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L’activité de la plateforme est supervisée par un comité local de gestion qui se compose des membres de la direction de l’UMR 703, unité de rattachement, de l’animateur scientifique de la plateforme et du responsable des activités de bio-imagerie de fluorescence auxquels s’ajoutent éventuellement des membres invités. Le CLG se réunit au minimum tous les quatre mois afin de dresser un bilan scientifique et financier des activités d’APEX.

Toute nouvelle demande de projets est portée à la connaissance de l’ensemble des membres du comité local de gestion afin de pouvoir statuer rapidement sur sa prise en charge par APEX sur des critères d’adéquation du contenu scientifique du projet avec les compétences de la plateforme, sur le volume d’analyses demandé par rapport aux activités déjà programmées de la plate-forme et des ressources humaines et matérielles disponibles.