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31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

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Anatomie pathologique Sante Animale

Zone de texte éditable et éditée

Activités 2016

 

Activités de la plateforme APEX pour 2016

Coordonnées de la plate-forme

Adresse : Oniris - La Chantrerie -  CS 40706 - 44307 Nantes cedex 03
Telephone : 02 40 68 78 73 / 02 40 68 78 74
Fax : 02 40 18 00 02
Mail : thibaut.larcher@nantes.inra.fr  /  laurence.dubreil@oniris-nantes.fr  /  marie-anne.colle@oniris-nantes.fr
Unité (nom et numéro) :
UMR 703 PAnTher (Physiopathologie Animale et bioThérapie du muscle et du système nerveux)
Organisme(s) de rattachement :
INRA, Oniris
Structure Fédérative : Non
Nom : Non renseigné

Responsable Scientifique et administratif de la plateforme APEX
Nom : COLLE
Prénom : Marie-Anne
marie-anne.colle@oniris-nantes.fr

Composante Bio-imagerie
Nom : DUBREIL
Prénom : Laurence
Adresse mail du responsable composante Bio-imagerie : laurence.dubreil@oniris-nantes.fr

Composante Histopathologie
Nom : LARCHER
Prénom : Thibaut
Adresse mail du responsable composante histopathologie: thibaut.larcher@inra.fr

Site web : www6.inra.fr/anatomie_pathologique_sante_animale

Rapport d'activité 2016

A. Faits marquants

Présenter, en le détaillant, LE fait marquant 2016 pour votre plate-forme (ex. intégration d'un nouveau réseau, nouvelle organisation, projet-phare, etc.). :
Fortes de l'acquisition respective des microscopes Nikon biphotonique A1R-MP de dernière génération et de mesure de durée de vie de fluorescence, les plateformes APEX de l'UMR 703 INRA/Oniris (Site de La Chantrerie-Oniris, Nantes) et MicroPicell de l'Université de Nantes (site IRS, Nantes) et se sont jointes à Nikon pour constituer le Centre d'excellence Nikon Nantes inauguré le 3/05/2016 en présence du Président de l'Université de Nantes, Monsieur Olivier Laboux, de la Directrice Générale d'Oniris, Madame Buzoni-Gatel, du Président de Nikon Instrument Europe BV, Monsieur Sumio Eimori et le Conseil Régional des Pays de la Loire. Ce partenariat public-privé entre la recherche académique ligérienne et l'industriel Nikon représente un élément structurant majeur d'union de compétences au service de la communauté scientifique régionale, nationale voir internationale.

Si d'autres événements ont également été importants pour votre plate-forme, vous pouvez les lister :
Reconduction de la certification Iso9001 de l'UMR 703 et de la plateforme APEX en novembre 2016
Organisation d'une journée d'animation scientifique pour les 10 ans de la plate-forme APEX : 80 participants, 4 partenaires industriels, 5 ateliers co-animés avec les industriels Nikon, Zeiss, Perkin Elmer et Spectra-Physics. Co-Organisation d'une formation en microscopie de fluorescence INSERM/Oniris avec la PF MicroPicell sur les deux sites MicroPicell et APEX.

 

B. Equipement, technologies, projets

 

Nouveaux équipements acquis en 2016 : Oui

Une station de travail multispectrale Mantra de chez Perkin Elmer pour des analyses quantitatives en histopathologie. Il s'agit d'une nouvelle technologie qui repose sur l'utilisation d'une caméra multispectrale à cristaux liquides couplée à un logiciel d'analyse d'image capable d'acquérir les informations spectrales propres à chacun des chromophores utilisés pour la réalisation des colorations histologiques. Ce système permet de quantifier des marqueurs moléculaires à partir de la déconvolution spectrale en fluorescence et d'automatiser l'analyse d'image en fond clair pour le diagnostic et l'histomorphométrie tant pour le dénombrement que pour la mesure d'éléments tissulaires ou cellulaires dans un contexte pathologique ou non.

 

Nouveaux projets démarrés en 2016 (achevés ou non) : Oui

Projets académiques :
Bio-imagerie en fluorescence
1-Calves S, Oniris UMR 1300 BioEpar : évaluation par microscopie de fluorescence des flagelles chez Yersinia ruckeri,
2-Cousin X, IFREMER Laboratoire de toxicologie environnementale : observation et localisation de microparticules de plastique fluorescent ingérées par le Zebra Fish et le médaka : observation au macroscope AZ100 et en microscopie biphotonique.
3-Mevel M, IRS Inserm U1089 : caractérisation des AAV2-FITC en microscopie confocale après infection de lignées cellulaires
4-Rojas G and Pr Capobianco, Université de Montréal et Bonacina L., Université de Genève : caractérisation de la couverture lipidique de particules de terres rares pour une application d'imagerie biomédicale 
5-Cyr M, Oniris UMR Secalim : effet de Campylobacter sur la structure de tapis cellulaire
6-Malandrin L, Oniris, UMR 1300 BioEPAR, observation de parasite sur frottis sanguins en microscopie à lumière blanche
7-Projet R&D APEX : mise au point sur la préparation des échantillons pour la microscopie super résolution PALM/STORM
8-Projet R&D APEX : mise au point de protocoles d'immunomarquage sur des échantillons clarifiés selon la méthode Clarity, acquisition en microscopie biphotonique et déconvolution d'images
9-Projet R&D APEX : mise au point de protocoles de transparisation par l'utilisation de solvants organiques, méthode DISCO
10- Laurence Dubreil, Karl Rouger, Luigi Bonacina, UMR703/Univ Genève, développement d'un outil de tracking cellulaire pour des applications en préclinique
Anatomo-pathologie vétérinaire
1-Roques P, CEA SIV, évaluation de virus atténués de la maladie du Chikungunya
2-Basset A, Univ Nantes, Innervation du muscle abducteur du pouce
3-Trapp S, INRA UR1282 Infectiologie Animale et Santé Publique
4-Berri C, INRA UR83 (Avian Research Unit), caractérisation histologique de muscles de poulet de chair
5-Malher X, INRA BioEPAR, caractérisation histologique de l'oxiuridose du lapin
6-Meurens F, INRA UMR1300 BioEpar, efficacité vaccinale et protection croisée vis à vis du PRRS
7-Jacquin L, Université de Toulouse Laboratoire Evolution Diversité Biologique (EDB) : impact tissulaire de contaminants environnementaux sur des espèces sentinelles de la Garonne
8-Martineau C, Station expérimentale veau de boucherie, mesures des modifications histologiques de la muqueuse ruminale

Projets avec des entreprises :
Bio-imagerie de fluorescence
1-GSK, Boullay V, prestation de formation à la carte en immunohistochimie, microscopie confocale et scanner de lame.
2-Nikon partenariat industriel, CENN, Centre d'excellence Nikon, optimisation imagerie 1040,13000 set up unique en France, inauguration CENN, organisation séminaire scientifique, mise à disposition microscope démonstrationpour  Nikon Belgique
3-Zeiss partenariat industriel, scanner de lame Axioscan, prêt d'un scanner de lames pendant 1 mois, tests sur lames fluorescentes et lames histologiques orgainsation workshop
4 Bioaxial partenariat industriel, prototype super résolution Codim en prêt pour 1 mois sur la plateforme. Organisation workshop et sessions d'observation.

Anatomo-pathologie vétérinaire
1- Montus M,, Généthon, pilot study to evaluate the efficacity of the human µdystrophin
2-Lostal W, Généthon, établissement d'une ligné de rats déficients en calpaine 3 et caractérisation du phénotype
3-Najar L, Institut Polytechnique LaSalle UPSP EGEAL, effet des produits de la réaction de maillard sur le rein (modèle porcin)
4-Moullier P, ABC, preclinical evaluation of the rAAV9-ck7-hoptidys vector in GRMD dogs
5-Moullier P, ABC, effect of rAAV9 vector encoding a human idystrophin after IV administration to the DMD rat model
6- Moullier P, ABC, dose finding study in the DMD rat model

Nouvelles technologies (celles développées ou en cours de développement sur la plate-forme ET celles acquises par la plate-forme) : Oui

1-Techniques en cours de développement
STORM : Préparation des échantillons pour la microscopie super-résolution, immunomarquages et expression de protéines photo-convertibles
DISCO et CLARITY : mise au point d'Immunomarquages sur tissus transparisés  et observation en microscopie biphotonique
HISTOLOGIE QUANTITATIVE : déconvolution spectrale sur station Mantra, suivi d'une formation pour la prise en main de l'appareil.
MICROSCOPIE FLIM : mesure du temps de vie de fluorescence pour le phénotypage tissulaire sain/pathologique
MICROSCOPIE INTRAVITALE sur fenêtre musculaire, perfusion organe isolé observé en microscopie
Non renseigné
2-Techniques acquises par plateforme
MICRODISSECTION LASER sur coupe de tissu nerveux
MICROSCOPIE MULTIPHOTONIQUE : acquisition des signaux SHG et THG, signature SHG du collagène, bandes de myosine et signature THG des corps lipidiques
TRACKING des cellules marquées avec des nanoparticules harmoniques, injectées par voix intramusculaire chez la souris, observation en microscopie confocale
AUTOMATISATION analyses d'image sur FIJI en collaboration avec Sylvain Prigent BGO

 

C. Nouveau personnel

 

Nouveaux arrivants 2016 sur la plate-forme : Oui

Arrivant
Nom : Fleurisson
Prénom : Romain
Catégorie : IE
Statut : CDD
Date d'arrivée (jj/mm/yyyy) : 07/11/2016

Dossier annuel PF APEX sur les activités 2016

1.1. Visibilité

Existence d'un site web propre à la plate-forme : Oui

Nombre de visiteurs : Non renseigné

Existence d'un système de réservation en ligne : Oui

Existence d'une plaquette de communication (hors celle(s) de Biogenouest) : Non

Nombre de clients/utilisateurs nouveaux sur la plate-forme en 2016 : 21

1.2. Ouverture
 
Pourcentage d'activité destinée aux prestations demandées par les équipes de recherche

- de la plate-forme : Non renseigné

- de la structure d'accueil de la plate-forme (unité, structure fédérative...) : Non renseigné

- extérieures à la structure d'accueil de la plate-forme (unité, structure fédérative...), qu'elles soient publiques ou privées : 100

Existence d'une enquête de satisfaction : Oui

Mise en place de réunion(s) d'utilisateurs : Non

 

1.3. Prestations offertes par la plate-forme

Spécificité(s) scientifique(s) (systèmes biologiques analysés, méthodes) :
APEX propose une offre intégrée dans le phénotypage de tissus d'origine animale grâce à une double expertise en anatomie pathologique vétérinaire et en bio-imagerie à fluorescence.
Elle associe les compétences et le savoir-faire de pathologistes vétérinaires, certifiés par le diplôme européen des Pathologistes Vétérinaires habilités notamment à délivrer des études toxicopathologiques réglementaires, à ceux d'une ingénieure R&D experte en Bio-imagerie à fluorescence auxquels s'adossent 2 ingénieurs spécialistes de l'exploration tissulaire en microscopie et hybridation in situ
L'expertise d'APEX s'applique à tous tissus sains ou lésionnels d'une large gamme d'espèces animales modèles (macaque, chien, porc, chèvre, rongeurs, lapin, volaille, poisson, insectes).
Sur ces systèmes biologiques, l'expertise proposée par APEX s'appuie sur des méthodes d'histotechnologie/histomorphométrie, de microscopie en lumière blanche/fluorescence, et de microscopie confocale spectrale et biphotonique.
Spécificité scientifique :
1- Expertise en pathologie vétérinaire
- Valider et caractériser des modèles animaux afin de démontrer leur pertinence par rapport aux maladies animales et humaines
- Caractériser et quantifier le pouvoir pathogène d'un agent afin de mieux comprendre la physiopathogénie d'une affection chez des espèces animales cibles ou modèles
- Réaliser les études toxicopathologiques réglementaires préalables à toute demande d'autorisation d'essai clinique afin de confirmer l'innocuité de molécules thérapeutiques innovantes
- Evaluer l'impact des contaminants environnementaux sur la physiologie des espèces animales sentinelles ou modèles
- Soutenir les partenaires de recherche (par exemple : diagnostic de cas de mortalité/morbidité spontanées dans les animaleries expérimentales, aide à l'interprétation lésionnelle, ...)
2- Expertise en bio-imagerie à fluorescence
- Phénotypage tissulaire et cellulaire : identification de tissus et cellules cibles par multimarquage en fluorescence (par exemple : phénotypage de cellules inflammatoires, de cellules en cours de différenciation, colocalisation). La technologie de déconvolution spectrale en microscopie confocale est un outil performant que nous utilisons pour discriminer la fluorescence parasite endogène ou artéfactuelle et/ou réaliser l'observation de multiples marquages (10 sondes différentes). Les détecteurs (34 détecteurs GaAsps) présents sur notre système permettent une détection hautement sensible. La microscopie biphotonique est un outil puissant pour le phénotypage de tissus et les cellules vivantes. L'imagerie fonctionnelle permet à la fois de localiser et de mesurer les dynamiques de molécules d'intérêt dans les cellules, tissus ou organismes vivants.
- Suivi cellulaire et tissulaire d'agents exogènes: étude de la biodistribution, de la diffusion, du tropisme tissulaire et cellulaire de micro-organismes par exemple et de son réservoir présumé grâce à la combinaison de notre expertise en multimarquage et l'utilisation d'équipement hautement sensible en bio-imagerie à fluorescence. La spécificité des marquages est un challenge en biologie. La microscopie confocale spectrale est une technologie disponible sur APEX qui permet de discriminer la fluorescence naturelle de certains composés endogènes (pigments, myéline) ou artéfactuelle liée aux protocoles de fixation. La déconvolution spectrale permet d'augmenter le rapport signal sur bruit et de pour garantir la spécificité du signal.
- Etudes des interactions hôtes/pathogènes : Elles représentent une part importante de nos activités de recherche au sein d'APEX, elles englobent l'évaluation des comportements infectieux des virus (CAEV, Chikungunya, Grippe), des bactéries (Coxiella burnetii) et d'autres micro-organismes. Les F-techniques (FRAP, FRET, FLIM) seront des techniques qui seront développées au cours des années à venir sur la plate-forme pour approfondir notre compréhension moléculaire des processus physiopathologiques.
- Tracking cellulaire : Utilisation de nanoparticules pour le tracking cellulaire. La microscopie biphotonique est un outil adapté au tracking cellulaire in vivo. Nous avons développé une collaboration avec un physicien de l'Université de Genève qui développe des nanoparticules spécialement conçues pour le tracking in vivo en microscopie biphotonique et nous souhaitons développer une expertise dans l'imagerie de ces particules pour la microscopie intravitale.
- Exploration de la fibrose en microscopie biphotonique via la génération de signaux de seconde harmonique sur lame à congélation, paraffine et coupe vibratome.
- Exploration de la dynamique membranaire en microscopie TIRF : possibilité de suivre le mouvement de deux composés membranaires distinct via un double marquage dans le vert et le rouge
- Histopathologie quantitative par déconvolution spectrale à développer avec la station multispectrale  Mantra

Descriptif détaillé des prestations pour les utilisateurs :
La nature des prestations est détaillée sur la fiche de tarification en annexe 5 et consultable sur le site web de la plate-forme dans la rubrique « gamme de service ».

Logiciels, autres outils existants mis à disposition :
NIS Element, Image j, Fiji, AMIRA (logiciel représentation 3D), Huygens (logiciel de déconvolution)

Existence d'un calcul des coûts pour les prestations : Oui

Le calcul des coûts est-il en coûts complets (salaires, consommables, environnement, amortissement du matériel) : Oui

Existence d'une tarification pour les prestations : Oui

Préciser les différents niveaux de tarification :
6 niveaux de tarification, selon le donneur d'ordre : Tutelles et biogenouest, académiques autres, privés, selon la contractualisation (collaboration ou prestation)

 

1.4. R&D effectuée par la plate-forme

Développement de technologie(s) en 2016 :
Détection des signaux de seconde harmonique (bandes de myosine, collagène) et de troisième harmonique (myéline) en microscopie biphotonique pour le phénotypage tissulaire dans un contexte pathologique ou non. Tracking cellulaire via les nanoparticules harmoniques capables de générer des signaux de seconde et troisième harmonique. Développement de la microscopie intravitale pour l'exploration du muscle au niveau de fenêtre musculaire chez la souris. Suivi du réseau vasculaire chez la souris en microscopie biphotonique par l'injection intra-orbitale de rhodamine dextran. Développement de la transparisation pour explorer les tissus en profondeur. Mise en place d'un système de pompe péristaltique pour imager des organes isolés et perfusés.

Elaboration de protocole(s) en 2016 :
-Elaboration de protocoles pour le suivi  de cellules marquées avec des nanoparticules harmoniques après injection intramusculaire. Mise au point de marquages immunochimiques sur organes transparisés. Elaboration de protocoles pour déconvoluer les images acquises en biphoton, utilisation du  du logiciel Huygens.  Ecriture de macro pour l'automatisation d'analyse d'images.

Amélioration de la capacité de production de la plate-forme en 2016 :
-Ecriture de macro pour automatiser le traitement d'images
-Acquisition d'une station multispectrale d'histopathologie quantitative pour automatiser les analyses histomorphométriques sur des coupes de tissus en lumière blanche.

 

1.5. Production

Taux d'utilisation de la plate-forme en % : 80

Quel est le délai d'attente entre la demande de l'utilisateur et la prise en charge du projet ? (en jours) : 21

Projets réalisés sur la plate-forme en 2016

 

Nombre de projets totaux démarrés en 2016 : 28

Nombre de projets internes à la plate-forme (R&D PF seulement) démarrés en 2016 : 3

Nombre de projets externes à la plate-forme démarrés en 2016 : 25

Dont nombre de projets académiques : 15

Dont nombre de projets privés : 10

Nombre de projets de la structure d'accueil de la PF : 1

Nombre de projets régionaux : 7

Nombre de projets nationaux : 13

Nombre de projets européens : 0

Nombre de projets internationaux : 4

 

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : UMR1300 BioEpar INRA Oniris
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Ségolène Calves
Titre détaillé : Evaluation par microscopie de fluorescence de l'absence ou la présence de flagelles chez Yersinia ruckeri,
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Inserm U1089
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Mathieu Mevel
Titre détaillé : Caractérisation des AAV2-FITC en microscopie confocale après infection de lignées cellulaires.
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Université de Montréal et Université de Genève (GAP Biophotonic)
Ville : Montréal et Genève
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Pr Capobianco et Luigi Bonacina
Titre détaillé : Caractérisation de la couverture lipidique de particules de terres rares pour application d'imagerie biomédicale. 
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Oniris Secalim
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Xavier Dousset
Titre détaillé : Effet de Campylobacter sur la structure de tapis cellulaire.
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : UMR 1300 BioEpar, INRA/Oniris
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Laurence Malandrin
Titre détaillé : Observation de parasite sur frottis sanguins en microscopie à lumière blanche
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Projet R&D APEX UMR 703
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Laurence Dubreil
Titre détaillé :  Mise au point sur la préparation des échantillons pour la microscopie super résolution PALM/STORM
projet interne

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Projet R&D APEX UMR 703
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Laurence Dubreil
Titre détaillé : mise au point de protocoles d'immunomarquage sur des échantillons clarifiés selon la méthode Clarity, acquisition en microscopie biphotonique et déconvolution d'images
projet interne

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Projet R&D APEX UMR 703
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Romain Fleurisson
Titre détaillé : mise au point de protocoles de transparisation par l'utilisation de solvants organiques, méthode DISCO.
projet interne

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : GSK
Ville : Paris
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Valérie Boullay
Titre détaillé : Prestation de formation à la carte en immunohistochimie, microscopie confocale et scanner de lame.
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Nikon partenariat industriel
Ville : Paris
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Laurence Dubreil
Titre détaillé : CENN, Centre d'excellence Nikon Nantes, optimisation imagerie 1040,13000 set up unique en France, inauguration, organisation séminaire scientifique, mise à disposition de microscope démonstrationpour  Nikon Belgique
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Zeiss partenariat industriel,
Ville : Paris
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Laurence Dubreil
Titre détaillé : Prêt d'un scanner de lame Axioscan pendant 1 mois, tests sur lames fluorescentes et lames histologiques organisation de workshop
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Bioaxial partenariat industriel,
Ville : Paris
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Laurence Dubreil
Titre détaillé :  Prêt d'un prototype super résolution Codim pour 1 mois sur la plateforme. Organisation workshop et sessions d'observations. Evaluation des potentialités et limites actuelles de l'équipement
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : GDRMIV
Ville : Lilles
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Laurent Héliot
Titre détaillé : Obtention d'une bourse M2 pour un projet R&D PF en collaboration avec une équipe de recherche (Karl Rouger) : Tracking de cellules souches adultes du muscle marqées avec des nanoparticules harmoniques application à la myopathie de Duchenne
projet interne

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités :  CEA SIV
Ville : Fontenay aux Roses
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Roques P
Titre détaillé : Evalution de virus atténués de la maladie du Chikungunya
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Université de Nantes Unité d'anatomie
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Basset A
Titre détaillé : Innervation du muscle abducteur du pouce
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Généthon
Ville : Evry
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Montus M
Titre détaillé : Pilot study to evaluate the efficacy of the human µdystrophin
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : INRA UR1282 Infectiologie Animale et Santé Publique
Ville : Nouzilly
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Trapp S
Titre détaillé : Use of an attenuated strain of Toxoplasma gondii for the prevention of avian influenza
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Généthon
Ville : Evry
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Lostal W
Titre détaillé : Etablissement d'une lignée de rats déficients en clapaine 3 et caractérisation du phénotype
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Institut Polytechnique LaSalle UPSP EGEAL
Ville : Beauvais
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Najar L
Titre détaillé : Effet des produits de la réaction de maillard sur le rein (modèle porcin)
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : INRA UR83 (Avian Research Unit)
Ville : Nouzilly
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Berri C
Titre détaillé : Caractérisation histologique de muscles de poulet de chair
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : INRA BioEPAR
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Malher X
Titre détaillé : Caractérisation histologique de l'oxiuridose du lapin
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : INRA UMR1300 BioEpar
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Meurens F
Titre détaillé : Efficacité vaccinale et protection croisée vis à vis du PRRS
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Université de Toulouse Laboratoire Evolution et Diversité Biologique (EDB)
Ville : Toulouse
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Jacquin L
Titre détaillé : Impact tissulaire de contaminants environnementaux sur des espèces sentinelles de la Garonne
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : Idele Station expérimentale veau de boucherie
Ville : Le Rheu
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Martineau C
Titre détaillé : Mesures des modifications histologiques de la muqueuse ruminale
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : ABC
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Moullier P
Titre détaillé : Preclinical evaluation of the rAAV9-ck7-hoptidys vector in GRMD dogs
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : ABC
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Moullier P
Titre détaillé :  Effect of rAAV9 vector encoding a human dystrophin after IV administration to the DMD rat model at different advanced  stages of disease
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : ABC
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Moullier P
Titre détaillé : Dose finding study in the DMD rat model
projet externe

Détails du projet :
Nom de l'équipe / Unités : ABC
Ville : Nantes
Responsable scientifique (Prénom-Nom) : Moullier P
Titre détaillé : Dose finding study in the DMD rat model to determine the efficacious dose of a  rAAV2i8 vector
projet externe

Publications parues en 2016 :

- par la plate-forme :
Titre : Antioxidant properties of formula derived Maillard reaction products in colons of intrauterine growth restricted pigs
Auteurs : 1.       Elmhiri, G., Hamoudi, D., Dou, S., Bahi-Jaber, N., Reygnier, J., Larcher, T., Firmin, S., Abdennebi-Najar, L.
Références : Food and Function (6). DOI : 10.1039/c5fo01551k

- par la plate-forme :
Titre : Dystrophin threshold level necessary for normalisation of nNOS, iNOS and RyR1 nitrosylation in GRMD dystrophinopathy.
Auteurs : 2.       Gentil, C., Le Guiner, C., Falcone, S., Hogrel, J.-Y., Peccate, C., Lorain, S., Benkhelifa-Ziyyat, S., Guigand, L., Montus, M.-F., Servais, L., Voit, T., Pietri-Rouxel, F
Références : Human Gene Therapy. DOI : 10.1089/hum.2016.041

- par la plate-forme :
Titre : Effects of pyrolytic and petrogenic polycyclic aromatic hydrocarbons on swimming and metabolic performance of zebrafish contaminated by ingestion.
Auteurs : 3.       Lucas, J., Percelay, I., Larcher, T., Lefrançois, C.
Références : Ecotoxicology and Environmental Safety, 132, 145-152. DOI : 10.1016

- par la plate-forme :
Titre : Treatment of colitis by epicutaneous immunotherapy in a murine model.
Auteurs : 4.       Dunkin, D., Berin, M. C., Mondoulet, L., Hovhannisyan, Z., Iuga, A., Larcher, T., Yeretssian, G., Benhamou, P.-H., Sampson, H.
Références : Inflammatory Bowel Diseases, 22, S5. DOI : 10.1097/01.MIB.0000480100.25518.df

- par la plate-forme :
Titre : Effects of long-term active immunization with the second extracellular loop of human β1- or β3-adrenoceptors in thoracic aorta and mesenteric arteries in Lewis rats
Auteurs : 5.       Montaudon, E., Dubreil, L., Lalanne, V., Jagu, B., Toumaniantz, G., Thorin, C., Henrion, D., Desfontis, J.-C., Martignat, L., Mallem, M.
Références : Vascular Pharmacology, 87, 129-138. DOI : 10.1016/j.vph.2016.09.004

- par la plate-forme :
Titre : Tuning the architectural integrity of high-performance magneto-fluorescent core-shell nanoassemblies in cancer cells.
Auteurs : 6.       Faucon, A., Benhelli-Mokrani, H., Fleury, F., Dubreil, L., Hulin, P., Nedellec, S., Doussineau, T., Antoine, R., Orlando, T., Lascialfari, A., Fresnais, J., Lartigue, L., Ishow, E.
Références : Journal of Colloid and Interface Science, 479, 139-149. DOI : 10.1016/j.jcis.2016.06.064

- par la plate-forme :
Titre : Le Bourhis, D., Renard, J.-P., Jammes, H. (2016). Altered DNA methylation associated with an abnormal liver phenotype in a cattle model with a high incidence of perinatal pathologies
Auteurs : 7.       Kiefer, H., Jouneau, L., Campion, E., Rousseau Ralliard, D., Larcher, T., Martin Magniette, M.-L., Balzergue, S., Ledevin, M., Prézelin, A.
Références : Scientific Reports, 6, 1-18. DOI : 10.1038/srep38869

- par la plate-forme :
Titre : Early sex determination in the canine foetus by ultrasound and PCR
Auteurs : 8.       Prugnard, C., Lamia, A.-B., Cherel, Y., Babarit, C., Guintard, C., Betti, E., Tainturier, D., Bencharif, D.
Références : Animal Reproduction Science, 165, 56-68. DOI : 10.1016/j.anireprosci.2015.12.007

- par la plate-forme :
Titre : Fish reproduction is disrupted upon lifelong exposure to environmental PAHs fractions revealing different modes of action.
Auteurs : 9.       Vignet, C., Larcher, T., Davail, B., Joassard, L., Le Menach, K., Guionnet, T., Lyphout, L., Ledevin, M., Goubeau, M., Budzinski, H., Bégout, M.-L., Cousin, X.
Références : Toxics, 4 (4) (26), 1-18. DOI : 10.3390/toxics4040026

- par la plate-forme :
Titre : Vitrectomy Before Intravitreal Injection of AAV2/2 Vector Promotes Efficient Transduction of Retinal Ganglion Cells in Dogs and Nonhuman Primates.
Auteurs :  10.    Tshilenge, K.-T., Ameline, B., Weber, M., Mendes-Madeira, A., Nedellec, S., Biget, M., Provost, N., Libeau, L., Blouin, V., Deschamps, J.-Y., Le Meur, G., Colle, M.-A., Moullier, P., Pichard, V. (Auteur de correspondance), Rolling, F.
Références : Human Gene Therapy. Methods, 27 (3), 122-134. DOI : 10.1089/hgtb.2016.034

- par la plate-forme :
Titre : AAV-mediated gene therapy halts retinal degeneration in PDE6 beta-deficient dogs.
Auteurs : 11.     Pichard, V. (Auteur de correspondance), Provost, N., Mendes-Madeira, A., Libeau, L., Hulin, P., Tshilenge, K.-T., Biget, M., Ameline, B., Deschamps, J.-Y., Weber, M., Le Meur, G., Colle, M.-A., Moullier, P., Rolling, F.
Références : Molecular Therapy, 24 (5), 867-876. DOI : 10.1038/mt.2016.37

- citant la plate-forme (y compris dans les remerciements) : Non renseigné

 

1.5. Rayonnement

Implication de la plate-forme dans des grands projets nationaux, européens, internationaux en 2016 :

Nom du projet

Type

National

Européen

International

 

Implication de la plate-forme dans des groupes de travail/réseaux en 2016 :

Lister les groupes de travail et les actions engagées, ainsi que les réseaux auxquels la plate-forme appartient

Nature de ce groupe de travail ou de ce réseau

Régional

National

International

Secteur privé

COST Action BM1304."Applications of MR imaging and spectroscopy techniques in neuromuscular disease collaboration on outcom measures and pattern recognition for diagnostics and therapy development".

 

 

Oui

Non

Infrastructure de recherche NeurATRIS

 

Oui

 

Non

RTMFM, réseau des microscopistes du CNRS

 

Oui

 

Non

GDR 2588 MIV, école chercheur MIFOBIO

 

Oui

 

Non

RµI, réseau des microscopistes de l'INRA

 

Oui

 

Non

Biogenouest, axe bio-imagerie

Oui

 

 

Non

Groupe de travail INRA informatique CLSI

Oui

 

 

Non

Société Française d'anatomie pathologique vétérinaire

 

Oui

 

Non

 

Communications de la plate-forme en 2016 :

Lister les communications et les congrès/symposiums

Type de communication

Nature des réunions/congrès/symposiums

Orale

Poster

Régional

National

International

Secteur privé

Laurence Dubreil, Le phénotypage tissulaire et cellulaire en microscopie de fluorescence : de la molécule unique jusqu'au petit animal. Folle Journée de l'Imagerie Nantaise, 2 février 2016, Nantes

Oui

 

Oui

 

 

Non

Claire Lovo et Laurence Dubreil, La Microscopie à très haute résolution sur APEX : TIRF, PALM, STORM, quelles applications?  Gen2Bio, 31 mars 2016, St Brieuc

Oui

 

Oui

 

 

Non

Laurence Dubreil , Isabelle leroux , Mireille Ledevin , Claire Lovo, Cindy Schleder, Lydie Lagalice, Sandrine Gerber, Luigi Bonacina, Karl Rouger, Bismuth Ferrite Harmonic Nanoparticles and Biphotonic Microscopy: Innovative Approach to Track In Vivo Muscle Stem Cells, a Promising Candidate for Cell Therapy of Muscular Dystrophy, EMC2016, aout 2016, Lyon

 

Oui

 

 

Oui

Non

Laurence Dubreil and Claire Lovo, SHG/THG en réflexion pour le tracking de nanoparticules harmoniques  à l'échelle subcellulaire et tissulaire, thérapie cellulaire myopathie de Duchenne, MiFoBio , octobre 2016, Seignosse

Oui

 

 

Oui

 

Non

Karl Rouger et Marie-Anne Colle, Présentation de la Plateforme APEX, 10 anx APEX, décembre 2016, Nantes

Oui

 

Oui

 

 

Non

Sylvain Prijent et Laurence Dubreil, Analyses d'image appliquées au phénotypage du muscle pathologique », Journée scientifique pour les 10 ans d'APEX, 8 décembre 2016, Nantes

Oui

 

Oui

 

 

Non

Laurence Dubreil et Claire Lovo, Spectral Imaging and Linear unmixing application for tissue and cell phenotyping, Gen2Bio 2016, mars 2016, St Brieuc

 

Oui

Oui

 

 

Non

Laurence Dubreil et Claire Lovo, Two Photon excitation fluorescence, second and third harmonic generation microscopy : applications for tissue phenotyping and cell tracking, FJIN 2016, Février 2016, Nantes

 

Oui

Oui

 

 

Non

Laurence Dubreil, Tissular and  Cellular Phenotyping by fluorescence  bio-imaging : From molecule to animal exploration, Journées Scientifiques du Départment Santé Animale de l'INRA., Poitiers

 

Oui

 

Oui

 

Non

Claire Lovo, What news on super resolution microscopy? Réunion mensuelle de l'AGT, septembre 2016, Nantes

Oui

 

Oui

 

 

Non

Laurence Dubreil, Poster Plateforme APEX UMR703, NEurAtris, septembre 2016, Paris

 

Oui

 

Oui

 

Non

Berthault C, Fragnet L, Rémy S, Larcher T, Härtle S, Denesvre C. Mécanismes cellulaires à l'origine de l'atrophie des organes lymphoïdes primaires induite par l'herpesvirus de la maladie de Mareck durant l'infection précoce chez le poussin. In : Journées d'animation scientifique du département santé animale, Poitiers, 9-12 mai 2016

Oui

 

Oui

 

 

Non

  Le Guiner C, Servais L, Montus M, Larcher T, Fraysse B, Moullec S, Koo T, Malerba A, Le Bec C, Hebben M, Masurier C, Mingozzi F, Adjali O, Carlier P, Hogrel JY, Gjata B, Cherel Y, Athanasopoulos T, Mavilio F, Voit T, Moullier, P Dickson G. Adeno-Associated Virus Vector (AAV) Microdystrophin Gene Therapy Prolongs Survival and Restores Muscle Function in the Canine Model of Duchenne Muscular Dystrophy (DMD). In : 19th Annual Meeting of the American Society of Gene and Cell Therapy, Washington, 4-7 May 2016.

Oui

 

 

 

Oui

Non

 

 

1.6. Ouverture aux entreprises et valorisation

 

La plate-forme est-elle ouverte aux entreprises : Oui

Préciser le nombre de prestations réalisées en 2016 : 6

Préciser le nombre de projets collaboratifs en 2016 : 4

Préciser le nom des entreprises (si non confidentiel) : Nikon, Zeiss, Bioaxial, GlaxoSmithKline (GSK), DBV technologies, Généthon, ABC consulting.

La plate-forme a-t-elle des partenariats avec des équipementiers : Oui

Préciser leurs noms :
Partenariat avec la société Nikon pour le microscope biphotonique, Centre d'Excellence Nikon Nantes

1.7. Formations

Organisation de formation par la plate-forme en 2016 :

Intitulé

Date

Lieu

Nombre de participants

Organisation d'une journée de formation en microscopie destinée aux étudiants en L3Pro, Université de Nantes

04/02/2016

Oniris, site de La Chantrerie, PF APEX

20

Co-Organisation d'une formation en microscopie confocale avec la PF Micro Picell, session 4 jours

24/05/2016

MicroPicell

12

Co-Organisation d'une formation en microscopie et histotechnologie destinée aux Doctorants

09/03/2016

APEX et MicroPicell

10

Organisation d' ateliers à la journée scientifique des 10 and d'APEX

08/01/2016

APEX avec le soutien de Zeiss,Nikon, Perkin Elmer, Spectra-physics

83

 

Organisation de séminaires, colloques, etc. en 2016 :

Intitulé

Date

Lieu

Nombre de participants

Folle Journée de l'imagerie Nantaise

02/02/2016

Université de Nantes

140

Inauguration Centre Excellence Nikon Nantes, invitation de Frank Debarbieux, Marseille pour une conférence scientifique

03/05/2016

APEX, MicroPicell, Nantes

100

Co-Organisation de la journée d'animation scientifique de l'axe bio-imagerie

22/06/2016

Oniris, Nantes

50

Organisation d'une journée scientifique pour les 10 ans de la PF APEX

08/12/2016

Oniris, Nantes

80

 

Nombre de personnes formées aux technologies de la plate-forme en 2016 : 26

 

1.11. Démarche qualité

 

La plate-forme est-elle certifiée ISO 9001 : Oui

La plate-forme est-elle certifiée NFX 50-900 : Non

Réalisation d'audit interne et de certification

Personnes formées à la qualité en 2016

Principales actions menées en 2016 pour l'avancée de la démarche qualité de la plate-forme :
Reconduction de la certification Iso9001 en novembre 2016 par l1 audit programmé par l'organisme certificateur

Principaux changements intervenus en 2016, pouvant avoir un impact sur la démarche qualité (exemples : changement du responsable Management de la qualité, suspension de la certification, évolution du périmètre d'application, etc.) :

2. Projets de développement de la plate-forme

 

R&D technologique prévue :
-Continuer à développer le tracking cellulaire avec des nanoparticules harmoniques en collaboraion avec Luigi Bonacina (Université de Genève)
-Poursuivre les développements en microscopie intravitale : fenêtre musculaire et crânienne
-Continuer à développer l'imagerie FLIM
-Développer la photo-activation pour le tracking d'agents fluorescents photoconvertibles
-Développer des applications d'histopathologie quantitative par l'utilisation de la caméra multispectrale de chez Perkin elmer
-Continuer à développer les protocoles de transparisation sur le muscle et le système nerveux (intégration à un groupe de travail du RTMFM)
-Développer la microscopie PALM/STORM sur l'équipement nouvellement arrivé, (intégration à un groupe de travail du GDRMIV)

Programmes scientifiques prévus :
Stage M2, financement Zeiss pour mettre au point les techniques de microscopie corrélatives permettant de relier des acquisitions faites à partir d'un même échantillon sur un scanner de lames, un microscope confocal et un module super résolution Airyscan.
Collaboration avec Elena Ishow sur un projet interdisciplinaire financé par l'Université de Nantes (NanoTRIF) : Utilisation de nanoparticules fluorescentes et magnétiques in vitro dans la cellule et in vivo chez la souris

Partenariats industriels prévus :
Partenariat Nikon, CENN, Centre d'Excellence Nikon Nantes : organisation journée scientifique en partenariat, formation sur les dernières technologies développées par Nikon

Formations prévues :
Formation annuelle en microscopie confocale spectrale, TIRF, biphotonique destinées aux doctorants dans le cadre de la formation Doctorale Université de Nantes et/ou Biogenouest en collaboration avec la plate-forme APEX avec deux nouveaux systèmes qui seront présentés, la caméra spectrale et le PALM/STROM. Formation annuelle en microscopie pour la formation permanente de l'INSERM prévue en Octobre 2017. Organisation d'une journée de formation en microscopie destinée au L3 Pro, Université de Nantes, Janvier 2017.

Actions qualité envisagées :
Mise en place d'un protocole pour suivre la métrologie des microscopes