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L’étape 2 a pour objectif de concilier et d’optimiser les fonctions animales dans une démarche agro-écologique. L’étude porte sur la nature et les mécanismes d'action  des métabolites secondaires, produits par les plantes, contre les parasites gastro-intestinaux des petits ruminants et dans la réduction de production de méthane et d'azote. Des déficits nutritionnels peuvent survenir chez les animaux, c’est pourquoi en fonction de contextes alimentaires variés, leurs réponses à différentes échelles sont quantifiées et analysées. Par ailleurs, pour optimiser la résilience d’une exploitation, les génotypes des espèces animales doivent être adaptés aux contraintes, c’est pourquoi le déterminisme des caractères d’adaptation et de production des génotypes locaux est étudié.