctorale UBL, Formation microscopie pour la formation permanente de l'Inserm, Ecole chercheur MiFoBio

Actions qualité envisagées :
Maintien de la certification Iso9001 version 2015.